为适应新时期疾控工作的任务和要求，进一步建立符合疾病预防控制工作特点的管理体制和运行机制，2021年9月完成中心科所调整。现有13个职能部室、20个业务科所及工会、团委、妇委会3个群团组织。13个职能部室包括中心办公室、党委办公室（精神文明办公室）、组织人事部、科研教育部、财审部、信息部、药剂设备管理部、应急办公室、质量管理部、总务科（车辆管理科）、安全保卫科、监察室、离退休人员管理科，20个业务科所包括高新区分中心、南部山区分中心、传染病防制所、免疫预防所、艾滋病防制所、结核病防制所、消毒技术指导中心、病媒生物防制所、慢性非传染性疾病防制所、地方病防制所、食源性疾病和食品安全风险监测所、环境健康所、职业健康所（职业病检查质控中心）、放射卫生所、学校卫生监测所、健康知识传播中心（健康教育所）、公共卫生所（对外技术咨询服务部）、细菌性疾病检验所、病毒性疾病检验所、理化检验所。
中心现有建筑面积15010平方米。2020年，为加强全市疾病预防控制体系标准化建设，在市委、市政府和市卫生健康委的领导下，中心启动迁建工作。迁建项目位于槐荫区济南国际医学科学中心济齐路以南、体育公园以东，总投资5.15亿元，占地30亩，总建筑面积5.5万平方米，其中地上39234平方米、地下15816平方米，建设19层业务楼、6层实验楼。迁建项目为山东省、济南市重点项目，于2020年7月取得市发改委立项批复，2021年4月开工建设，计划2022年12月竣工，拟于2023年6月投入使用。
中心不断加强疾病预防综合控制能力建设，加快济南市预防医学研究院和山东大学附属疾控中心，建立院士工作站和泉城学者工作站，是国家人体生物样品监测项目重点实验室、全国环境与健康研究基地、全国环境健康风险评估试点、全国疾病预防控制信息化试点，是山东大学、山东第一医科大学、悉尼大学等高等院校实践教学基地。多年来，妥善处置“8.25毒蘑菇事件”、“毒韭菜事件”等多起各类传染病、食品安全及水污染等事件，圆满完成全运会、奥帆赛、园博会、十艺节、全国糖酒会等重大活动疾控保障任务，成功应对“非典”、山东省首例人感染高致病性H5N1禽流感、省内首例、全国第二例甲型H1N1流感和人感染H7N9禽流感疫情，完美担当“5.12”汶川地震、“7.18”洪水、“利奇马”等灾后防疫工作，是第一支进入地震灾区开展救援的外省防疫队伍，形成的抗震救灾“山东经验”，得到卫生部、四川省抗震救灾指挥部的充分肯定和认可。2021年新冠病毒疫苗接种工作受到国家卫生健康委副主任李斌、国务院联防联控督导组高度评价并被中央电视台《新闻联播》报道。
中心先后获评全国卫生系统先进集体、全国抗震救灾医药卫生先进集体、全国艾滋病防治工作先进集体、全国科普教育基地、全国巾帼文明岗、全国新疆脊灰防控工作先进单位、山东省富民兴鲁劳动奖状、山东省抗击新冠肺炎疫情先进集体等470余项荣誉，连续十七年获评省级文明单位，十八年获评济南市卫生系统工作目标考核标兵单位（考核优秀）。
10.负责各类公共卫生人才和高层次人才引进、培养和使用工作。
《济南市政府采购预算单位内部控制管理规范》（济财采〔2017〕28号）