基本药物目录中，中成药均采用药品通用名称，共分内科、外科、妇科、眼科、耳鼻喉科、骨伤科六大类用药，包括解表剂、祛暑剂、泻下剂、清热剂等多种，剂型分颗粒、胶囊、片剂、丸剂、膏剂、散剂以及口服液、注射液等。
基本药物目录说明中指出，中药饮片的国家标准是指《中华人民共和国药典》、卫生部部颁标准和国家食品药品监督管理局局颁标准收载的药材及饮片标准。中药饮片的基本药物管理暂按国务院有关部门关于中药饮片定价、采购、配送、使用和基本医疗保险给付等政策规定执行。
实施意见称，基本药物是适应基本医疗卫生需求，剂型适宜，价格合理，能够保障供应，公众可公平获得的药品，其遴选体现了防治必需、安全有效、价格合理、使用方便、中西药并重、基本保障、临床首选的原则。按照规定，这些基本药物将全部纳入基本医疗保障药品报销目录，报销比例明显高于非基本药物。
民族自治区内政府举办的基层医疗卫生机构配备使用国家基本药物目录以外的民族药，由自治区人民政府制定相应管理办法。
根据实施意见，基本药物将全部纳入政府定价范围，国家发展改革委制定全国零售指导价格。在国家零售指导价格规定的幅度内，省级人民政府根据招标形成的统一采购价格、配送费用及药品加成政策确定本地区政府举办的医疗卫生机构基本药物具体零售价格。实行基本药物制度的县（市、区），政府举办的基层医疗卫生机构配备使用的基本药物实行零差率销售。患者凭处方可以到零售药店购买。
2009年发布的国家基本药物目录包括基层医疗卫生机构配备使用和其他医疗机构配备使用两个部分。《国家基本药物目录（其他部分）》是目录基层部分的扩展，将配合公立医院改革试点尽快制定出台。
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