财政支农资金是农业基础地位政策的体现和农业投入的具体实现形式，它为促进和加强财政支农资金管理，提高资金使用效益，改善农业发展环境，提高农业综合实力，促进农业可持续发展起到了至关重要的作用，并奠定了坚实的基础。但同时，财政支农资金在管理和使用等方面还存在一些问题，在某些环节上已制约了财政支农资金作用的正常发挥，影响了国家农业政策的切实贯彻落实。
一、财政支农资金存在的问题
（一）财政支农政策出现偏差，农业投入比例失调
（二）县乡财政无力提供配套，甚至截留挪用中央和省市财政支农专项资金
近年来，除少数发达地区外，我国县乡本级财政的支农能力有名无实，甚至是极其虚弱，财政支农主要依赖中央和省级财政。特别是欠发达的中西部地区和粮食主产区，县乡财政困难的问题日益普遍和严重化，县乡政府支农的实际能力已经普遍弱化，这不仅妨碍了农业和农村经济的发展，还严重制约着农业和农村的稳定运行。再加上政府能够向上争取到资金支持的项目，多属于农业项目，而争取到的项目资金，经常被挪用于给政府部门发放工资。此外，许多调查表明，与县乡财政收入的增长相比，财政支农资金的增长存在较大的不稳定性。
（三）支农资金项目管理模式落后，资金安排不科学
目前，支农项目投资的随意性和被动性很强，投资也不科学、不合理。这种投资方式不能给农民以稳定的心态从事农业产业，造成很大投机心理，缺少长期和长远的心理准备。目前，支农资金项目管理基本上是延续计划经济时期高度集中的模式，即投资、建设、管理、使用四位一体的管理方式，这种管理方式的弊端是使行政权力直接介入工程项目的实施，缺乏有效的监督，易产生腐败现象，工程质量得不到保证，造成资源极大浪费。
（四）支农项目资金监管水平低下
首先是监管职能缺位，我国支农资金接受财政、审计、纪检等部门的监管，在实际工作中表现多头监管，责权划分不明确，部门配合不协调，责任落实不到位的现象。支农资金透明度低，缺乏完善的举报系统，社会公众舆论没有发挥应有的监管作用。其次是事前监管严重缺乏，主要表现有对项目立项过程监管、工程开工前执行“招投标、监理、合同管理、项目法人制”情况的监管、项目开工前对法人代表及项目单位财务人员上岗资质及业务情况的管理等事前监督工作淡化、甚至缺位。有些支农项目没有按照基本建设管理程序（如财政部门负责的支农项目）实行“四制”管理，以致出现挤占挪用项目资金、工程不能按计划通过验收等问题。
（五）财政支农资金效益有待提高
主要表现为：一是财政部门滞留支农资金。有的单位将支农资金列支后，转入“暂存款”科目，于次年陆续拨付。还有的单位将预算列支的支农资金转入农财部门，未及时拨付。二是农口部门在管理和使用支农资金时，轻视效益。有的农口单位年底结余（包括往年结余）竟然占当年度财政拨款的82％。三是缺乏科学论证盲目立项，造成支农资金的浪费损失。四是资金投向失准，超出财政管理范围，造成财政支农资金的流失。有的主管部门将农业专项资金投入下属自负盈亏的独立实体，导致支农资金流人私人囊中。五是财政支农资金投入分散，各农口主管部门缺少拉动地方农业大发展的重点工程和龙头产业，影响支农资金整体效益的发挥，在一定程度上制约了政府对农业投向的指导作用，不利于加快农业发展政策的贯彻执行。
二、财政支农资金在管理和使用方面的对策
（一）完善财政支农措施，构建完整的农村经济社会化服务体系
1.完善现行财政制度，统筹城乡发展，在构建和完善我国公共财政体系时，必须把向农村提供公共产品纳入财政制度框架内，让广大农民能像城镇居民一样享受到政府提供的公共产品和公共服务，真正给农民以国民待遇。严格按照《农业法》，积极安排财政支农各项支出预算，全面落实各项支农政策，确保财政支农预算内支农支出逐年增长。建立规范的财政支农专项补助制度。
2.各级政府都要结合实际，制定科学的农村发展规划。进一步明确区域发展目标、产业发展政策及财政扶持的重点。使财政投入有步骤、有重点地分步实施，切实避免财政资金投入的分散性和盲目性。进一步强化财政支农项目立项审批工作。要按照部门分块组织上报、专家审核评定、财政综合平衡、领导集体确定的要求进行项目的审批工作，确保支农项目的科学性与合理性。加强对项目资金拨付的管理工作。
3.调整和改革支农支出专项资金设置，推广运用科学的资金分配办法，为提高支农资金分配的科学性和客观公正性，要全面推广资金分配因素法和公式法，并采取专家和社会中介机构评估、评审制度。在支农资金使用过程中，要全面推行报账制和集中支付制以及项目选择的招标制度，以提高支农资金的使用效益。建立严格科学的支农资金绩效评价考核机制。建立健全支农资金绩效评价指标体系和支农资金使用总结报告和效益分析制度。进一步完善支农资金使用效果考核评价办法。要采取支农资金使用效益与下一年项目和资金安排相挂钩的办法。建立健全支农资金分配和使用奖惩机制，最大限度发挥财政支农资金的使用效益。
（二）加强财政理财用财管财的职业意识和监管力度
2.财政部门应加强对财政支农资金的管理，要硬化预算约束，强化部门预算。在分配支农资金时，既要有明确的政策导向，加大农业基础设施和农业科技的投入；又要切实按照实际需要，把握公众财政框架下的预算支出范围，减少财政不必要的负担。加强对财政支农资金使用情况的监督，按照预算编制和用款进度，及时跟踪问效。依法采取强硬措施，提高支农资金使用的效益。对违规操作者，严格执行《预算法》，该停拨款的停拨，该处罚的处罚。只有这样，才能严肃预算制约，保证预算执行畅通有效，使有限的财力达到最大的成效。
3.农口主管部门既要细化部门预算，科学编制支农项目计划，又要严格按财政批复预算内容执行，加强监管。改变部门财政支农资金重点不突出的局面，农林水等主管部门要结合当地经济发展，确定一些切实可行的重点项目，拉动龙头，有所作为，有所建树。要引入市场机制，进一步规范各项管理规定和制度，加大对支农项目的管理，全面推行工程招标制、项目责任制、工程监理制、工程预决算审计制、专户报账制、责任追究制等管理制度，提高预算执行的公正性和透明度，维护国有资产的保值增值，实现项目的经济效益和社会效益，杜绝违纪违规问题的发生。
（三）加快公共财政支农体系建设
1.财政支农应进一步拓展视野，树立大农业观念，及时补位、扩大范围，推动农业和农村经济进行战略性的结构调整。在此基础上，进一步调整和突出财政支农的重点，支持建立健全农业社会化服务、农产品批发市场；支持农产品品牌和农业产业化工程，推动农业和农村经济结构的战略性调整。
2.按照公共财政支出改革的要求，改革财政支农支出资金供给方式势在必行。全面推行农口事业单位经费分类管理。要大力推行农口事业单位体制改革，加快农口事业单位布局调整。重新制定农口事业特殊支出定额标准。结合农口事业的行业特点，积极研究制定农口事业单位特殊支出的标准定额。改革农口事业支出方式。按照公共财政支出改革的总体要求，科学划分农口事业支出类型。
3.加大对农业的投入，发挥财政资金对社会资金的吸附和引导作用。按照市场经济下财政职能新的定位，进一步更新观念，建立起以财政支农引导投入方式的多元化，形成社会投资主体多元化的农业投入新体系。
（四）明晰各级政府在财政支农方面的财权和事权，防止投资缺位和越位
目前在财政支农方面，重复投资、分散投资、政府投资缺位和越位现象同时存在，一个重要原因是对各级政府及政府各部门之间的事权界定不清；甚至习惯于计划经济和压力型行政体制的思维定式，把本该由中央政府（充其量再加上省级政府）承担的事权，不切实际地强加于地方政府。今后，有必要在加强研究、充分讨论的基础上，重新调整各级政府在财政支农方面的事权分工，为实现不同级次政府之间在财政支农方面的协调整合创造条件。当然，此项工作是个复杂的系统工程，应该采取既积极又谨慎的态度，操之过急容易产生“先污染，需要再治理”的问题。