牡丹浇水应掌握的一个原则：宁可干，不能涝。土壤过于潮湿会引起牡丹烂根，所以平时保持土壤不过分干燥即可。在牡丹生长季遇土壤干旱需及时浇水，同时应结合中耕松土。
春天有雨水，一般可以不浇水。遇春旱时，可在白天天气暖和时，于行间开沟灌水，使水从两边自然渗透。雨季应及时做好挖沟排水工作，以防积水。夏季浇水应在早晚进行，不宜在白天炎热时分进行。冬季牡丹进入休眠期，需水量很少，在土地封冻前浇1次封冻水过冬，然后整个冬季一般不再浇水。
牡丹从定植后第2年开始，一般每年需追肥3次，分别是花前肥、花后肥和越冬肥。当年栽植的牡丹由于栽种时土壤中含有基肥，所以直到第2年花芽萌动时无需再施肥，可在芽萌动时适当追肥。如果土壤中基肥充足，可一直不施肥，直到花后再施肥。
花前肥。开春后花芽出现萌动时施肥，可以保证新枝的快速生长和花蕾的发育有足够的养分，有利于牡丹开出大而艳的花朵来。花前肥以速效肥为主，可以施氮磷钾比例2︰2︰1的速效复合肥；也可以施腐熟的稀薄人粪尿或稀薄饼肥水。
花后肥。花谢后，需及时剪除残花不令结籽。由于牡丹开花消耗的养分较多；加上花后叶片进入快速生长期，叶片生长速度加快，变大变厚；同时鳞芽开始生长分化，所以在花后2周左右时需施肥以补充养分。花后肥的追肥种类以富含氮元素的长效肥为主，可以施缓释肥，比如奥绿缓释肥；也可以施腐熟饼肥、油粕或其他有机肥。
越冬肥。土壤封冻前，施1次冬肥，同时结合浇封冻水。此次施肥为全年施肥最重的一次，有利于提高土壤肥力和有助于牡丹安全越冬，以便来年牡丹生长旺盛。越冬肥以长效有机肥为主，可以腐熟饼肥、油粕、鸡粪、厩肥或其他有机肥。
叶面肥。牡丹除了每年3次追基肥外，在牡丹开花前后，还可以喷施叶面肥，比如喷施比例1︰1000的磷酸二氢钾或花多多2号液肥。
肥料轮换。不论使用哪种有机肥料，都该按年度轮换使用，这样可以避免肥效单一。另外，在施用有机肥的同时，可以掺入菌肥。
应经常保持牡丹地或花台里土壤疏松，并呈无草状态。雨后及时松土除湿保墒。春季锄地宜深，可防旱保墒；夏季多雨，杂草滋生，有草即锄，既可散湿亦可防止野草夺肥。锄地时不管深锄还是浅锄，不能伤及牡丹根系。
为了使牡丹枝条分布均衡、合理适量，维持与根系的协调生长，避免“头重脚轻”；同时为了保持株型的美观匀称，从牡丹定植后的第2年春季开始进行整形修剪。修剪工作主要包括：拿芽定股，即定主枝、除芽；疏蕾摘桃，即疏掉过多的花蕾；花后修剪；秋季修剪、短截和平茬等。
拿芽定股。拿芽定股是牡丹春季管理的一项重要工作，目的是为了节约养分，保证选留下来的枝干和花芽能得到充足的养分供应，避免由于枝条过多，侧芽过多，造成植物整株生长羸弱。
观赏园林、庭院、苗圃基地培养目的不同；牡丹各品种的生长势强弱、发枝能力不同；苗龄株丛大小也不同，所以在选留枝条数量时应综合考虑。①干枯枝、过密枝，弱小枝，开花性能下降的老枝，首先予以剪除。②生长势弱、分枝少、萌蘖枝亦少的品种，比如“梨花雪”“种生黑”等，可放任其生长。③3~4年生植株可选留3~5枝，4~5年生植株可选留5~7枝，5年生以上植株可选留9枝以上。
拿芽是用手直接掰掉枝条上不需保留的侧芽，每个枝条选留1~2个外向健壮侧芽。有顶芽的枝条，一般除保留顶芽外，其他多余侧芽全部掰掉，也可再选留
1个外向侧芽。
牡丹着生在根茎处的芽叫“不定芽”，出土后抽生为萌蘖枝，俗称“土芽”。除老枝更新、秋天分株繁殖、秋天嫁接接穗需保留一定数量的土芽外，其余土芽应全部去除，宜早不宜迟。用凤丹作砧木嫁接的牡丹苗，需注意分辨砧木芽，凤丹土芽1个也不能留。另牡丹移植第1年，一般不培育新枝，所有土芽全部掰掉，以免土芽过多消耗母株养分，不利于植株恢复。
疏蕾摘桃。为了保持牡丹优雅的花姿，以及保证牡丹花大而色艳，必须疏剪掉过多的花蕾，使养分集中供应给主蕾开花。疏蕾摘桃一般可在平桃期进行，也可提前进行。牡丹疏蕾摘桃一般原则：①新移栽的植株，不论苗龄树龄大小，翌年第1次开花都不宜留花过多。②1~2年的小苗，移植后翌年不留花，摘除全部花桃；3~4年苗，可留1~2个花桃待其开放；5年苗可选留2~3个花桃；6年及以上植株，移植后翌年视长势强弱可适当增加留桃数量，但也不宜过多。③多年地栽的植株，如果有足够多的开花枝，每个强壮枝留1个花桃，稍弱枝不留。④选留花苞时，一般选择花蕾位置比较高且便于观赏的花苞。
秋季修剪、短截和平茬。秋季落叶后，将枯死枝、病虫枝、伤残枝进行疏除，并集中销毁。为保持牡丹株型紧凑、枝条粗壮，可将过高枝条进行短截矮化。高枝在短截时，枝条上留1~2个饱满的花芽，且花芽的着生位置距根部距离短的优先保留，然后将选留花芽的上方枝条和花芽全部剪除。此外，为了增加开花枝的数量，在秋季可以将2~3年生植株从基部进行平茬处理，即将植株地面以上的枝条全部剪去，只待根茎处的“不定芽”（土芽）萌发。但这样的平茬处理方式有时会将植株直接“闷死”。所以并不是所有的品种都适合平茬，只有生长势强盛，萌蘖能力较强的品种才适合；而对生长势弱、萌蘖力较差的品种，不宜采取这种平茬方式。实际在平茬时，往往会将地面上枝条留一小部分，且上面必须具备1~2个“潜伏芽”芽点，或1~2个侧芽芽点（低矮枝条）。严格来讲，这种方式并不是真正意义上的平茬，而是将枝条在靠近地面处进行短截。平茬或短截后，封土5cm左右用以逼芽。
庭院栽植的牡丹，可考虑在花池边或其他地方种植藤蔓植物用以夏季遮荫。注意藤蔓植物的高度，在保证遮荫的前提下，要做到通风透气。也可考虑在牡丹西侧栽植落叶乔木来为牡丹进行夏季遮荫。或夏季直接考虑拉遮阳网，遮光率选择50%，遮阳网要达到一定的高度，确保通风良好。
牡丹观赏园林，可考虑将牡丹与乔木进行搭配栽植。乔木一方面可为牡丹提供侧方遮荫的环境，另一方面又可作为牡丹花期观赏的背景树。牡丹在与乔木配合时，一定要注意彼此间的种植距离，如果太近，一方面树冠过于浓荫影响牡丹的光合作用，另一方面根系互相争夺土壤养分和水分，这都会引起牡丹生长不良，影响其开花。
牡丹繁殖苗圃地，夏季可考虑在牡丹植株行间插树枝遮荫，或间种落叶乔木。
牡丹喜凉耐寒，但也怕严寒地区的冬季冷冻和风干。牡丹具有较好的耐寒性，冬季温度一般只要不低于-15℃，就可以安全越冬。当气温低于-18℃，必须采取防寒防冻措施。新移栽的植株不及多年生长的植株抗冻，小苗不及大苗抗冻。
南方地区冬季温度较高，牡丹越冬无压力，可不采取措施。中原地区可以在根部壅土15~20cm，利于苗木安全越冬。东北等严寒地区，对于较矮小的植株，可采取收拢枝条，然后培土覆盖全株，土层覆盖厚度要超过枝条10cm以上。对于较高大的植株，可先用草帘将植株整体包扎，然后外面再用塑料薄膜裹严以防雨雪，下部周围用土压牢。注意要留有透气口。
在牡丹的平时养护管理过程中，要适时观察植株的生长情况和病虫害发生情况，做到预防为主，防治结合。夏季高温高湿，是病虫害发生较为严重的季节，需特别留意观察。
常见主要病害有褐斑病、灰霉病、炭疽病、根腐病、白绢病、紫纹羽病等病害，近2年牡丹曲叶病毒病有增加的趋势。常见主要虫害有蛴螬、白蚁、天牛、介壳虫、根结线虫等
牡丹病虫害综合防治
土壤处理。为防治地下害虫，在栽植前平地时，667m2可撒施5%辛硫磷颗粒剂4~6kg（6~9g/m2），或用3%的噻虫嗪颗粒剂1~2kg，然后翻地。为防病菌侵害，可提前用硫磺粉对土壤进行消毒处理，此法在北方应用较多。硫磺粉既可杀死病菌，又能中和土壤中的盐碱。用法与用量：在翻耕后的土地上，按25~30g/667m2的剂量撒入，并翻地。或在牡丹栽种后，用30%恶霉灵水剂1000倍液对根部进行浇灌。
日常防治。①秋冬季牡丹落叶后，结合清园工作，用石硫合剂喷洒植株和根部或涂枝干。
②初春为防治地下害虫，可用50%辛硫磷乳油1000倍液灌根，或用5%辛硫磷颗粒穴施。为防根结线虫，可用淡紫拟青霉穴施或条施在根系周围。
③春季牡丹展叶后，可用国光50%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液或80%代森锰锌可湿性粉剂600~800倍液喷施，主要起预防病害作用。
在杀菌剂液中可同时加入磷酸二氢钾或花多多2号，杀菌与喷施叶面肥同步进行。
④花后2周，随着气温升高病菌开始活跃，可用25%吡唑醚菌酯1000~2000倍液或10%苯醚甲环唑1500倍液进行喷施，兼有预防与治疗的作用；杀菌液中可加入磷酸二氢钾或花多多2号，增强植株度夏能力；喷后间隔15天可再喷施1次。
⑤7~8月为牡丹病虫害高发季节，可继续每隔15天喷施吡唑醚菌酯或苯醚甲环唑，注意2种药物轮流使用。在杀菌剂中，可加入高效氯氟氰菊酯或噻虫嗪等杀虫剂，达到病虫害一起防治。另外，为了防止根部病害，可用30%恶霉灵水剂1000倍液进行灌根。
⑥如果发现病害有加重趋势，可以喷施38%凯津1500~2000倍液、32.5%阿米妙收1500~2000倍液或35%露娜润2000~3000倍液。这些杀菌药均为新型复配药，能起到较好的治疗效果。
⑦对于牡丹曲叶病毒病，可用5%氨基寡糖素650~750倍液喷施茎叶，也可同时结合喷施32.5%阿米妙收杀菌剂。