根据国家事业单位体制改革精神和中管院的实际情况，经中央机构编制委员会办公室和国家事业单位登记管理局审定批准，中国管理科学研究院于2012年7月25日进行了重新设立登记为国家事业单位(登记号为：210000005343)，实行理事会领导下的院行政领导班子负责制的法人治理结构。根据管理和科研的需要，院总部机关设办公室、组织人事部、科研部、培训部、项目合作部、国际交流部等职能部门。院下设学术委员会、专家咨询委员会等直属机构和50多个研究所(中心)。
为积极响应邓小平同志关于干部要着重学经济、学科技、学管理的号召，深入开展管理科学普及和理论研究，1985年4月，在中国科协科学技术培训中心举办的首届交叉学科会议上，根据著名科学家钱学森、钱三强、钱伟长和裴丽生、马洪、沙洪等领导的提议，由田夫同志牵头召开座谈会，邀请国家机关、科研机构、高等院校200多位高级科研人员署名发起请示报告，呈报陈云同志，要求成立中国管理科学研究院，得到了批准。1987年7月5日，中管院召开了成立大会。会议推举李铁映，高扬、于若木同志为主席团执行主席;费孝通、钱伟长同志为名誉院长，田夫同志任院长。中管院一直受到国家领导人的关心与支持。时任全国人大副委员长成思危、许嘉璐担任名誉院长。时任国务院总理李鹏和国务委员李贵鲜为中管院作重要批示。李瑞环、钱伟长、李德生、裴丽生、郁文、武衡等领导同志为中管院题词。
中管院的基本宗旨是，以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻执行党和国家的方针政策，解放思想，实事求是，瞄准前沿，锐意开拓，围绕我国国情和世界发展趋势，总结我国管理实践经验，吸收各国先进管理成果，推动中国管理科学与科学管理的创新和发展，为适应高新科技发展、知识经济和经济全球化日益发展的态势，凝聚一批国内一流的专家学者，组成一支高智能的科研队伍，形成一个高层次的智力集团，为国家决策部门和企事业单位科学管理，发挥积极的作用。
中管院是我国管理科学研究领域的重要阵地，管理科学学术交流的有效平台，管理创新工作者之家，管理理论研究者和管理工作实践者沟通的桥梁，联结领导层、专家、学者、企业家及管理界、经济界、工商界、金融界、新闻界合作的纽带。
我院与中共中央文献研究室等单位合作，举办“毛泽东与科学”研讨会，“邓小平管理思想研讨会”和“陈云生平与思想”研讨会等，并编辑出版《毛泽东与科学》系列著作，《邓小平党建论著研究》一书，《陈云论著研究文集》一书，《陈云治党治国方略研究》一书等等;同时，组织我院专家学者开展课题研究，发表了论述社会主义现代化、管理科学、科教兴国、知识经济、企业管理、人才培养、金融发展与改革等优秀论文，并将其成果汇集成《管理研究与实践》一书出版或在国内外权威报刊发表，受到社会广泛好评，多次受到党和国家领导、政府有关部门、企事业单位的赞扬和鼓励。
特别是2004年有关“三农”等问题的研究报告，得到温家宝总理的批示，引起有关国家部门的高度重视。其中关于“农村科学技术发展战略重点、农业科技发展趋势及对策”等内容，被纳入国家中长期科技发展规划战略研究中。至今，中管院专业研究和应用开发涉及经济管理、社会管理、公共管理、文教管理、科技管理、生态环境管理等许多领域，已成为推动中国管理科学发展与管理思想研究的一支不可缺少的重要力量。
中管院坚持依法建院，依法治院，决心紧跟中央战略部署，按照经济和社会发展的需求，全面贯彻落实科学发展观，团结奋斗、锐意开拓、与时俱进、扎实工作，为构建社会主义和谐社会，为繁荣发展具有中国特色管理科学事业和开创我国管理科学研究新局面，做出应有的贡献。