1、与农业部的有关职责分工。农业部门负责食用农产品从种植养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理，负责兽药、饲料、饲料添加剂和职责范围内的农药、肥料等其他农业投入品质量及使用的监督管理。
2、与国家卫生和计划生育委员会的有关职责分工。国家卫生和计划生育委员会负责食品安全风险评估和食品安全标准制定。
4、与商务部的有关职责分工。商务部负责拟订促进餐饮服务和酒类流通发展规划和政策，国家食品药品监督管理总局负责餐饮服务食品安全和酒类食品安全的监督管理。
5、与公安部的有关职责分工。公安部负责组织指导食品药品犯罪案件侦查工作。
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