细菌中存在的前噬菌体往往容易被人们所忽视，但实际上它们对于柠檬酸发酵潜藏着极为巨大的威胁。前噬菌体稳定地整合在细菌的染色体当中，当面临特定的环境胁迫条件时，例如营养物质极度匮乏、温度出现剧烈的变化、酸碱度严重失衡以及受到抗生素的作用等等，前噬菌体就会被激活，从而从染色体中脱离出来。一旦脱离，前噬菌体便开始进行自身的复制和繁殖。这一过程很可能会对细菌正常的生理代谢流程造成严重的干扰，使得细菌的生长和繁殖受到明显的抑制，进而极大地影响柠檬酸的发酵产量以及质量。
此外，前噬菌体的激活还可能引发细菌基因的重组和突变，致使细菌的遗传特性发生改变。这种遗传变异或许会让细菌产生全新的表型特征，例如对抗生素的抗性显著增强、对环境的适应能力发生改变等等，给柠檬酸发酵的稳定性和可控性增添了更多的不确定性因素。
而且，前噬菌体在复制和繁殖的过程中所产生的一些蛋白质和毒素，还有可能对细菌的细胞膜和细胞壁造成损害，严重破坏细菌的细胞结构和功能，进一步对柠檬酸的正常发酵形成阻碍。诸如高温、高盐、抗生素的作用、低碳源或者紫外照射等外界因素，都有可能诱导前噬菌体被激活，进而引发溶菌循环，释放出噬菌体，最终对发酵过程造成严重的污染。
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