发酵罐灭菌后在宽敞的冷却室冷却，现在发酵罐冷却的方法有水冷、冷却室、夹层水套三种方式，一般水冷较为常见。
冷却后的发酵罐推到洁净度很高的专用接种室进行接种，专用接种室环境质量直接决定发酵罐的成功率。发酵罐气源净化系统，设计合理的气源净化系统是发酵罐生产的基础，我们在建厂时，一定要找最专业的空气处理为我们设计和安装气源净化系统。
干净、整洁的发酵罐菌种培养室，请注意每个支管都是先向上再反下来，这是为什么？目的防止一旦出现洁净空气进水的情况，而不至于流进发酵罐。
宽敞、明亮、规范的实验室，这是食用菌工厂化的基础，现在国内的大型食用菌工厂也开始重视实验室的硬件建设，如果可以用设备解决的问题一定要通过设备解决，最大化的避免认为操作失误给生产带来的影响。
先进的设备和严谨的操作，保证摇瓶菌种的纯度，是发酵罐菌种制作的基础。
大部分食用菌工厂都用平皿制作母种，平皿和试管各有优点，平皿菌丝生长平展，更容易观察生长状态。
大型搅拌机，即使拌料车间也是非常整洁，在食用菌工厂化生产中，各个工厂在技术的区别逐渐减小，加强细节管理是提高竞争力的重要途径。
装瓶车间，全部采用机械手，以及大量的传送带，减少用工，降低生产成本，同时也减少人为操作。
正在进行接种前工作准备，大型层流罩保证接种环境处于无菌状态。
配备天车机械手的培养室。
搔菌
移动式出菇方式，高8层，这种层架对菇房的内循环要求很高，否则整批的一致性很难保证。
采收和包装车间。
备注：我公司可承接各种面积与级别（十万级、万级、百级）的食品、乳制品等净化工程的设计、施工、维护及检测。
组培净化车间设计原则为：◆防止污染，控制住污染，就等于组织培养成功了一半；◆结构和布局合理，工作方便、节能、安全；◆按照工艺流程科学设计、经济、实用和高效。组培净化车间选址要求避开污染源，例如最好避免与温室、微生物实验室、昆虫实验室相邻，水电供应应充足，交通运输便利。◆组培净化车间建造时，应采用产灰尘量最少的建筑材料；◆墙壁、天花板、地面的交界宜做成弧形，便于日常清洁；◆洗手池、下水道的位置要适宜，不得对培养环境造成污染，下水道开口位置应对组培车间的洁净度影响最小，并有避免污染的措施；◆设置防止昆虫、鸟类、鼠类等动物进入的措施；◆管道要尽量暗装，安排好暗敷管道的走向，便于日后的维修并能确保在维修时不造成污染。◆接种室、培养室的装修材料必须经得起消毒、清洁和冲洗，并设置能确保与其洁净度相应的控温控湿的设施；◆组培车间的电源应由专业部门设计、安装并经验证合格之后方可使用，应有备用电源，确保停电或掉电时能继续操作。
食用菌净化车间注意事项：★安全注意事项严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室应先关掉紫外灯。★无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。★无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。★无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。★需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。★工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。★无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌20分钟。★供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用70％的酒精棉球消毒外表面。★凡带有活菌的物品，必须经消毒后，才能在水龙头下冲洗，严禁污染下水道。