第一条为加强出入境检验检疫签证管理工作，保证检验检疫签证工作质量，根据《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则、《中华人民共和国食品卫生法》等法律法规的有关规定，制定本办法。第二条出入境检验检疫签证工作由检务部门统一管理。第三条各地出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）检务部门集中办（受）理报检、计费、签证、放行等事项，不能集中办理的，由检务部门委托有关部门办理。第四条检验检疫签证流程为受理报检、计费、收费、施检部门出具结果和证稿、核签、检务审核证稿、制证单、校核、发证单、归档等全过程。第五条各级检务部门统一受理报检、签证、通关与放行、计费等事宜的查询。
第二章受理报检第一节一般规定
第六条受理报检范围（一）国家法律法规规定必须由出入境检验检疫机构检验检疫的；（二）输入国规定必须凭检验检疫机构出具的证书方准入境的；（三）有关国际条约规定须经检验检疫的；（四）申请签发原产地证明书及普惠制原产地证明书的。第七条检务人员在接受报检时，应认真审核报检单填写的内容、应附的单据，发现有不真实、不齐备、涂改等不符合规定的，要求报检人重新填写。经审核无误后进行登记、编号、计收费并及时交有关部门。对于报检时由于特殊原因不能提交应附单证的，经批准后，可予办理报检手续，但须要求报检人在规定的期限内补齐所需单证。第八条报检单/申请单编号实行全系统统一编号。报检单编号的规则另行下发。
第二节受理入境报检
第三节受理出境报检
第三章签证第一节一般规定
第二节证书文字和文本
第三节证单日期和有效期
第二十九条检验检疫证单一般应以检讫日期作为签发日期。第三十条出境货物的出运期限及检验检疫证单的有效期：（一）一般货物为60天；（二）植物和植物产品为21天，北方冬季可适当延长至35天；（三）鲜活类货物为14天；（四）交通工具卫生证书用于船舶的有效期为十二个月，用于飞机、列车的有效期为六个月；除鼠/免予除鼠证书为六个月。（五）国际旅行健康证明书有效期为十二个月，预防接种证书的有效时限参照有关标准执行。（六）换证凭单以标明的检验检疫有效期为准。第三十一条检务部门签发证单，应在出境两个工作日、入境五个工作日内完成，特殊情况除外。
第四节更改、补充或重发证单
第五节并批和分批证单的签发
第三十五条并批出境的货物，由施检部门核准并批后，检务部门办理通关、出证手续。第三十六条分批出境的货物，经施检部门核准分批，在"出境货物换证凭单"正本上核销本批出境货物的数量并留下影印件备案，检务部门办理分批通关、出证手续。换证凭单正本由检务部门退回报检人，整批货物全部出境后收回换证凭单正本存档。
第六节代签和汇总出证
第三十七条应申请人要求口岸检验检疫机构经原签证机构书面委托，可对原证书的内容进行更改或补充。第三十八条入境货物一批到货分拨数地的，由口岸检验检疫机构出证。因特殊情况不能在口岸进行整批检验检疫的，可办理易地检验检疫手续，由口岸检验检疫机构汇总有关检验检疫机构出具的检验检疫结果出证；口岸无到货的，由到货最多地的检验检疫机构汇总出证，如需口岸检验检疫机构出证的，应由该口岸检验检疫机构负责组织落实检验检疫和出证工作。第三十九条入境货物发生品质、重量或残损等问题，应根据致损原因、责任的对象不同，分别出证。因多种原因造成综合损失的变质、短重或残损可以汇总出证，但应具体列明不同的致损原因。
第七节证稿的核签
第四章通关与放行
第五章证单、签证印章及检务档案管理
第五十条国家检验检疫局统一印制并管理检验检疫证单。下发至各地检验检疫机构的证单，由各地检验检疫机构的检务部门负责管理。各地检验检疫机构要建立、健全证单领用、发放和核销等规章制度。检验检疫证单要专人保管、专库存放，作废证单应逐份核销。第五十一条国家检验检疫局颁发的签证印章由各地检验检疫机构检务部门统一管理和使用做到专人保管，专人使用。第五十二条建档或对外备案所需的证单样本须经检务部门负责人审批同意，并加盖样本（SPECIMEN）戳记。第五十三条检务档案包括报检单及所附单证检验检疫原始记录、证稿、证单存档联等资料。第五十四条检务档案保管期限：一般出境检验检疫档案为三年；入境检验检疫档案为四年涉及重大案（事）件、典型案例或入镜货物检验检疫发现一类有害生物的档案，作长期或永久保存。