“三步法”是化合物发明创造性判断的基本方法
判断发明相对于现有技术是否显而易见，通常可以按照“三步法”进行，这是《专利审查指南》在第二部分第四章规定的创造性判断的基本方法。
《专利审查指南》在第二部分第十章有关化学领域发明专利申请审查的若干规定中，又进一步细化了化合物的创造性判断方法，即（1）结构上与已知化合物不接近的有新颖性的化合物，具有一定的用途或效果就可以认为它有创造性而不必要求其具有预料不到的用途或者效果；（2）结构上与已知化合物接近的化合物，必须要有预料不到的用途或者效果，其创造性才能被认可。
一直以来，有观点认为，上述化合物创造性的判断方法是一种不同于“三步法”的单独的判断方法，但简单分析即可知事实并非如此。当发明要求保护的化合物与现有技术的化合物“结构不接近”时，发明对现有技术所做的贡献其实应当被认定为至少提供了一种不同于现有技术的其他结构的化合物，只要这一贡献能够得到确认，相应的技术问题就已经得到解决，此时当然无需再与现有技术进行用途或效果上的比对；相反，当二者“结构接近”时，通常意味着结构上的区别微乎其微，此时需要依据该化合物的用途和/或效果，重新确定其对现有技术的贡献。可见，化合物创造性的上述判断方法，其内在逻辑并没有脱离“三步法”中先确定实际解决的技术问题，再进一步寻找技术启示的范畴。
实践中，判断发明要求保护的化合物与现有技术的化合物在结构上是否接近，不仅要考虑结构本身的相似性，还要考虑化合物构效关系的密切程度。所述密切程度与发明的技术领域有关，也与现有技术的整体状况有关。一般而言，结构接近的化合物必须具有相同的基本核心部分或者基本的环结构，但是，具有相同的基本核心部分或基本的环结构，未必一定属于结构接近的化合物。
最接近现有技术选择难易对创造性判断的影响
能够作为实际解决技术问题基础的技术效果的确认
根据《专利审查指南》的规定，“发明的任何技术效果都可以作为重新确定技术问题的基础，只要本领域技术人员从该申请说明书中所记载的内容能够得知该技术效果即可”。在确定发明实际解决的技术问题时，记载在申请文件中的所有技术效果均会被考虑。
实践中，说明书中描述的化合物所具有的技术效果往往会因为可预见性低而难以得到直接确认，此时申请人通常负有提供相应实验证据加以证实的义务。通常而言，说明书中仅提及化合物具有某种技术效果，如果本领域技术人员通过分析说明书记载的内容，结合其掌握的普通技术知识，无法确认该技术效果能够实现，则该技术效果不能作为确定发明实际解决的技术问题的基础。
相反，如果某种技术效果未以文字记载在申请文件中，但是，本领域技术人员基于对发明内容的分析，结合其对现有技术的认知能够确信，说明书描述的化合物客观上具有该技术效果，则该技术效果可以作为重新确定发明实际解决的技术问题的基础。这体现了专利制度鼓励发明创造的本意，体现了对申请人在申请日时已经完成并且客观公开的技术贡献的肯定。
最接近现有技术文献整体教导对技术启示判断的影响
如果最接近现有技术给出的整体教导与发明改进的方向相同，对创造性的评价可能向“否定”方向偏移；反之，可能就需要有更强有力的证据表明本领域技术人员有能力突破最接近现有技术设置的教导“障碍”，才可能得出不具有创造性的结论。