日本人的起源已经查明，日本人的祖先分别来自东南亚、南亚以及东北亚地区的原始部落，但很多日本人知道真相后，却难以接受。
一提起日本人的起源，很多人就会提起秦朝时的徐福。
据司马迁《史记》记载，公元前219年，秦始皇统一六国后，就梦想着自己能够长生不老。
著名方士徐福上书始皇帝说，海中有三座仙山，且有神仙居住，秦始皇就派方士徐福带领着许多工匠、粮食、医药，以及童男童女三千多人，东渡到日本（当时并不叫日本，当时叫瀛洲，徐福认为瀛洲是座仙山）求长生不老药，随后徐福等人不知去向。
后人就认为徐福等人去了日本，认为日本人就起源于徐福带去的这3000多人。
当然徐福在日本很受崇拜，很多地方建有徐福纪念馆，并将徐福视作农耕之神，医药之神，纺织之神，甚至很多日本人认为徐福就是自己的祖先。
其实徐福等人并不是日本人的祖先，日本史书《日本国史略》中记载：孝灵天皇72年，秦人徐福来。这就有力证明了徐福等人并不是日本人的祖先。
因为早在3万年以前，就有人类在日本居住生活了。
目前学术界普遍认为日本人是绳文人和弥生人混血产生的后代，那什么是绳文人和弥生人呢？
早在3万年前，南亚、东南亚生活着一种古老的居民，后来其中的一部分居民，通过中国东南沿海，通过朝鲜来到日本，这部分人就是绳文人的祖先，这些古人和我们中国人长相有较大的区别。
后来距今1万年前，一些生活在中国东北的原始部落，通过朝鲜半岛进入日本，这部分人就是弥生人的祖先。
之后，这两个种群开始融合通婚，产生了混血的日本人，也就是因为弥生人的大量迁入，使得日本人的长相越来越接近我们中国人。
之后，从中国秦汉时期开始，因为躲避战乱，很多中国老百姓迁居日本，这其中就包括徐福带去的3000童男童女和工匠，这就使得日本人和我们中国人长相越来越接近。
老百姓的迁居，大大促进了日本岛内的农业、手工业、医学、纺织、炼铁、文化等飞速发展。
现如今，日本国内还保留着大量古代中国元素的痕迹，比如日文中保留着大量的汉字；日本的民族节日和我们的传统节日相似；日本的建筑风格和我们的古建筑风格相似等。
从一定程度上讲，徐福等人及其后来陆续到达日本的中国人促进了日本整个社会的发展，这或许是很多日本人崇拜徐福的主要原因之一吧。
那日本人的祖先究竟来自哪里呢？
近些年来，科学家通过基因测序发现：
日本人的一部分基因与中国云贵高原人类基因极其相似；
日本人的一部分基因和东南亚人相似；
日本人的一部分基因与西藏人基因相似；
日本人的一部分基因来自东北亚地区。
以至于现在在日本国内，有些人称自己是中国云南少数民族的后裔；