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2019.01.29
MIMIC-III公共数据库使用专题(六)--病人人口学信息及院内周转信息
26张大表一共可以分为4类，具体如下：
1
病人人口学信息及院内周转信息（6张）
ADMISSIONS
CALLOUT
ICUSTAYS
PATIENTS
SERVICES
TRANSFERS
2
病人在监护室住院期间采集的各类信息（8张）
CAREGIVERS
CHARTEVENTS
DATETIMEEVENTS
INPUTEVENTS_CV
INPUTEVENTS_MV
NOTEEVENTS
OUTPUTEVENTS
PROCEDUREEVENTS_MV
3
CPTEVENTS
DIAGNOSES_ICD
DRGCODES
LABEVENTS
MICROBIOLOGYEVENTS
PRESCRIPTIONS
PROCEDURES_ICD
4
字典信息（5张）
D_CPT
D_ICD_DIAGNOSES
D_ICD_PROCEDURES
D_ITEMS
D_LABITEMS
接下来，我们将分组来介绍每一个表内的内容。
1、为了更直观地了解表格，我们先将数据库导入Navicat
⑴我们先再次确认一下连接所需的信息：
数据库所在目录：E:\DATA
PostgreSQL数据库用户名：postgres，密码：postgres
有部分同学可能会想知道，同样是数据库管理软件，PostgreSQL不是自带了pgAdmin吗，为什么我们要用Navicat这款商业软件呀？
①简单，易用，学习曲线相当平缓
③支持全面的导出文件类型，而pgAdmin只支持csv格式
④唯一的缺点应该就是价格了，国内Premium版价格是RMB6499，但如果购买非商业使用版Premium版序列号只要US$399.00，按现在的汇率约RMB2700，便宜了一半还多。相信大家课题经费还是有的
⑵打开Navicat，依次点击左上角的“文件”→“新建连接”→“PostgreSQL”打开连接数据库的窗口。
⑶在“常规”标签下输入数据库的信息：
连接名：输入你喜欢的连接名，这里各位随意，我这里填的是“PostgreSQL”
主机名或IP地址：默认已填入“localhost”，如无更改则不改动
端口：默认已填入“5432”，如无更改则不改动
初始数据库：默认已填入“postgres”
用户名：默认已填入“postgres”
密码：输入我们之前设置的密码，这里我填入“postgres”
⑷在“高级”标签下选择数据库位置：
在“设置位置”一行最右边点击“…”选择数据库位置，选择之前的设置位置：E:\DATA
⑸接着点击窗口的左下角的“连接测试”测试连接。
显示“连接成功”的窗口则成功连接数据库。依次点击窗口的“确定”和“连接测试”旁的“确定”完成数据库导入。
⑹完成上述步骤后我们就可以看到左侧出现了刚刚导入的数据库了。
灰色图标表示“未连接”
彩色图标表示“已连接”
依次双击“PostgreSQL”→“mimic”→“mimiciii”→“表”，这样我们就可以看到之前导入的二十多个表格了，大家可以双击打开看看。
⑺接着就可以配合下面的介绍依次点击打开对应的表格进行查看了。
2、病人人口学信息及院内周转信息
这里说明一下，为方便大家使用，我在每个表格介绍结尾会放上表格参数属性，我们后面部分操作会用到。
该表格包括以下信息：
ROW_ID：行号，这个是和Excel里行号是一个性质，我们基本用不到，不用去理他
SUBJECT_ID：这个表示病人标识码，每一位病人对应唯一的标识码，可以理解为国内医院的住院号
HADM_ID：这个对应于病人的每一次住院标识码，可以理解为国内医院病人每次住院的病案号
ADMISSION_TYPE：入院类型，包括以下4种类型
ELECTIVE
URGENT
NEWBORN
EMERGENCY
ADMISSION_LOCATION：入院地点，包括以下9种类型：
EMERGENCYROOMADMIT
TRANSFERFROMHOSP/EXTRAM
TRANSFERFROMOTHERHEALT
CLINICREFERRAL/PREMATURE
**INFONOTAVAILABLE**
TRANSFERFROMSKILLEDNUR
TRSFWITHINTHISFACILITY
HMOREFERRAL/SICK
PHYSREFERRAL/NORMALDELI
DISCHARGE_LOCATION：出院后目的地
INSURANCE：保险类型
LANGUAGE：语种
RELIGION：宗教信仰
MARITAL_STATUS：婚姻状况
ETHNICITY：种族
EDOUTTIME：急诊留观出观世间
DIAGNOSIS：初步诊断，注意初步诊断不提供ICD9码，而且写得相对随意
HOSPITAL_EXPIRE_FLAG：院内死亡标记
0表示存活
1表示院内死亡
HAS_CHARTEVENTS_DATA：是否有CHARTEVETNS的表格记录
0表示没有
1表示有
该表格包括以下信息（与上面重复的部分，我就介绍地简略一些）
ROW_ID：行号
SUBJECT_ID：住院号
GENDER：患者性别
DOB：患者出生日期，对于年龄大于89岁的病人，将出生日期由入院日期向前调整300年，这部分患者年龄中位数为91.4。其余病人随机调整
DOD：患者死亡日期
DOD_HOSP：患者院内登记的死亡日期
DOD_SSN：患者社保局登记的死亡日期
EXPIRE_FLAG：患者死亡标记
1表示死亡
这个表格个人用的很少，因为国内病人出科基本都是联系好床位，办好出科文书，护士进一步办理出科手续，叫工友运送，很少会去考虑在这里能挖出什么宝来。但MIMIC既然给了这么详细的出科经过，我们也来看看老外的出科流程。
HADM_ID：病案号
SUBMIT_WARDID：提交CALLOUT出科申请的科室代码
SUBMIT_CAREUNIT：提交CALLOUT申请的是否为ICU收费中心，如果是，则显示ICU类型，否则显示NULL
CURR_WARDID：提交CALLOUT申请时患者所在科室代码
CURR_CAREUNIT：提交CALLOUT申请时患者所在监护室类型，具体缩写表示下面在TRANSFERS表内会介绍
CALLOUT_WARDID：CALLOUT申请目标科室代码
0表示CALLOUT目的地为“HOME”，回家去了
1表示CALLOUT目的地为“Firstavailableward”，若干目标科室谁先有床就先转谁
其他数字则表示具体的接受科室的代码
CALLOUT_SERVICE：出科病人需接受或继续接受的治疗服务，具体英文缩写表示什么，我后续会在SERVICES表中解释
REQUEST_TELE：需要心电遥测服务
REQUEST_RESP：需对呼吸道采取预防或保护措施，不特指病原体
REQUEST_CDIFF：艰难梭菌定植病人，请采取预防措施
REQUEST_MRSA：耐甲氧西林金葡菌定植病人，请采取预防措施
REQUEST_VRE：耐万古霉素肠球菌定植病人，请采取预防措施
CALLOUT_STATUS：CALLOUT申请状态，有以下两种状态
Active表示有效
Inactive表示已失效
CALLOUT_OUTCOME：CALLOUT申请结果，有以下两种状态
Discharged表示出科成功
Cancelled表示出科失败
DISCHARGE_WARDID：患者出科时的最终科室代码，需注意当显示为0时表示在家中
ACKNOWLEDGE_STATUS：CALLOUT申请审批回复
Acknowledged表示审批通过
Revised表示表示CALLOUT需修改后再行审批
Unacknowledged表示审批拒绝
Reactivated表示CALLOUT重置为有效状态
ICUSTAY_ID：ICU病案号，对应于每一次监护室入住
DBSOURCE：数据源，是来自CareVue数据系统，还是Metavision数据系统
FIRST_CAREUNIT：患者入住监护室24小时内的首个监护室类别
LAST_CAREUNIT：患者入住监护室24小时内的最终监护室类别，出现24小时内监护室类别主要是因为有的病人可能一开始收住的A监护室，但随后根据病情需要又转至了B监护室
FIRST_WARDID：入住首个监护室代码
LAST_WARDID：入住末次监护室代码
LOS：此次监护室住院时长
看到这张表是不是感觉很熟悉，上面的ICUSTAYS就是从这张表里提取的，并删除了没有ICUSTAY_ID的部分。
ICUSTAY_ID：ICU病案号
DBSOURCE：数据源
EVENTTYPE：病人周转项目，包括以下内容
admit表示入院
transfer表示院内转运
discharge表示出院
PREV_CAREUNIT：患者前次所在监护室类型，如不是监护室则显示NULL
CURR_CAREUNIT：患者当前所在监护室类型，如不是监护室则显示NULL
PREV_WARDID：患者前次所在科室代码，如不是科室则显示NULL
CURR_WARDID：患者当前所在科室代码，如不是科室则显示NULL
注意：INTIME和OUTTIME都是针对CURR_CAREUNIT而言的
我们前面一直在说的CAREUNIT监护室的类别主要有以下：
CCU：心血管重症监护病房
CSRU：心血管手术康复病房
MICU：内科重症监护病房
NICU：新生儿重症监护病房
NWARD：新生儿病房
SICU：外科重症监护病房
TSICU：创伤/外科重症监护病房
PREV_SERVICE：前次医疗服务类别
CURR_SERVICE：当前医疗服务类别
这里的医疗服务SERVICES主要指以下内容（前面的CALLOUT里的CALLOUT_SERVICE可以参考这里）
CMED：心血管内科治疗——心血管疾病的保守治疗
CSURG：心血管外科治疗——心血管疾病的手术为治疗
GU：泌尿生殖器治疗——泌尿系统和生殖系统
GYN：妇科治疗——女性生殖系统和乳房等
NB：新生儿服务——主要指院内出生的
NBB：新生婴儿服务——主要指院内出生的
OBS：产科——产妇分娩及护理
ORTHO：骨科外科治疗——主要为涉及骨骼肌肉系统的手术
OMED：骨科治疗——主要为涉及骨骼肌肉系统内科保守治疗
PSURG：整形治疗——主要为人体的修复或重建（包括以美容或美学为目的的）
SURG：普外科治疗——主要指无法进行专科分类的手术种类
TRAUM：创伤外科治疗——由外来物理因素造成的身体伤害或损坏
TSURG：胸外科治疗——主要指腹部及颈部之间的胸部手术
至此，我们对于病人人口学信息及院内周转信息的6张表格内容就已经有有了总体的理解了，下个专题我们将进一步了解剩余的MIMIC表格的各类信息。