抗菌药物抗菌药物是对抗病原性微生物所引发感染的利剑，但是对于儿童，抗菌药物不合理使用可能会引起严重后果。
喹诺酮类抗菌药物如环丙沙星、诺氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星等，18岁以下儿童禁用。这类药物可导致关节、软骨发育障碍，影响儿童生长发育。
氯霉素新生儿与早产儿禁用，儿童慎用。因其可导致再生障碍性贫血、灰婴综合征、肝功能衰竭等严重问题。
四环素类药物8岁以下小儿禁用，因其可导致牙釉质发育不全，以及造成黄染并可能终生不消退，甚至还可能抑制儿童的骨骼发育。
氨基糖苷类抗菌药物如庆大霉素、链霉素、阿米卡星等，存在引发肾毒性、耳毒性的可能，6岁以下儿童禁用。儿童的肾功能尚未发育成熟，此类药物容易造成药物在体内蓄积从而引发肾损害。使用过量还可能引起听力下降，严重时甚至会导致不可逆的耳聋和耳鸣。此外，此类药物与呋塞米等强效利尿剂合用会加大肾毒性和耳毒性，与头孢唑啉合用还可能会引起肾衰竭。
磺胺类药物2月龄以下婴儿禁用，因其可与胆红素竞争血浆蛋白上的结合位点，导致游离胆红素含量增高，而新生儿的乙酰转移酶系统尚未发育完善，服用磺胺类药物会增加发生核黄疸的风险。
呋喃妥因、呋喃唑酮1月龄以内新生儿应禁用，因其可引起新生儿溶血性贫血、多发性神经炎等不良反应。
目前临床共识认为，儿童能够安全使用的抗菌药物为青霉素(使用前要注意皮试)和头孢菌素，且务必以口服为主。
退烧药物儿童发热是较为常见的症状，解热镇痛药也较为常用，其中对乙酰氨基酚与布洛芬是较为安全的药物，为世界卫生组织所推荐。然而，超剂量使用这些“安全药物”，也可能会引发严重的不良反应。如对乙酰氨基酚过量使用可引起肝毒性反应，严重者可致肝衰竭。欧美等国家和地区规定对乙酰氨基酚每天用量不能超过4g，我国出于安全考虑，建议每天用量不能超过2g。
阿司匹林是广泛使用的解热镇痛药，但在儿童罹患流感或水痘时忌用，以免引起瑞氏综合征。
尼美舒利发生过多件用于儿童退热时对中枢神经系统及肝脏造成损伤的案例，12岁以下儿童应禁用。
此外，2岁以下儿童禁用萘普生;14岁以下儿童禁用双氯芬酸钠;15岁以下儿童禁用美洛昔康;儿童禁用吡罗昔康等。
驱虫药儿童使用驱虫药时也要慎重，不可盲目乱用。哌嗪类驱虫药存在潜在神经肌肉毒性，1岁以下儿童禁用。阿苯达唑可致脑炎综合征、迟发性脑病，2岁以下儿童禁用。
抑酸剂西咪替丁可透过血脑屏障，具有一定的神经毒性，16岁以下儿童不推荐使用。雷尼替丁偶有报道可致肝细胞性、胆汁郁积性或混合型肝炎，连续使用后对小儿肝、肾、血液、内分泌系统有损伤，8岁以下儿童禁用。
抗过敏药儿童过敏反应较为多发，在使用抗过敏药物时需谨慎。
2岁以下儿童使用氯雷他定的安全性尚不明确，不推荐使用。3岁以下儿童不宜服用酮替芬。新生儿和早产儿应禁用氯苯那敏、苯海拉明，因其可抑制中枢神经，甚至引起胃肠功能紊乱，导致食欲亢进等。异丙嗪可致2岁以下儿童呼吸抑制甚至死亡，2岁以下儿童禁用。氮卓斯汀滴眼液不推荐4岁以下儿童使用，鼻喷剂不推荐5岁以下儿童使用。临床上儿童用西替利嗪滴剂较为常用。
止泻药小儿腹泻是常见病症，止泻药也较为常用，但并非所有止泻药都可用于儿童。复方地芬诺酯2岁以下儿童禁用，因其对中枢神经系统有抑制作用，极易导致小儿中毒，表现出皮肤潮红、发热、易激惹等症状。洛哌丁胺2岁以下儿童禁用，因为有循证医学证据表明低龄儿童使用可引起过敏性休克、麻痹性肠梗阻、意识障碍等不良反应。
神经系统药物此类药物不良反应较多，儿童使用需慎重。18岁以下儿童不宜使用奥氮平。15岁以下儿童禁用利培酮。6岁以下儿童禁用丙米嗪，6岁以上酌情减量使用。哌甲酯有抑制生长发育的报道，6岁以下儿童应尽量避免使用。
镇静催眠药18岁以下儿童应慎用阿普唑仑。6岁以下儿童可减量使用利眠宁。唑吡坦由于临床研究资料不足，不应用于18岁以下的患者。15岁以下儿童不宜使用佐匹克隆。
中药很多中药不良反应未知，存在很多不确定性，对于儿童尤甚。如雷公藤有免疫抑制作用，对性腺也有明显的抑制作用，儿童禁用。含有朱砂等毒性药材的化风丹，儿童也应禁用。具有激素样作用的鹿茸，可影响儿童发育，儿童禁用。滋补中药人参、蜂王浆等可能导致儿童性早熟，需慎重服用。
作为特殊人群，儿童处于生长发育的特殊时期，用药时需要格外慎重，以免用药不当造成伤害。除了上述10类药物以外，临床上儿童需要慎重使用的药物还有很多，如维生素与微量元素，老百姓会把它们当作营养品，认为多多益善，但盲目使用之下，良药有时也会变成“毒药”。比如维生素D适量补充确实可以增强机体对于钙质的吸收，但过量服用则会引起儿童中毒症状，表现为食欲减退，甚至厌食、烦躁、哭闹、精神不振等。