分子生物学实验室主要开展荧光定量PCR/RTPCR和普通PCR/RTPCR，祛除核酸分子的有效方法包括：一是送排风机组，持续向室内送入新风，形成正压，排出室内空气，形成负压；二是通过物理学方法，安装臭氧发生器，不断向实验室内供应臭氧，臭氧分子可破坏DNA，可灭活病毒、灭活细菌、灭活霉菌；三是通过化学方法，提倡用84消毒液来降解DNA，灭活细菌、病毒、霉菌等。实验室建设硬件设施越完善，越有利于运行管理；硬件建设不足，软件和管理要求就越高。基本原则是各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
1.样品的接受和预处理
分子生物学检测实验室依据的检测样品类型不同，主要是病原微生物，如非洲猪瘟病毒，对人是无害的，只需要考虑样品预处理时能够满足基本要求即可，若病原微生物是新型冠状病毒则需重新考虑。接收到样品后，需要对外包装进行消毒等预处理过程，同时对样品进行编号置盲和备份保存；最后主要依靠高压灭菌来保证实验室的生物安全。
2.实验室分区设计平面图
双走廊四/三区：双走廊即洁净走廊和物料通道（普通走廊、污染走廊）；四/三区主要指中间的功能区，做荧光定量PCR只需三区足以（体系配制、核酸提取、反应间），若是普通PCR/RTPCR，必须有PCR产物分析区（建议独立在三区之外）。
分区压力梯度设计及气流方向：人为控制压力梯度形成压力差，控制风向。一更中通过送风形成正压（+20P），风向两边吹，手消毒间和洁净走廊压力相同（+10P），洁物间压力高（+20P），体系配制间压力最高（+20P），反应体系坚决不可被污染，风吹向四周。反应间污染风险最高，应设置压力最低（-20P），风向中间吹形成压力陷阱。核酸提取间相对反应间压力较高（-10P）。
实验室分区物流方向：物料等进入洗消间，进行脱外包、清洗、消毒、高压后通过传物窗到达洁物间等；大多商品化试剂盒脱外包装后，将引物探针反应液等通过传物窗进入体系配制间，分装每个反应管后进入反应间；样品在预处理阶段处理成需要的体积通过传物间送达核酸提取间。用完的物品通过传递窗传至物料通道再到洗消间，形成单向性物流方向，避免二次交叉污染的发生。
实验室分区人流方向（进入-退出）：进入体系配制间时需要淋浴，进入反应间和核酸提取间不需要淋浴，有淋浴设置可以很大程度上降低污染的交叉，若没有淋浴室只能通过更换衣服进出。
二、实验室建设
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实验室的选址：相对地势较高、僻静，无外源污染源；了解当地四季温差、季节性风向、温度变化范围、空气相对湿度、空气洁净度等；交通相对便捷、实验室外围地面应有防沙尘装备（铺石子、绿化）、路面应硬化；设施的保障要有给水有排水有电，保证医疗废弃物和废水的处理。
实验室的进排风口设置：进风口和排风口不建议设置在同一面墙上，最理想的是一侧进风，一侧排风，横向长度尽可能长，排风口与进风口至少有2米的高度差。
实验室的送排风量计算：形成压差才能形成可控的风向，实验室面积满足需求尽可能小，层高一般为2.2~2.3m；换气次数一般10~15次/h，在设计时应预留更大的换风能力；环境温度与湿度要适宜，一般湿度在40%~60%。
实验室的送风机箱：建议安装变频电机，输出功率可人为调整。安装粗效，过滤柳絮、杨絮等杂物，并定期清洗；中效主要过滤颗粒较大的灰尘（大于5微米）。南方地区夏季温度高建议安装冷盘降温，北方地区冬季温度低，建议安装暖盘。对于常年湿度较高的地区建议安装除湿装置。建议安装臭氧发生器，可定时开关。
机箱的安装及送风：进风机箱安装在技术夹层上面，使机箱与功能间管道距离最短，大大节省能耗。技术一次性投入越高，后期运行的费用越低。全进全排，不回风。
实验室必要的辅助设施：设备检修门、不锈钢操作台、防返地漏、紧急逃生门监控通讯系统、鞋柜更衣袋、缓冲间互锁、强制淋浴、手消毒器、压差计、闭门器。
三、实验室运行
硬件设施需维护保养，校准个别计量器具，实验室需定期验证；软件应具有操作规程（程序性文件）、实验记录、运行记录等；有些物料是重复使用的，需根据区域选择不同的颜色，工作鞋分区颜色、工作服分区颜色、洗衣机分区适用、移液器等喷涂颜色、风管分区颜色等；管理人员、工作人员、维护人员都要有相应职责，定期培训、定期考核。
四、污染风险管理
分子生物学实验室的污染源
外源污染：送风系统、物料外包装、工作鞋、工作服
样品交叉：样品采集、样品预处理、样品核酸提取、加样操作
PCR产物：单管意外开盖、热盖未冷却、垃圾未及时处理、高压PCR产物
阳性对照：浓度过高、开盖不当、加样不规范、处理不当、非对照使用
五、防污染长效机制
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技术人员队伍相对稳定、掌握必要的理论基础、实验室工作经验积累、持续的培训提高；必须要有风险意识、管理以风险为导向、预防为主，防范大于治理；建立验证制度、制定验证方案、按周月季进行不同范围验证；必须要有规范、以质量手册和程序文件规范实验室、污染-分析-解决-修改，螺旋式提升实验室质量体系。
实验室防污染的重要措施：一是防污染的硬件设施的通风控制，通过送排风对实验室进行自净，可减少50%的污染；二是风险管理，增强风险意识与风险控制，防大于治；三是人物流控制，认识最大的污染动力，控制实验器具耗材的交叉，人流和物流规范有序的流动。