（一）发生纳税义务未及时申报缴纳增值税
纳税人发生应税行为并收讫销售款项（纳税人销售服务过程中或者完成后收到款项）或者取得索取销售款项凭据的当天（书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务完成的当天）。先开具发票的，为开具发票的当天。
应对措施：
2.针对发包方已到付款期尚未付款项目，应与发包方进行沟通，及时开具增值税发票并缴纳增值税。如果发包方不接收增值税发票，应进行无票收入纳税申报，避免后期税务稽查被查补税款并被处罚。
3.对于简易计税的项目，在项目当地依据扣除分包金额后的差额预缴增值税，需要及时清理分包结算金额并取得分包发票，避免分包后期无法差额抵减总包金额而导致预缴税金过大。
4.对于采用一般计税的项目，在项目当地按照差额预缴2%后在机构所在地进行申报补税，同样需要及时取得分包发票和材料、机械等供应商进项税发票，避免前期缴纳金额过大后期税额大量留抵风险。
（二）取得或开具的增值税发票不符合要求
没有取得或者开具合法、合规的增值税专用发票，可能会由此带来项目成本增加、虚开增值税与用发票风险。
1.完善内部管控制度及项目考核制度，对于项目的取票情况及进项抵扣情况明确奖惩制度。
2.合理控制目标成本，预计工程的材料、机械、劳务的合理配比。建立配比模型，提前筹划。
3.针对材料、机械、劳务的供应商选择进行控制，选择长期合作及信誉良好的供应商，避免为取票而随意选择供应商，导致由于供应商的税务稽查而产生经营风险。
4.确保取得发票的真实性及三流一致，严格发票审核，不符合要求的发票不予接收并责令开票方重新开具。
5.针对项目承包人及所有管理层，要加强增值税原理及对企业的影响以及风险方面的增值税基础知识培训，建立风险管控意识。
（三）兼营行为未分别核算
建筑安装服务，适用9%的税率，简易计税为3%（不允许抵扣进项税额）；设备销售，税率为13%；勘察设计、咨询，税率为6%。
如果未分别开具发票按规定要仍高适用税率。要特别管控兼营与混合销售划分不清的风险。
1.提前筹划，合理确定货物销售额及建筑劳务及其他项目的销售额，并在签订合同时应分别注明税率。
2.在会计处理上，分别核算货物的销售收入和建筑安装服务的销售额，避免从高适用税率。
（四）简易计税与一般计税方法的选择
甲供材、清包工等建筑施工项目可以采用简易计税的方法。建筑企业应当测算筹划，选择合理的计税方法。
1.对于有大额固定资产、在建工程购入的情况下，企业通常都有巨额的进项税额，这种情况下企业如果采取“简易计税”反而无法抵扣进项税额，而采取一般计税方式，抵扣进项税额，对企业而言更有优势。
2.如果经测算，简易计税更节税，应筹划为甲供材的方式，因政策对甲供材的数量不金额并无限制，只需要有适当的供应，需要合同中或补充合同中有甲供材的条款，在合同中明确采用简易计税方法，以管控结算时发包方要求开具9%增值税与用发票的风险。
另外需要按照国家税务总局公告2017年第43号，实行一次备案制，在按简易计税方法首次办理纳税申报前，向机构所在地主管国税机关办理备案手续，并提交为甲供工程提供的建筑服务办理备案手续时应提交建筑工程承包合同（复印件）。
3.如果经测算，采用一般计税方法的，应做好销项发票开具与进项发票取得工作，应管控被强制适用简易计税情形的出现。
财税[2017]58号文件规定，建筑工程总承包单位为房屋建筑的地基与基础、主体结构提供工程服务，建设单位不得自行采购全部或部分钢材、混凝土、砌体材料、预制构件，否则只能适用简易计税方法计税。
（五）水电费问题涉税风险
建筑企业在施工中常会出现使用发包方的水电但未能取得与用发票的情形，有时会以开具的收据列支成本，按照税法规定，未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除，存在企业所得税纳税调增的风险。如果为一般计税项目，还会导致少抵扣增值税，进而多缴纳增值税及附加。
1.按转售水电处理。由发包方向总包方提供工程所需水电，且合同约定由总包方付费的，发包方如为一般纳税人的，可以自行向总包方开具增值税与用发票；如为小规模纳税人的，也可向税务机关申请代开增值税专用发票。总分包方结算水电费的，由总包方向分包方开具水电销售增值税发票。
2.代收转付款项。需由水、电销售单位直接向施工企业开具发票，否则按转售水电处理，由代收方开具增值税发票给施工企业。