基本医疗保险经办机构是医疗保障行政部门所属的社会保险经办机构。根据管理服务的需要，与定点医药机构签订服务协议并进行协议管理，是规范定点机构医药服务行为、维护参保人员基本权益、确保医保基金安全的根本管理措施和主要抓手。如何开展协议管理，《社会保险经办条例》（以下简称《条例》）给出了明确的规定。
一、如何申请定点机构？
《条例》第三十三条规定：“社会保险经办机构应当根据经办工作需要，与符合条件的机构协商签订服务协议，规范社会保险服务行为”。换句话来说，依法设立的各类医药机构均可根据医保定点管理政策，自愿向属地社会保险经办机构提出定点申请。社会保险经办机构应当按照受理、评估、公示、协商、签订的工作流程，将符合条件的机构纳入定点管理。
二、如何加强协议管理？
《条例》第三十四条规定：“医疗保障行政部门所属的社会保险经办机构应当改进基金支付和结算服务，加强服务协议管理，建立健全集体协商谈判机制”。具体来讲，社会保险经办机构应当通过健全制度机制、创新监管方法、推行精细管理等方式加强定点医药机构协议管理。以四川省成都市的协议管理实践为例，可以采取以下措施。
（一）建立协议管理制度
1.实行属地管理。按照“谁签协议谁负责，谁签协议谁管理”的原则，压实社会保险经办机构对属地定点医机构为本地和异地参保人员提供的医保服务承担管理职责。
2.实施分类管理。将定点医药机构分为医院类、门诊诊所类、零售药店3类机构开展管理。根据服务能力、服务特色，将医院类医疗机构的医保服务划分为住院、门诊慢特病、重特大疾病等多个类别管理。对于提供门诊慢特病、重特大疾病等医保服务的医疗机构，细化到病种管理。
3.开展进销存管理。开展定性管理，要求定点医疗机构建立药品、医用耗材进销存管理制度、台账和信息系统，保存真实完整的发票和凭证。开展定量管理，制定“进销存比率”“申报数量与销售数量比率”等指标，细化管理标准，量化违约行为。
（二）健全协议管理机制
1.建立动态管理机制。深化“放管服”改革、优化营商环境建设，严把定点、履约、处理三道关口，开展定点医药机构动态管理。完善评估流程、制定评估量表，标准化开展评估工作，畅通定点“绿灯”；开展重要信息变更备案，加强日常监管，将履约情况与协议处理、协议续签等关联，闪烁履约“黄灯”；将定点医药机构的违约责任，由轻到重明确为多个层级，将中止协议量化为多个梯度，标准化管理，严控协议处理“红灯”。
2.健全协议管理退出机制。将法律法规规章规定的解除协议情形纳入协议内容，对重大违法违规违约的定点医药机构，予以解除协议处理，形成强大震慑。开展协议考核，协议约定定点医药机构考核不合格的，给予解除协议处理。按照国家规定，落实定点医药机构因严重违反协议、违法违规以及法定代表人、主要负责人严重违法违规等3种情形，被解除协议的，分别1年、3年、5年不再签订协议。
3.完善协议文本修订机制。定期修订协议文本，梳理医保政策、完善监管环节，动态更新协议内容。根据定点医疗机构新出现的违规行为，适时完善协议条款，或者制定补充协议，纳入协议管理。
（三）创新协议管理方法
1.实施智能监管。建立医保管理知识库、规则库，开发医保智能审核系统，实行医保费用计算机辅助审核，倒逼定点医药机构主动规范服务行为。开发医保智能监控系统，开展大数据分析和疑点筛查，实施靶向核查，提高监管实效。
2.推进多元监管。招标引入第三方商业保险公司，探索第三方协同监管；引入第三方会计师事务所开展专项审计定点医疗机构医保费用和药品、医用耗材进销存，提升医保基金监管能力；组建医保专家库，开展医保费用第三方专家评审，提高协议管理公正性、科学性。
3.开展联动监管。实施省、市、县三级医保监管纵向联动，推进医保、卫健、市场监管等多部门监管横向联动，实施跨统筹地区医保监管区域协同。
4.紧盯延伸监管。加强定点医疗机构科室管理，将科室重要信息变更、医疗费用发生等纳入协议管理。细化协议处理，将中止协议精准到具体违规违约科室。加强医保医师协议管理，实施违规行为记分管理。对多次违规、严重违规的医师，给予停止医保结算资格处理。
5.推行自律管理。医保协议约定，在医保部门介入检查前以及专项检查的自查阶段，定点医药机构自查的违约行为（骗取医疗保障基金行为除外），社会保险经办机构给予约谈、整改、清退违规费用处理外，不再给予其他处理。
三、如何开展医保核查？
《条例》第四十二条规定：“社会保险经办机构应当核查下列事项：（一）社会保险登记和待遇享受等情况；（二）社会保险服务机构履行服务协议、执行费用结算项目和标准情况；（三）法律、法规规定的其他事项”。
《条例》在《中华人民共和国社会保险法》的基础上，进一步明确了核查主体是社会保险经办机构，核查对象主要包括参保单位、个人、定点医药机构等，核查内容主要包括参保登记、医保待遇享受、履行服务协议、医保费用结算项目（如：基本医疗保险“三个目录”），医保结算标准（如：DIP/DRG付费标准等）。同时，也对规范核查程序、加强经办能力建设，推进依法依规监管等提出了新的要求。