禽流感属于正黏病毒科，流感病毒属。根据抗原性的不同，可分为A、B、C三型。A型流感病毒可见于人类，多种禽类，猪、马以及其他哺乳动物；B型和C型一般只见于人类。禽流感一年四季均可发生，冬春两季发病多。
禽流感是由A型流感病毒引起的一种禽类传染病，由于毒力不同，将禽流感分为高致病性禽流感、低致病性禽流感和无致病禽流感。鸵鸟属于禽类，在防控不利的情况下，也会感染高致病性禽流感，死亡率也很高，特别是雏鸟。
临床症状和病理变化患高致病性禽流感的鸵鸟，早期临床症状为精神不振，离群，采食量减少或废绝，排带有绿色尿液，眼睑肿胀，有分泌物，呼吸困难。患鸟2天-3天后会死亡，特别是幼鸟，死亡率高达70%-80%。成年鸵鸟死亡率略低，有的成年鸵鸟经2周-3周病程，可以逐渐康复。
剖解可见肝、脾肿大、充血、易碎，表面有白色坏死斑点。慢性病例，肝呈深绿色，心包发炎，小肠严重出血，肾脏苍白肿胀，输尿管充满白绿色尿酸盐。许多有眼、鼻分泌物的病例，还会有纤维素性气管囊炎和黏液性鼻囊炎的病变。
诊断根据临床表现，剖解病理变化，可以初步诊断，但确诊有赖于病毒分离和鉴定。
防治禽流感属于病毒病，它在鸵鸟群中感染、传播、蔓延、流行也和新城疫在鸵鸟群中感染一样，必须具备三个互相相连的基本环节，即传染源、传染途径和易感鸵鸟。在防控工作中的首要任务就是切断环节，杜绝病原的侵入、生存、繁殖和传播机会，增强鸵鸟的免疫能力。
采取一切措施防止患禽流感的鸵鸟、禽类以及禽流感病毒携带者如：人、其他动物、家禽、野鸟、水禽、迁徒鸟等进入鸵鸟养殖场。
加强卫生消毒制度。禽流感病毒是囊膜病毒，对诸多的去污剂、脂溶剂比较敏感，抵抗力不强，常用的消毒剂很容易将其杀死。该病毒不耐热，60℃加热10分钟，70℃加热数分钟即可丧失活性。直射阳光下40小时-48小时即可灭杀该病毒。
按程序进行传染病疫苗的免疫接种，增强鸵鸟特异性免疫能力，是预防和控制禽流感最可靠、最有效的措施。
痘病
鸵鸟发生的痘病是由禽痘病毒或鸵鸟痘病毒引起的一种高度接触急性传染病。病毒呈砖型或长方型，在患部的皮肤或黏膜上皮细胞的浆液中繁殖，以无毛或少毛的皮肤感染。如喙角、眼周边、翅膀下、肛门等处发生增生性突起，继而形成疣状结节为特征的临床表现。在口腔内、喉头、食道黏膜形成纤维素性、坏死性假膜的白喉样病变。在澳大利亚也曾发生过痘病。美国海岸各洲鸟类常见痘病。我国养鸽户发生过禽痘。
病原鸵鸟发生痘病最主要的传染源是患病的鸵鸟、禽类。或病死禽类和鸵鸟。痘病病毒能将大量毒力很强的成熟病毒粒子随着患部的皮肤或黏膜上皮细胞的浆液排出，直接感染健康鸵鸟或污染场地、饲料、饮水、用具等。
痘病病毒对外界环境的抵抗能力相当强，在干燥和阳光照射数星期环境中，仍保持活力，在一般气候环境中，可存活数月，在粪便、泥土中能存活数周，-15℃可存活数年。痘病病毒在加热60℃经3小时可以灭杀。常用的消毒药物石炭酸、甲醛、2%的火碱可在5分钟内杀死痘病病毒。
传染途径痘病可通过各种媒介传播，引起发病。
直接接触传染。没有任何外界因素参与，病鸟与健康鸵鸟直接接触感染，如接触、舔咬等方式，互相感染发病。
间接接触传染。必须在外界环境因素参与下，也就是通过被污染的传播媒介感染健康鸵鸟，如：与痘病病毒污染了的饲料、饮水、场地、栏舍、用具直接接触而感染健康鸵鸟。
蚊虫叮咬。夏秋季节蚊虫较多，作为媒介，在中间互相传播病毒，引起健康鸟发病。
临床症状和病理变化痘病潜伏期4天-10天。病程4周左右。临床表现可分为皮肤型、白喉型、混合物型。
皮肤型。其特点是在皮肤无毛部位，如眼皮、喙角、头颈部、翅膀下、肛门周围的皮肤，发生隆起的小丘疹，表面不平，有炎症。随后变成灰白褐色的结节，或呈黄色，干燥后呈棕褐结痂，突出皮肤表面，严重时连成一片，如果痘痂发生在眼部会影响眼睛睁开，若发生在口角，会影响采食。
白喉型。其特点是精神沉郁，眼肿胀，眼鼻有分泌物，在口腔咽喉黏膜上发生黄白色痘疹，微隆起，不透明的结节迅速增大，形成一层黄白色假膜，侵害患鸟吞咽和呼吸。严重时会窒息死亡。死亡率较皮肤型痘病高些。
混合型。是皮肤型和白喉型混合发生，死亡率较高。
诊断患有皮肤型痘疹的鸵鸟临床症状明显，不难初步诊断，确诊还须利用电子显微镜找到病毒颗粒或分离出痘病病毒。
防治痘病一年四季均可发生，夏秋蚊蝇多的季节多发。据有关资料介绍，到目前为止，禽痘，包括鸵鸟痘病，还没有特异性的治疗方法和药物。通常采取对症疗法，以减轻患鸟的症状和防止感染细菌性疾病。
预防预防是防治痘病的最佳措施。搞好环境卫生，遵守并坚持养殖场的消毒制度，严防病原体进入本场，感染鸵鸟。禽痘多发地区，对场内的雏鸟免疫接种禽疫苗。
治疗皮肤型痘病可用1%高锰酸钾溶液冲洗后，小心清除痘痂，涂抹碘酊、龙胆紫。
白喉型要及早剥离患鸟口腔咽喉部位增生的黄白色假膜。以防假膜堵截呼吸道、食道，严重影响呼吸和吞咽。
冠状病毒肠炎
冠状病毒性肠炎是侵害火鸡的一种急性、高度传染性病毒病。鸵鸟也感染此病，1992年前后美国、南非、澳大利亚等国发生过冠状病毒性肠炎，该病毒主要侵害3月龄以内的雏乌，以5日龄-42日龄发病多。
临床症状患鸟特异性临床症状主要表现为腹泻，排水样或黏液样粪便，有时粪便带有血样，同时伴有精神委靡，食欲减退或废绝，由于腹泻而引起脱水会造成患鸟出现临床症状后12小时内死亡。
解剖症状主要表现为十二指肠、空肠和盲肠的内容物呈水样或黏液样，并含有气体。肠黏膜上可见小的淤血点。组织学检查时，可见肠道上皮细胞的微绒毛萎缩、坏死、脱落。其他脏器无明显症状。
诊断临床症状和病理变化可做初诊。确诊还需要病原分离和鉴定。
防治到目前为止，仍无一种完全有效的治疗措施，所以，预防是控制本病的最佳办法。对无本病的鸵鸟场，应严格执行防疫制度，认真消毒，特别是孵化室、育雏室等雏鸟生存的环境，更应严格，杜绝传染源侵入本场，侵害雏鸟。对疑似鸟场要加强防范，病鸟要隔离，鸟舍要彻底清理粪便和污物并消毒。在饲料中添加抗生素，防止和控制继发感染。对患鸟可采取对症治疗，腹泻鸟要灌服收敛药，补液盐水，增加营养等应急措施。
波纳病
波纳病是由病毒引起的马、绵羊、兔子等一种神经系统性疾病，主要表现脑脊髓炎症状，因德国100年前波纳地区严重流行而得名。我国还未见鸵鸟患波纳病的报道。
病原波纳病毒是一种慢性病毒，主要存在于患病的动物中枢神经系统、唾液腺、鼻咽黏膜等处。该病毒有较强的抵抗能力，在水中能存活一个月，乳汁中可存活100天，腐败的尸体中存活3个月。
传染途径本病没有明显的季节性，这种病毒的传播方式也不十分明确，从兽医学角度考虑，不是经种蛋直接传播的，从传染病常规感染方式考虑，病毒存在患鸟的唾液、鼻液、乳汁、粪尿中，为了防止该病扩散与蔓延，须隔离患鸟，防止与健康鸵鸟直接接触或接触被污染饲料、饮水、用具、圈舍等媒介。
解剖症状病死鸟除泄殖腔积有黄绿色液体外，肉眼未见异常病变。肌肉、骨骼和关节正常。