申请小作坊食品生产许可证时，首先要办理公司登记，申办个体工商户的营业执照，并准备必要的设备、仪器。然后向当地的质监局提出申请，质监局受理申请后，将会派人到现场审核，并对食品进行抽检。检验合格的样品后，质监局就会发放食品生产许可证。根据《食品生产许可管理办法》第十二条：申请食品生产许可，具有与生产的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离。
【法律依据】
《食品生产许可管理办法》第十二条，申请食品生产许可，应当符合下列条件：1、具有与生产的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；2、具有与生产的食品品种、数量相适应的生产设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；保健食品生产工艺有原料提取、纯化等前处理工序的，需要具备与生产的品种、数量相适应的原料前处理设备或者设施；3、有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度；4、具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物；5、法律、法规规定的其他条件。
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