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(三)、熏蒸消毒
熏蒸消毒是利用消毒药物气体或烟雾，在密闭空间内进行熏蒸达到消毒目的。该方法既可用于处理室内空气(污染的空气)，亦可用于处理污染的表面。食品生产经营场所应定期实施熏蒸消毒，以保证生产场所及空气的清洁。
(1)、甲醛熏蒸(40%甲醛水溶液称福尔马林)。
甲醛是有刺激性的无色气体，易溶于水和乙醇，甲醛作为消毒剂已经有了近百年的发展历史。
原始的甲醛消毒方法主要是将甲醛溶于水中，将带有甲醛水溶液的器皿在火源上进行加热蒸发。甲醛气体具有广谱、高效杀菌作用且使用方法简单、方便，对消毒物品无损害，对人安全，使用甲醛气体熏蒸消毒，在一般密闭情况下对经营场所内空气，亦可对场所内墙壁、机械设备等表面消毒。对污染严重的霉斑有良好效果。
但是甲醛是有毒气体，具有毒性和致癌性，食品生产车间应避免这种办法的采用。近期，食药总局在开展的60次婴幼儿配方乳粉生产企业食品安全生产规范体系检查中发现，个别企业采用甲醛加高锰酸钾熏蒸方法对车间环境进行杀菌消毒，存在食品安全隐患。
(2)、过氧乙酸薰蒸。
过氧乙酸同甲醛类似，也是一种高效广谱的杀菌剂，为无色透明液体，有刺激性酸味，具有易挥发和强腐蚀性的特点，对于人体黏膜有刺激性。
(四)、臭氧消毒
臭氧对表面上污染的微生物有杀灭作用，但作用缓慢，一般要求60mg/m3，相对湿度≥70%，作用60-120分钟才能达到消毒效果。臭氧作水的消毒时，0℃最好，温度越高，越有利于臭氧的分解，故杀菌效果越差；加湿有利于臭氧的杀菌作用、要求湿度>60%，湿度越大杀菌效果越好。
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