面向数字化产品和技术的学习、交流平台
速石科技fastone一站式新药研发云平台
fastone与各大云厂商合作,满足用户对海量云端算力的弹性需求,在算力需求增长/降低时无缝的进行规模伸缩。从基础设施构建到调度平台搭建再到应用环境部署实现一站式端到端交付,助力制药企业加快市场响应速度目标。
多地Office接入:Site-SiteVPN打通多地Office网络。海外站点加速:海外就近部署加速VPN接入站点,降低时延。移动用户接入:国内外移动用户ClientVPN接入加速站点或主站点。VPN方案安全:SSL加密传输、保障数据安全。项目协同:多地研发协同、项目版本管理。研发平台:支持Windows与Linux多研发桌面与平台。代码管理:云端Git、Jenkins基础研发工具集成。环境隔离:研发团队及用户权限控制、研发平台网络环境隔离。
数据审批流程主要保障数据保护区与外界的数据交换通道,当用户需要进行文件交互时,可通过fastone数据管控系统来实现核心的审批流,如以下设置:
必须申请人发起,只有申请人才能决定转移哪些文件。文件转移划分为两种:导入:将文件从用户终端传输到指定保护区,对应“导入”权限。导出:将文件从指定保护区传输到用户终端,对应“导出”权限。申请人必需是保护区内的标准用户,并获得了上述某权限后,才能提交相同类型的文件转移申请。
预先设置相应的审批流程:不同的保护区域,不同的转移类型,不同的审批流程。审批流程:人工审批,自动审批,二者组合。审批流程自定定义自动审批规则。
文件转移事件都可完整追溯:申请人控制了源文件,审批人控制了文件传输通道,只有同时拥有申请人和审批人权限才能窃密,日志记录,文件自动备份。自动审批可以适当减轻人工审批的负担。
针对某新药研发场景,需要基于某小分子数据库(大约19million)做分子对接。初步分析后,预计2.4million(core/hour)的计算量。
小分子对接的特点是单个小分子对接任务耗时短且任务间不需要做数据通讯,非常符合并行化改造的条件,因此并行化改造成为提高效率首选。
启用40,000核的算力集群,耗时2.5天,完成2.4millioncore/hour的计算,获取2个目标分子。
基于分子动力学模拟的自由能预测,选择Amber对16008个任务做分析。
1.使用GPU作为模拟硬件;2.按需启动/销毁/自动伸缩算力集群。
某医药客户基于本地资源做三元复合物对接,算力资源少且串行化操作,效率低。
1.依照操作步骤划分场景;2.分场景分析计算类型;3.工作任务的并行化改造。
案例处理流程按场景匹配合适的实例类型,提高效率;同时完成任务并行化改造,脚本自动化处理,减少人力投入,减轻研发人员工作负担。
CADD研究过程,开源的分子库是必不可少的基础数据。目前开源的分子库数据分散各地,下载缓慢,格式不统一,更新频率不等,导致无法统一使用和管理,数据资产作用发挥有限。
构建fastone自有的分子库。1.下载多地的开源分子库;2.数据预处理,合并或格式转换;3.数据后处理,去重或力场优化。
分子对接,分子动力学模拟,自由能计算。
持续扩充的分子库类别,为fastonecloud平台用户提供内部下载入口和API接口,提供分子库定期更新服务。
阿里云物联网边缘计算一体机是一种部署在近场侧的高可用的软硬一体产品,通过平台化的网络、计算、存储和应用解决方案,提升应用程序的快速响应能力、节省带宽流量成本,通过与云上服务的无缝结合,满足企业(客户)对业务实时性、智能化、隐私保护等方面的需求。
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腾讯云实时计算平台Oceanus是大数据产品生态体系的实时化分析利器,是基于ApacheFlink构建的企业级实时大数据分析平台,具备一站开发、无缝连接、亚秒延时、低廉成本、安全稳定等特点。流计算Oceanus以实现企业数据价值最大化为目标,加速企业实时化数字化的建设进程。
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阿里云函数计算FC,联动消息MQ/对象存储OSS/表格存储等,提供音视频处理、图片处理、数据处理等事件驱动方案,5分钟搭建一个全自动大型job系统,满足在线/离线音视频转码业务需求。支持API/应用粒度的自动弹性容灾策略,支持jar、容器镜像平迁存量业务,低峰期可缩到0。