对于肾结石的治疗方法比较多，具体方法主要取决于结石的位置、大小和质地。
对于肾结石来说，最小的损伤方法是体外冲击波碎石治疗，是医生首选的方法，也是患者易接受的方法。因为患者此时不需要住院，所以比较简单，费用也便宜。但是，这种情况一般只适用于结石体积较小、位置不位于肾脏下层的结石可采用这种方法，一般损伤很小，只要掌握得当，对人体没有任何危害。
如果石头的质地比较硬，或者位置不适合肾脏出口，结石直径在2厘米以下，则采用输尿管软镜方法，即从尿道进入膀胱的输尿管镜比较软。然后经过输尿管进入肾脏，用激光打碎石头，然后取出大石头块，小石头和粉末就能自行排出，这种方法是临床上越来越受推崇的一种方法，虽然不能说是无创性，但也不会在人的身体上留下伤口或开刀，对人体损伤小。
对于直径超过2厘米或质地非常坚硬的石头，常用的方法是从腰部通过皮肤刺入肾脏，直接在腰部打洞，打碎，然后取出，这种方法称为硬皮肾镜。现在采取开刀、从腰部开口的手术方式基本上已经被淘汰。但具体采取什么方法，应由医生根据缺席情况决定。治疗方法因人而异，需要接受医生的判断。
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