生活饮用水卫生标准(GB5749-2006)中，选择总大肠菌群、耐热大肠杆菌、大肠埃希菌、菌落总数、第鞭毛虫和隐抱子虫作为微生物的6个指标。
1.总大肠菌群总大肠菌群是指可在较高浓度的胆盐培养基上生长，35～37℃培养24h能发酵乳糖产生酸或乙醛的一群需氧和兼性灰氧、革兰阴性、无芽胞的杆菌。埃希大肠杆菌和耐热大肠杆菌是能在较高温度下发酵乳糖的总大肠菌群的一个亚群。作为乳糖发酵的一部分，总大肠菌群产生β-半乳糖水解酶。传统上认为大肠杆菌属于埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯菌属和肠杆菌属，但种类繁多,涵盖了诸如沙雷菌属和哈夫尼亚菌属等更多的属。总大肠菌群包括了粪便和环境中的多个菌种。
(1)作为指示徽生物的意义：总大肠菌群包括能够在水中存活和生长的微生物，因此,它们不能作为粪便致病菌的指标，但可以用作评价水处理效果、输配水系统清洁度、完整性和生物膜存在与否的指示菌，两用于上述目的评价还有更好的指示菌。作为消毒效果的指示菌，检测总大肠菌群既耗时结果又不可信，不如直接检测消毒剂残留量。另外，与肠道病毒和原虫相比，总大肠菌群对消毒过于敏感。菌落总数检测的菌谱更宽，被认为是评价输配水系统清洁度和完整性的更好指示菌。
(2)感染源：总大肠菌群(包括埃希大肠杆菌)在污水和自然水体中都可检出，该群中的某些菌可随人或动物的粪便排出，且许多细菌是异养性的，可在水和土壤中繁殖。总大肠菌群也珂在输配水系统中存活和生长，尤其是在有生物膜存在的情况下更易生长繁殖。
(3)实际应用：通常检测100ml水样中的总大肠菌群。根据发酵乳糖产酸或产β-半乳糖水解酶的情况，可以进行多种相对简单的检测，包括膜过滤后，将滤膜在选择性培养基上于35～37℃培养、24小时后进行菌落计数。备选的方法包括利用试管或微量滴定板以及P/A(有/无)试验的最大可能数法。用于野外检测的试剂盒也已面世。
(4)对饮用水的意义：消毒后的水立即测试不应该有总大肠菌群检出，一旦检出则表明水处理不当。输配水系统和储水装置中检出总大肠菌群，提示有细菌再生、可能有生物膜形成或水入口出被污染。
2.耐热大肠杆菌能够在44～45℃发酵乳糖的所有大肠菌称为耐热大肠杆菌。多数水体中的优势种为埃希菌属，但柠檬酸杆菌属、克雷伯菌属和肠杆菌属的某些型也属于耐热大肠杆菌。埃希大肠杆菌可分解色氨酸产生叫噪或产生庐二半乳糖水解，此可将该菌与其他耐热大肠杆菌鉴别开来。埃希大肠杆菌在人和动物的粪便中大量存在，尽管有证据显示该菌在热带上壤中能够生长，在没有粪便污染的情况下很少被检出。耐热大肠杆菌(而非埃希大肠杆菌)中还包括某些环境微生物。
(1)作为指示做生物的意义：埃希大肠杆菌被认为是指示粪便污染的最理想指标。多数情况下，耐热大肠菌群中的主要优势菌为埃希大肠杆菌，虽然人们认为这二菌群可靠性较差，但作为粪便污染指标还是可以接受的。包括饮用水水质监测在内的监测项目确认中，首选的指示性微生物为埃希大肠杆菌(亦可为耐热大肠杆菌)。这些微生物还被用作消毒指示菌，只是不如直接检测消毒剂残留更快、更可靠。此外，与肠道病毒和原虫相比，埃希大肠杆菌对消毒更敏感。
(2)感染源：埃希大肠杆菌在人和动物的粪便、污水和近期被粪便污染的水中大量存在。水温和饮用水输配水管道系统中的营养条件不太可能支持这些微生物的生长。
(3)实际应用：通常检测100ml水样中的埃希大肠杆菌(或耐热大肠杆菌)。根据发酵乳糖产酸产气或产β-半乳糖水解酶的情况、可以进行多种相对简单的检测，包括膜过滤后，将滤膜在选择性培养基上于44～45℃培养，24小时后进行菌落计数。备选的方法包括利用试管或微量滴定板和P/A实验的最大可能数法，还有一些针对100ml以上水样的检测方法。已经有适于野外检测使用的试剂盒面世。
(4）对饮用水的意义：大肠杆菌(亦可为耐热大肠杆菌)的存在证明最近有粪便污染，检出后应该考虑采取进一步的行动，包括进一步取样、调查潜在污染源、是否有水处理不够充分或输配水系统管道破裂等原因。
大肠埃希菌是粪便污染最有意义的指示菌，已被世界上许多组织、国家和地区使用。世界卫生组织(WH0)规定生活饮用水中100ml水样不得检出大肠埃希菌或者耐热大肠菌群。美国《水与废水标准检验方法》20版中明确阐述了大肠埃希菌的检测方法。大肠埃希菌已经为美国、加拿大、墨西哥、阿根廷、韩国、日本、新西兰等多个国家作为生活饮用水卫生指示菌而被采用。因此，此次修订在常规检验项目中加人大肠埃希菌指标，限值为1ooml不得检出大肠埃希菌。并说明：若检出总大肠菌群，须进行粪大肠菌群或大肠埃希菌检测。若水样中检出耐热大肠菌群或大肠埃希菌，说明水质可能受到严重污染，必须采取相应措施。若水祥未检出总大肠菌群，不必检验大肠埃希菌或耐热大肠菌群。
总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希菌依测定方法不同而浓度单位不同，用多管发酵法测定，其单位为MPN/100ml(maximumpossiblenumber最可能数);用滤膜法测定时单位为cfu/100ml(colonyformingunit菌落形成单位)。
4.细菌总数细菌总数系指在37℃下，培养48小时能存活的所有细菌的总量。
除总大肠菌群和粪大肠菌外，水体中的细菌总数指标也可指示饮用水中的微生物污染状况，并可判定自来水厂的净化消毒效果，且检测方法简便。
我国《生活饮用水卫生标准》中规定，生活饮用水中细菌总数不得超过100cfu/ml。检测方法采用标准平皿计数法。
饮用水中的致病微生物包括肠道致病菌、病毒、水性致病原虫和蠕虫(血吸虫)。
饮用水的微生物污染是我国最大的饮水安全问题,尤其在中西部农村地区。加强饮水净化和消毒即可有效控制水性传染病的传播流行。
饮用水的微生物污染的主要原因是生活污水、养殖废水以及生活垃圾未经处理直接排入水体。2005年10月10日建设部通报截至2005年6月，全国还有297个城市未建污水处理厂，38个城市的污水处理厂运行负荷率低于30%、其中包括17个已建污水处理厂未投人运行的城市。没有修建污水处理厂的城市中，8个是50万人以上的大城市，54个城市位于重点流域、区域“十五”规划范围内。全国661个设市城市建有污水处理厂708座，处理能力为4912万m3/d，是2000年的2倍多。2005全年城市污水处理量162.8亿m3，比2000年増加了43%，城市污水处理率45.7%。
2005年全国城市生活垃圾集中处理率52%，实际上无害化处理率仅35%。大量的低标准填埋处理方式，产生的有害渗滤液对地下水和地表水造成严重污染。例如三峡库区生活垃圾总量380万吨，工业垃圾3000万吨，逢汛期垃圾随暴雨、洪水沿江而下，呈五颜六色垃圾带(白色泡沫塑料、绿色蓝藻、化工厂红水、造纸厂黑水)，垃圾山4m高，有死牛、死羊和死人，长江浮尸1年超300具，万州长江清源队每日平均打捞垃圾40吨。长江沿岸共有自来水厂取水口500个，此岸排污，彼岸取水，自来水厂旁堆放垃圾山。排污口、码头、饮用水厂区水口犬牙交错，无序布局，相互制约。
人饮用受致病微生物(如细菌)污染的水或食用被此水污染的食物，易引起霍乱、伤寒、脊髓灰质炎、甲型肝炎、细菌性痢疾、血吸虫病、钩端螺旋体病等疾病。2002年，全球约有310万人死于腹泻和癌疾，若卫生设施能有所改善，则每年可挽救170万生命。2004年四川省因饮水污染暴发介水传染病流行，总报告病例达数百人之多，123名学生罹患甲肝。2005年，卫生部发布的全国法定报告传染病疫情显示，霍乱疫情比去年同期大幅上升。第三季度全国共报告霍乱638例，与2004年同期比较上升了275.29%。主要集中在东部沿海地区。
5.第鞭毛虫和隐袍子虫第鞭毛虫和隐抱子虫是一类寄生于人和动物体内的肠道原虫、它们的袍囊和卵囊在受生活污水污染的地表水、处理不良的自来水中均可检出。它们可引起人的消化道感染，症状与腹泻相似。
四川省华蓥市调查了1632人，第鞭毛虫的感染率为6.25%，农村感染高于城市近1倍。湖南资料，腹泻患者粪便检测隐袍子虫卵囊阳性率3.84%；青海牧民感染率较高，可能与人畜共饮有关。云南的报道，学龄前儿童隐抱子虫感染率达到8.51%，中小学生为6.25%，以上资料表明；通过饮用水导致原虫感染散发在我国同样是不可忽视的。