《决定》提出的“健全自然资源产权制度”，是加强生态环境保护、促进生态文明建设的一项重要的基础性制度。改革开放以来特别是党的十八大以来，我国自然资源产权制度逐步建立，在促进自然资源节约集约利用和有效保护方面发挥了积极作用。但同时也还存在自然资源底数不清、所有者不到位、权责不明晰、权益不落实、监管保护制度不健全等问题，导致产权纠纷多发、资源保护乏力、开发利用粗放、生态退化严重等问题，迫切需要进一步健全自然资源产权制度。
健全自然资源产权制度要求全面贯彻落实习近平生态文明思想，以完善自然资源产权体系为重点，以落实产权主体为关键，以调查监测和确权登记为基础，着力促进自然资源集约开发利用和生态保护修复，加强监督管理，注重改革创新，加快构建系统完备、科学规范、运行有效的中国特色自然资源产权制度体系。在这方面，需要着力做好以下5项工作。
第二，明确自然资源产权主体，加快统一确权登记。研究建立国务院自然资源主管部门行使全民所有自然资源所有权的资源清单和管理体制。探索建立委托省级和市（地）级政府代理行使自然资源所有权的资源清单和监督管理制度。完善全民所有自然资源收益管理制度，推进农村集体所有的自然资源所有权确权。完善确权登记办法和规则，加快自然资源统一确权登记，将全民所有自然资源所有权代表行使主体登记为国务院自然资源主管部门，逐步实现自然资源确权登记全覆盖，清晰界定全部国土空间各类自然资源的产权主体，划清各类自然资源所有权、使用权的边界。
第三，强化自然资源整体保护。尽快编制实施国土空间规划，划定并严守生态保护红线、永久基本农田、城镇开发边界等控制线，建立健全国土空间用途管制制度、管理规范和技术标准，对国土空间实施统一管控，强化山水林田湖草整体保护。统筹编制海岸带开发保护规划，强化用途管制。加快构建以国家公园为主体的自然保护地体系。健全自然保护地内自然资源特许经营权等制度，构建以产业生态化和生态产业化为主体的生态经济体系。推动自然生态空间系统修复和合理补偿，编制实施国土空间生态修复规划，建立健全山水林田湖草系统修复和综合治理机制。坚持谁破坏、谁补偿原则，建立健全依法建设占用各类自然生态空间和压覆矿产的占用补偿制度，严格占用条件，提高补偿标准。落实和完善生态环境损害赔偿制度。
第四，促进自然资源集约开发利用。深入推进全民所有自然资源有偿使用制度改革，加快出台国有森林资源和草原资源有偿使用制度改革方案。全面推进矿业权竞争性出让，有序放开油气勘查开采市场，完善竞争出让方式和程序。健全水资源产权制度，实施对流域水资源、水能资源开发利用的统一监管。完善自然资源分等定级价格评估制度和资产审核制度。完善自然资源开发利用标准体系和产业准入政策。完善自然资源使用权转让出租、抵押市场规则，规范市场建设。统筹推进自然资源交易平台和服务体系建设，健全市场监测监管和调控机制。
第五，健全自然资源监管体制。发挥人大、行政、司法、审计和社会监督作用，创新管理方式方法，形成监管合力，实现对自然资源开发利用和保护的全程动态有效监管，加强自然资源督察机构对国有自然资源的监督，国务院自然资源主管部门定期向国务院报告国有自然资源资产情况。各级政府按要求向本级人大常委会报告国有自然资源资产情况，接受权力机关监督。建立自然资源统一调查、评价、监测制度，统一组织实施全国自然资源调查，编制自然资源资产负债表，掌握重要自然资源的数量、质量、分布、权属、保护和开发利用状况。建立科学合理的自然资源管理考核评价体系，开展领导干部自然资源资产离任审计，落实完善党政领导干部自然资源损害责任追究制度。完善自然资源产权信息公开制度，强化社会监督。完善自然资源督察执法体制，加强督察执法队伍建设，严肃查处自然资源产权领域重大违法案件。