通过净化工艺处理，对空气、温度、湿度、压差、细菌、照度等进行控制，使Ⅰ类、Ⅱ类及Ⅲ类诊疗场所满足空气净化技术要求，也是医院最核心的专项系统之一。
2气体系统
用于麻醉、治疗、诊断或预防用途，作用于病人或医疗器械的单一或混合成份气体，也是医院最常见的专项系统之一。
3中央纯水系统
用一套制水机对原水进行深度处理，包括预处理、反渗透、EDI深度除盐、后处理、循环供水等工艺，实现集中制水、分质供水的模式，再分别用管网供给各科室使用。
4实验室工艺系统
5污水处理系统
通过污水处理系统，对医疗机构污水、污水处理站产生的废气、污泥进行工艺处理机消毒，实现医院污水处理达标排放。
6辐射防护工程
在X射线、核医学、放射等电离辐射源和受其照射的区域内，采用能减弱辐射的材料来降低此区域内的辐射防护和电磁屏蔽，以此保护人体安全和减少对设备的干扰。
7物流传输系统
通过物流传输系统在医院内部各科室之间快速传输如衣物、药品、化验室样本、血液、病历卡等，减少人力传输成本。
8智能污物收集系统
主要用于医院产生医疗废物、生活垃圾及污衣被服等污物收集，实现了全封闭、快速、清洁，节省了大量人工成本，同时避免了更多的交叉感染。
虽然不同医院的科室功能布局会不一致，但是医用专项系统的服务对象是一致的，各系统的功能覆盖区域或设置场所基本有以下范围：
1医用净化系统
中心手术部、消毒供应、ICU、NICU、静脉药物配置中心、产房、血透中心等，具体场所设置需要按规范及医院规划、院感要求进行界定。
2医用气体系统
中心手术部、门诊手术、消毒供应、ICU、NICU、CCU、EICU、急诊、急救抢救、产科、病房、内镜中心、牙科、放射科、门急诊输液、雾化室、留观室、治疗室、血透中心等，具体场所设置需要按规范要求严格设计。
血透中心、检验科、病理科、输血科、消毒供应、内镜中心、手术部、DSA、口腔科、医护办公室（饮用水）等。
检验科、病理科、PCR实验室、动物实验室、解剖室、生殖医学中心等，具体视医院实验室设置种类而定。
医院建筑内的生活污水、医疗放射源废水、实验废水等
放射影像科，如直线加速器、模拟机、DSA、MRI、CT、DR、胃肠、钼靶、X光机、床边机、C臂机、核医学科、B超、骨密度、碎石、全景机、牙片机、等机房
手术部、检验科、消毒供应、静脉药物配置中心、病区药房、门急诊药房、输血科、ICU、NICU、CCU、EICU、急诊、产科、病房护士站、牙科、影像科取片处、血透科、门急诊输液、病理科、入院准备中心、内镜中心、超声科等
病区楼层污物处置室或污物收集室
各系统工艺设计要求
医用专项系统设计
根据医院项目建设经验总结，医用专项系统方案设计流程基本如下程序进行，但也根据各个专项系统的复杂难易程度及当地不同而不同，在实际操作过程中，具体流程可以删减或增加过程论证、讨论次数等步骤。
（1）方式——设计总包或另行委托设计流程：前期策划调研→形成任务书→专项方案设计→组织讨论确定→施工图设计→方案深化设计。
优点：减少方案征集工作量、有效规避因施工单位介入设计带来的投诉、质疑风险；
弊端：由于专项系统的工艺专业性较强，现行建筑设计企业一般不具备上述内容的设计经验，会增加沟通管理难度。
（2）方式——非设计总包（方案征集方式）：前期策划调研→方案征集书→公开设计征集→修正与答疑→方案比选→选定最佳方案→组织讨论→确定方案→深化设计。
优点：专业设计对口、程序简化；
弊端：方案征集阶段如书面依据处理不到位，仍易引起投诉，另外套图单位涉及设计费用。
专项设计公司合同签订模式
模式1：招标设计单位总承包，要求建筑设计公司具备相应的专项设计资质（被否定）。
模式2：招标设计单位提供专项设计公司清单，有项目管理方和医院共同研究签订合同。
模式3：医院和医院咨询单位共同研究提供专项设计公司清单，有项目管理方签订合同。
模式4：医院、医院咨询公司、设计招标单位共同研究提供专项设计公司清单，有项目管理方签订合同