扰攘多时的“和舰案”侦结，曹兴诚因“非法投资”被起诉，并不算太出人意料，但回顾前前后后有关曹兴诚的“新闻”以及结案的时机，不能不令人产生丰富的联想。
为了避免先进技术和就业机会外流，台湾当局一直严格控制台湾厂商在大陆芯片领域投资。目前，联电的主要竞争对手积电是唯一获准在大陆设立芯片工厂的台湾厂商。位于大陆苏州工业园区的和舰科技成立于2001年11月23日，为外商独资企业，法人代表为前联电资深员工徐建华，但联电一直否认二者存在关联。遭台湾司法部门“突袭”后，曹兴诚承认联电确实与和舰存在广泛联系，但并没有违反台湾当局的任何规定。根据联电与和舰科技高层此前达成的口头协议，为了报偿联电此前提供的协助和双方未来的合作，和舰科技将无偿向联电提供15％的股份，总价值1.1亿美元。曹兴诚表示，向和舰科技提供帮助主要是为了联电的长期利益。如果联电不能尽快进入大陆市场，该公司的部分业务将被中芯国际等新兴厂商抢走。
不管曹兴诚如何辩白，“台湾金融监督管理委员会”（以下简称“台湾‘金管会’”）还是开出了300万新台币罚单，理由是违反台湾当局信息管理相应规定，没向股东披露联电与和舰的关系。此后，曹兴诚同台湾当局的关系日益紧张。2005年6月，曹兴诚表示将于2007年辞去公司主席一职，并希望检察官早日对自己提起诉讼或了结此事，如果自己被判有罪，将提前从联电辞职。
2005年12月，“财报事件”再次将联电和曹兴诚引入风暴的中心。2005年12月22日，台湾“金管会”发言人称，在美国挂牌的联电公司于2005年9月23日被美国证管会要求重编美国财务报告，但这一消息直到前不久在台湾证券交易所的要求下才被公告，应予以谴责。随后，台湾证交所以联电未能即时公告重大信息为由，做出罚款新台币5万元的决定。
2005年，曹兴诚数次对媒体发表公开信，措辞一次比一次犀利。正当媒体为曹兴诚此举是意气用事还是深谋远虑而各抒己见时，形势急转直下。2006年1月6日，曹兴诚和联电副董事长宣明智抢在被起诉前辞职，首席执行官胡国强出任董事长，曹兴诚、宣明智分别改任荣誉董事长、荣誉副董事长，并为高级顾问，仍可列席联电董事会。