1996年1月，国务院总理李鹏在上海召开专题会议，明确提出建设上海国际航运中心的任务。经过市委、市政府多次研究讨论，同年5月10日，决定成立国际航运中心上海地区领导小组，下设国际航运中心办公室，启动洋山深水港建设的可行性研究。为了保证可行性研究的独立性、客观性和可信性，黄菊同志指示航运中心建设办公室的同志，要将课题全部委托给非上海的机构和专家来牵头，甚至邀请国际专业机构来评估。黄菊同志在项目论证起步阶段就做出这样意味深长的安排，可见其考虑问题的超前意识和缜密思维。
现在回想起来，洋山深水港从港口功能定位到工程项目建设规划，从投融资体制到土地征用、动迁安置，从项目申报到配套项目建设，从管理运行到航线开辟，千头万绪，不一而足。黄菊同志工作再忙，但对深水港的事，他总是亲自研究协调，面对一个又一个困难，他反复强调，上海搞深水港，不是上海一家的事，而是代表国家参与国际竞争，一定要有坚韧性，认准的事，一定要一步一步扎实推进，一直到成功。他还特别明确，深水港建设必须与贸易、金融服务相配套，否则建成的港口，只能是一个运输搬运工，而不是真正意义上的航运中心。为了做好洋山港及相应港区、陆岛连桥等配套项目以及水、陆、海运运输服务体系的建设规划，他先后六次到芦潮港等地区实地调研考察，研究开发模式、投融资体制和运行管理机制。
上海提出建设洋山深水港项目得到了浙江省领导的理解和支持。记得黄菊同志与徐匡迪同志一道，主动找浙江省主要领导沟通情况，就洋山深水港的行政管理体制、财政税收体制和如何尊重当地群众意愿实施动迁安置等达成共识。浙江省领导认为，深水港建设是国家战略，若浙江在洋山港问题上不与上海开展合作，还提什么“依托上海”“以上海为龙头”？此后，在国务院领导的支持下，成立了包括北仑港、南通港、太仓港等在内的功能互补的组合港。同时，上海全力支持宁波地区向北拓展交通辐射能力的杭州湾大桥等重大项目的建设，由此形成了以洋山深水港为龙头的长三角地区港口间分工协作的新格局。
在党中央、国务院领导的直接关心下，2002年3月，国家正式批准《洋山深水港区建设工程可行性方案》。
2005年12月11日洋山港正式开港，时任国务院副总理的黄菊同志，饱含深情地专程从北京来沪参加庆典。这是一个在他心中萦绕了整整十年的梦想。典礼结束后，我前往驻地看望他。俗话说，人逢喜事精神爽，平时不喜形于色的他，那天看上去心情格外愉快。他对我说，十年梦想终于圆了。然而没想到，回京不久，他竟突然病重住院。我当时根本不相信这是真的。在上海时他还对我说，到格尔木青藏铁路建设工地慰问干部职工时，在海拔3800米的工地上他走到工人们当中，和工人们握手说话，并没感到有什么高原反应，对自己的身体状态很是满意。怎么说病就病了呢？
“天若有情天亦老，人间正道是沧桑”。如今洋山港建成开港已十年，上海港的集装箱吞吐量更是达到3653万标准箱，其中洋山港就占了50%，被称为长江经济带龙头上的龙眼。然而，黄菊同志却再也看不到世界第一大港的英姿。
今年，在中央和上海领导的关心下，在上海方方面面人士的支持和帮助下，遵循黄菊同志生前“本是布衣身，回归布衣群”的遗愿，老领导的骨灰得以回归他深情挚爱的热土，落葬于福寿园。相信老领导看到如今洋山港一日千里的发展，看到今天上海社会主义国际化大都市建设的新成就，定会含笑九泉的。