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抗精子疫苗的方法学实质是给健康的育龄男、女打生育预防针，即通过接种疫苗抗生育。其基本原理是选择精子成分构建成疫苗，进行人工主动免疫，调动受者免疫系统，通过抗体介导，对相应的生殖靶抗原免疫攻击，从而阻断正常生殖生理过程的某一环节，达到避孕的目的。
一、生殖过程有多个作用靶位可选择供免疫攻击。抗精子疫苗用于男性，作用环节可以选择睾丸生精细胞发育后期已分化为睾丸精子阶段，或精子在附睾经历成熟的阶段。用于女性，可选择精子在女性生殖道的迁移过程，或与卵子受精前精子经历的事件，或精-卵相互作用过程。
三、一经注射疫苗，免疫反应所引起的避孕效果不易受随意性人为因素影响，减少使用者的失败率。
四、抗生育作用具可逆性，可根据计划解除避孕，恢复生育力。
五、理想的抗精子疫苗，不引起内分泌和代谢紊乱，不干扰性活动和性反应。
六、免疫注射，不需特殊设备，易于推广。
七、人们一向已有疫苗注射的概念，对这种方法易于接受。
一、与非靶标的交叉抗原发生免疫反应，其后果可诱发自身免疫病，造成相应组织细胞病理性损伤和功能障碍或内分泌紊乱。精子是男性的自身成分，抗精子免疫存在诱发睾丸及男性生殖道自身免疫病理损伤的危险。
二、抗精子疫苗用于女性，疫苗的有效作用部位若为女性生殖道管腔，例如，抗体介导阻止精-卵识别，或抑制精子顶体反应，则需要输卵管峡部、壶腹部节段管腔内达到较高的抗体水平，才可能产生良好的抗生育效应。常用的免疫注射接种，主要诱导循环抗体的产生，可以作用于经血循环转运的靶抗原分子，但生殖道管腔内部对循环抗体没有高效的转运途径。
四、免疫作用的有效时限难以准确预计。抗体滴度下降期若未能及时监测抗体水平和采取补充避孕措施，则容易怀孕。此时期受孕可能会由于抗体与胚胎或胎儿物质起交叉反应，导致胚胎降解，或胎儿损伤甚至先天性畸形。
五、疫苗诱导的免疫反应可能对生殖系统的某些组织细胞造成不可逆损伤，导致按计划终止避孕时却不能恢复生育力。
以上这些潜在危险或不足仅是理论上的推测和假设，但发展抗精子免疫避孕时必须考虑和排除各种不安全因素，防患于未然。
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