随着超声和内镜技术的发展，越来越多的消化道与消化道毗邻脏器的疾病可以通过超声内镜检出，因而超声内镜的适应证范围有所扩大。
(1)消化道恶性肿瘤(如食管癌、胃癌、结肠、直肠)：进行TNM分期，但对M分期作用有限，以评估手术可切除性、预后和指导治疗方案的选择。
(2)粘膜下肿瘤(如平滑肌瘤等);确定是管壁外病变、器官压迫或管壁本身病变;判断病变确切起源、性质、范围;并指导治疗方案的选择。
(3)胰腺病变：对慢性胰腺炎的诊断是较好的辅助诊断和鉴别诊断方法，能较好的反映胰腺实质结构的改变。鉴别胰腺肿瘤的良、恶性，能发现1厘米甚至以下的肿瘤，通过超声引导穿刺活检确定肿瘤类型;评估手术切除可能性、预后，帮助选择治疗方案。
(4)胆道系统疾病：对胆总管结石诊断同ERCP一样，是敏感性高、特异性强的诊断方法，但无创。对胆道肿瘤诊断敏感，可以确定肿瘤部位、大小;进行TNM分期，评估可切除性、预后，指导治疗。
(5)溃疡病：确定溃疡分期、指导治疗、判断溃疡愈合质量。
(6)判断食管静脉曲张程度与栓塞治疗的疗效。
(7)可显示部分纵隔病变。
2.禁忌症
消化系超声内镜禁忌症基本上与普通胃镜检查相同。
(1)绝对禁忌症有：
①严重心肺疾患不能耐受内镜检查者。
②处于休克等危重状态者。
③疑有胃穿孔者。
④不合作的精神病患者或严重智力障碍者。
⑤口腔、咽喉、食管及胃部的急性炎症，尤其是腐蚀性炎症。
⑥其他：明显的胸主动脉瘤、脑溢血等。
(2)相对禁忌症有：
①巨大食管憩室、明显的食管静脉曲张或高位食管癌、高度脊柱畸形者。
②有心脏等重要脏器功能不全者。
③高血压未获控制者。
[诊断价值]
2.食管癌：判断病变浸润管壁的深度和周围有无肿大淋巴结是EUS检查的最大特点。EUS能较准确显示食管癌的侵犯深度(T);EUS对于肿瘤淋巴结转移(N)的诊断远优于CT检查，EUS可以发现2-3mm大小的淋巴结。目前，对淋巴结行EUS引导下的细针吸取细胞学检查是术前判断淋巴结良恶性的最佳方法。总而言之，在食管癌的TNM分期中，对于T和N的判断，EUS明显由于CT和磁共振成像检查，但对于肿瘤远处转移(M)的判断，EUS不如CT和磁共振成像检查。
3.胃癌：胃癌和食管癌的分期方案近似。EUS对胃癌侵犯深度(T)判断的总体准确率达到84%，诊断淋巴结转移(N)的敏感性为81%，特异性为50%，对于肿瘤远处转移(M)的判断，EUS不如CT和磁共振成像检查。对于经胃镜及活检证实的胃癌病例，EUS的主要应用价值在于胃癌的TNM分期，而对于浸润型胃癌(皮革状胃)患者，尤其是内镜多次活检为阴性结果的，行EUS是首选的检查方法。EUS有助于早期胃癌诊断率的提高，从而明显提高患者术后的存活率。
4.胰腺疾病：传统的胰腺检查方法有体表超声、CT、MRI和逆行胰管造影(ERP)。胰腺EUS的应用必须与传统的胰腺检查方法相对照，取长补短，才能得出最理想的诊断。目前公认EUS是发现胰腺微小病变最敏感的方法，可以发现仅2-3mm的病变。在EUS引导下细针吸取细胞学检查能对胰腺早期微小病变作出定性诊断。应用EUS可以对胰腺癌进行TNM分期并判断手术切除的可能性。对于胰腺囊肿，EUS不仅有诊断价值，而且可以进行穿刺内引流等治疗。
此外，EUS对门静脉高压症、溃疡愈合质量的评价等有重要作用。