2009年制定的食品安全法规定，食品安全国家标准由国务院卫生行政部门制定、公布，同时还规定国务院食品药品监督管理部门对食品生产经营活动实施监督管理。这一食品安全标准制定和执行两者分离的体制，实践中遇到了一些问题，主要是一些急需的标准未能及时制定，不能满足食品安全和执法工作的需要。为使标准的制定和实践紧密结合，增强标准的科学性和可操作性，2015年食品安全法修改对食品安全国家标准的制定主体进行了调整，明确规定食品安全国家标准“由国务院卫生行政部门会同国务院食品药品监督管理部门制定、公布”。
为保证国家标准编号的统一和连续，食品安全法还规定食品安全国家标准的编号由国务院标准化行政部门负责提供。
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