乳蛋白是乳中最重要营养成分，含量约为3.0%-3.7%，主要有酪蛋白和乳清蛋白，在人体内的消化吸收率达97%-98%。牛乳中的蛋白质主要由酪蛋白(CAS)和乳清蛋白(WP)两大部分组成，在20℃，pH4.6条件下，牛乳中沉淀下来的蛋白质就是酪蛋白，约占80%;剩余的溶解于乳清的蛋白质均称为乳清蛋白，约占20%。
酪蛋白胶粒是由as-CN、β-CN和K-CN构成，其中as-CN和β-CN可通过定量结合形成热稳定性强、大小一致的胶粒内核，而r-CN排列在内核的表面形成“壳保护颗粒”，倘若没有K-CN，其他酪蛋白和钙离子的复合物便会形成沉淀。
乳清蛋白是一种优质蛋白，其赖氨酸、色氨酸、苏氨酸、亮氨酸、异亮氨酸含量均高于酪蛋白。此外，乳清蛋白在胃酸作用下形成较小的乳凝块，溶解度高，因此在胃中排空速度较快，这种特性大大提高了乳清蛋白在肠道的吸收速率。
因此乳清蛋白的利用率和生物价均高于酪蛋白。在功能性食品中，常用的乳清蛋白种类一般为三种，即浓缩乳清蛋白(WPC)、分离乳清蛋白(WPI)和水解乳清蛋白(WPH)。乳清经过处理之后，首先得到的是WPC，其蛋白质含量一般在35%-85%。WPC进一步分离纯化得到的是WPI,蛋白质含量一-般在85%-90%。WPC或者WPI进一步水解、纯化得到的就是WPH,其蛋白质含量一般在95%以上。
乳清蛋白的蛋白质含量范围在34%-92%，常用其蛋白含量占总固形物的百分比大小来区分等级。
大豆分离蛋白(SPI)是以生产大豆油脂产生的副产品，低变性脱脂大豆粕为原料，应用现代食品工程技术分离得到的。大豆分离蛋白属于完全蛋白质，是植物蛋白中的优质蛋白之一。
同时，它还是优良的食品加工助剂，具有溶解性、分散性、凝胶性、持水性、持油性、乳化性、起泡性、成膜性等食品加工特性。大豆分离蛋白作为食品加工助剂细分为80多种类型，广泛应用在肉制品、乳制品、饮品、糖果、方便食品、冷冻食品等多种食品中，符合多样的市场需求。大豆分离蛋白的蛋白质含量一般在90%以上。
国内外企业生产大豆分离蛋白普遍采用碱溶酸沉法，也有部分企业使用超滤膜法和离子交换法。碱溶酸沉提取大豆分离蛋白工艺的主要步骤包括粉碎、碱液浸提、酸沉、中和、杀菌和喷雾干燥。实际生产中，这些步骤根据设备的不同可以实现自动化或半自动化流水作业。各个步骤在生产时都有明确的参数和操作要求。
蛋白质在酸性、碱性、酶等条件下会发生水解，由于水解程度和断键位置不同，生成不同分子质量的肽及氨基酸，这个过程称为蛋白质的水解，其生成的产物称为肽或者称为水解蛋白。水解蛋白一般为不同分子质量肽链(和氨基酸)的混合物，通过控制工艺可以将大部分的分子控制在某一个特定的分子质量范围。蛋白质在水解过程中，肽键被裂解的程度或百分比称为蛋白质的水解度。如常见的水解乳清蛋白的水解度一般在5-30。
水解乳清蛋白(WPH)是乳清蛋白经水解的产物，目前国内外生产水解乳清蛋白最普遍的是酶解法。酶解法制备水解乳清蛋白成本相对较低，而且安全性高，生产条件温和易控制，适合大规模批量生产，通过条件控制可定位生产出不同水解度的蛋白产品。
同其他蛋白质-样，乳清蛋白主要在肠道进行消化和吸收。水解乳清蛋白中的蛋白质主要以短肽形式存在，在肠道中经过初步酶解后，具有肽类的快速吸收的特性，更适合于胃肠道功能降低，需快速提供能量和蛋白质的病人。
工业化制备的胶原蛋白通常是通过水解工艺生产而成的，原料通常来自于鱼皮、猪皮、牛皮、牛骨、鸡胸软骨等，因此水解胶原蛋白就是一种改性的天然产品，不但去除了原料中不好的腥味，而且增加了其溶解性、流动性等应用方面的特性。胶原蛋白具有多种生理功能，能增加皮肤组织的持水能力，增强和维持肌肤的弹性和韧性，延缓肌肤的衰老，还可以促进伤口愈合，维持关节健康等。常作为功能性蛋白加人特医食品中。
支链氨基酸包括亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸三种，BCAA是人体中唯一无需经过肝脏代谢的氨基酸，其主要代谢场所是骨骼肌，约占骨骼肌蛋白质的必需氨基酸的三分之一，为外周组织供能。支链氨基酸的作用主要体现在如下两个方面。
手术、创伤、感染，甚至饥饿情况下，支链氨基酸通过骨骼肌氧化给肌肉葡萄糖-丙氨酸循环和肌肉谷氨酰胺的合成提供能量和氮源。近年研究发现，支链氨基酸具有调节器的功能。在骨骼肌中，亮氨酸通过抑制蛋白质降解和促进蛋白质合成而起到蛋白质周转率的调节器作用。
进一步研究发现，亮氨酸在其中起着主要作用，其可使骨骼肌蛋白质合成率提高50%，同时分解率降低25%。亮氨酸抑制蛋白质分解的主要机制是其代谢产物a-酮戊己酸促进胰岛素分泌，同时抑制胰高血糖素分泌，从而抑制糖异生作用，减缓了肌肉蛋白分解。
正常人血中支链氨基酸与芳香族氨基酸(苯丙氨酸和酪氨酸)的比值为3.0-3.5。严重肝脏疾病晚期的病人，肝脏功能严重受损，胰岛素和胰高血糖素的降解率降低，因而它们在血中浓度均有升高。同时因为胰高血糖素升高的更为明显，导致胰岛素/胰高血糖素比值下降，从而出现体内分解代谢大于合成代谢。
在这种情况下，大量芳香族氨基酸从肌肉和肝脏的蛋白质中分解出来。此时又由于受损伤的肝脏将芳香族氨基酸转化为糖(糖异生作用)的能力降低，于是血液中芳香族氨基酸的比例升高，严重时可使支链氨基酸与芳香族氨基酸比例下降到1.0-1.2。
支链氨基酸与芳香族氨基酸都属于中性氨基酸，由相同载体转运通过血脑屏障，故存在拮抗作用。因芳香族氨基酸比例高而竞先进人脑内，然后在芳香族氨基酸脱羧酶的作用下，生成羟苯乙醇胺和苯乙醇胺，其化学结构与神经递质去甲肾上腺素和多巴胺相似，但传递信息的生理功效却远弱于去甲肾上腺素，所以这两种物质又称为假性神经递质。
虽然如此，这两种物质的产生还是会造成网状结构上行激活系统功能失常，从而出现至大脑皮质的兴奋冲动受阻，以至于大脑功能发生抑制，出现意识障碍甚至昏迷(即肝昏迷)。所以临床上常用支链氨基酸的注射液治疗肝昏迷。
精氨酸为条件必需氨基酸，通过参与蛋白质、肌酐及多胺的合成，在维持正氮平衡、循环调节、机体激素分泌、免疫调控、肠黏膜屏障维护及肿瘤代谢方面发挥着重要作用。另外，精氨酸是婴儿的必需氨基酸，长期缺乏精氨酸必然影响其生长发育。
较低剂量的精氨酸可以降低血小板黏附、改善组织供血、促进蛋白质合成及创面修复、抑制炎性反应。高剂量的精氨酸在刺激机体免疫细胞活动的同时，也会诱导产生大量炎性质和自由基，从而放大炎性反应，并加重组织损伤。另外也有Meta分析认为，精氨酸强化的营养治疗可以部分改善患者的病情，但是有增加死亡率的风险。
我国GB2760-2014《食品安全国家标准食品添加剂使用标准》规定，L-精氨酸为允许使用的食品用香精，按生产需要适量使用。
谷氨酸为非必需氨基酸，血浆中含量最高的氨基酸，可占到血浆中自由氨基酸的20%。其可由谷氨酸和铵离子通过谷氨酰胺合成酶的酰胺化作用形成，同时也可由葡萄糖代谢产生的a-酮戊二酸通过转氨化作用和酰胺化作用而产生。谷氨酰胺主要存储于骨骼肌，同时也存在于肺部和脑部。而肠道和肝脏，尤其是小肠是谷氨酰胺的主要消耗器官，肾脏主要利用谷氨酰胺来维持酸碱平衡。
谷氨酰胺的主要生理功能主要有如下几方面:①增加机体蛋白质的合成;②防止或减少肌肉组织分解:③是小肠细胞的首要供能物质，是结肠细胞的第二供能物质，可协助水，钠在小肠的运转:④促进胰腺细胞的生长;⑤维持和促进谷胱甘肽的活性功能:⑥是免疫细胞增殖的必需成分:⑦具有抗优郁的作用:⑧促进伤口愈合。
牛磺酸主要以游离氨基酸的形式存在，约占人体游离氨基酸总量的50%，广泛分布于人体的各组织器官中，其中以神经、肌肉和腺体中含量最高。
大量研究表明，牛磺酸具有多种生理和生物学功效。包括结合胆汁酸、抗氧化作用、促进脑细胞发育、提高神经传导和视觉功能、调节细胞内钙的稳态、增强免疫力等作用。牛磺酸还可改善再灌注心脏的低功能状态，减少心律失常的发生，增强细胞膜的稳定性。
牛磺酸缺乏对机体的视觉、中枢神经系统和心血管系统均会产生不利影响，表现在幼儿生长发育迟缓;光感受器退化，使光传导功能受到抑制，导致视觉障碍:影响神经细胞的正常生长发育;牛磺酸缺乏性心力衰竭等。
我国居民膳食指南尚无成人推荐用量及可耐受最高摄入量标准。研究发现，不挑食人群从饮食中摄入的牛磺酸在9-400mg/d。世界各国人均年消费牛磺酸的量:日本60g。美国50g,英国34g,德国32g,我国不足0.2g。
我国于1993年批准牛磺酸为食品添加剂婴幼儿食品强化剂。GB14880-2012《食品安全国家标准食品营养强化剂使用标准》规定，允许在乳制品及豆粉制品和饮料等食品中使用。GB29922-2013《食品安全国家标准特殊医学用途配方食品通则》规定，允许牛磺酸作为可选择性成分在特殊医学用途全营养配方食品中使用。牛磺酸可作为营养强化剂用于多种食品(调制乳粉、豆粉、豆浆粉、豆浆、含乳饮料、特殊用途饮料、风味饮料、固体饮料类、果冻)，也可作为选择性成分在特殊医学用途全营养配方食品中使用。