核酸提取纯化主要应用场景及解决方案!核酸提取试剂盒DNA使用

分子诊断实验中经常会用到EDTA、肝素、柠檬酸盐抗凝剂和巴菲涂层制剂的血液样品及各种细胞组织,不同样本通常要用到不同的提取程序,甚至需要不同的试剂盒来完成。

盘点核酸提取纯化

主要应用场景及解决方案

新冠爆发两年多来,随着“全民核酸检测”这样的术语越来越多出现在大众视野,分子诊断也越来越被普通民众所了解,行业更是迎来了高峰期。我们知道,绝大多数分子诊断实验是以待测样本的核酸(DNA或RNA)为检测对象,而高效地获得高质量且能满足下游实验的核酸是我们大部分分子诊断实验成功的基础和关键。对于不同的应用场景,核酸提取的痛点及解决方案往往相去甚远。

今天小编就与您共同来盘点下列四个不同的核酸提取主要应用场景及其相应的解决方案吧。

应用场景一:新冠病毒等病原菌核酸提取;

应用场景二:不同样本类型需要使用多个不同试剂盒;

应用场景三:核酸快速提取;

应用场景四:高分子量长链DNA提取,用于三代测序及细菌人工染色体(BAC)文库构建等。

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应用场景一:

新冠病毒等病原菌核酸提取

新冠爆发后,随着越来越高的检测通量需求及检测人员超负荷劳动,一套从原料供给到成熟的低成本可灵活定制的大包装商业化试剂盒再到高通量全自动核酸提取平台的完整一站式解决方案对从事核酸检测的用户来说具有巨大的吸引力。

解决方案:

磁珠法试剂盒+全自动高通量核酸提取

平台

近年来随着自动化仪器的迅猛发展,基于磁珠法的核酸提取解决方案因易于实现高通量自动化流程,被越来越多用于分子诊断特别是核酸检测中。为应对新冠核酸检测及区分流感病毒和新冠病毒,LGC,BiosearchTechnologies(即:LGC基因组学部门)专门推出了适用于多种病原菌的核酸纯化试剂盒,可从咽拭子和肺泡灌洗液及痰液中提取高质量高得率的DNA和RNA,配合使用Oktopure全自动高通量核酸提取平台,1个人8小时即可完成多达3500份样品的核酸提取。

已测试过的病原菌类型包括:

病毒类:

InfluenzaA(H3N2andH1N1);

InfluenzaB;

RespiratorySyncytialVirus(subtypesAandB;RSVA,RSVB);

Adenovirus4;

SARS-CoV-2

细菌类:

Bordetellapertussis;

Chlamydophilapsittaci;

Chlamydophilapneumoniae;

Coxiellaburnetii;

Legionellapneumophila;

Mycobacteriumtuberculosis;

Mycoplasmapneumoniae

使用RapiDxFire1-stepRT-qPCR体系对sbeadex病原菌核酸纯化试剂盒和竞争对手A及竞争对手B核酸纯化试剂盒所得的病毒RNA核酸进行RT-qRCR测试,对于细菌病原菌核酸,qPCR使用的是PowerSYBRGreenPCRMasterMix及相应的引物和探针。实验均在ABI7500仪器上进行,实验结果发现三者Cq值结果相当,无显著差异。

分别检测了各类病毒及细菌病原菌以及各自的内部对照组,结果如下:

而对于商业化核酸提取试剂盒的生产商,我们也可以为您提供高质量低成本的磁珠裸珠原料,供您生产高质量的商业化核酸提取试剂盒产品!目前我们的磁珠裸珠原料在欧美、韩国、澳洲等地都有大订单客户,用于新冠病毒核酸提取试剂盒的生产。

那么我们的磁珠跟市面上常见的其他磁珠相比有什么不同呢?

我们知道,市面上大多数磁珠试剂盒,都需要乙醇清洗步骤,这样不仅需要晾干步骤,还有乙醇残留影响下游实验应用的风险。而sbeadex磁珠通过创新的两步结合法,省去了晾干步骤,洗液为水基溶液,有效减少了最终纯化核酸样品中的有机溶剂对下游实验的影响。

下面我们一起来看看德国原装进口的sbeadex磁珠法试剂盒的原理吧!

sbeadex试剂盒采用一种表面修饰过的超顺磁性磁颗粒,双层coated,其创新的磁珠两步结合机制(如下图,第一步结合:核酸先是通过极性相互作用和silica结合,然后加入洗液1,将蛋白等大分子杂质洗掉,再加入水基洗液2,将脂类糖酚类等洗掉同时进行第二步结合(核酸通过一种亲和性介质和DNA接头结合);然后可选择性使用加洗液3或纯水,最大限度的洗掉盐离子等残留的杂质,保证得到最纯的核酸;最后再用洗脱液将核酸从磁珠上洗脱),可替代现有的所有商业化基于磁珠法的纯化试剂盒。

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应用场景二:

不同样本类型需要使用多个不同试剂盒

分子诊断实验中经常会用到EDTA、肝素、柠檬酸盐抗凝剂和巴菲涂层制剂的血液样品及各种细胞组织,不同样本通常要用到不同的提取程序,甚至需要不同的试剂盒来完成。有时即使是使用同一个试剂盒,不同组分的使用量也不一样,常常出现一个试剂盒里由于个别组分已经用完导致整个试剂盒都废掉了的尴尬局面,导致了大量的试剂成本浪费。

定制化磁珠法血液专用试剂盒

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应用场景三:

核酸快速提取

大多数基于PCR的下游应用对核酸质量要求不高,但需要快速简便的核酸提取流程,以便提高通量,加快检测流程。这时候一款快速提取试剂盒(5分钟左右即可完成)就显得非常有吸引力。

快提试剂盒+自动化工作站

LGC,BiosearchTechnologies的QucikExtract系列,仅需要5-8分钟即可完成核酸提取流程,最大限度提高核酸提取实验效率,简化核酸提取流程,结合自动化工作站使用更是可以轻松搞定核酸提取这个限速步骤!

目前已经证实QucikExtractDNA提取液可以从HeLa细胞、毛囊、尾巴剪切片、细菌细胞、指甲和羽毛中提取用于PCR的基因组DNA。

新冠爆发后,QuickExtract还被用于新冠病毒核酸的快速提取中。麻省理工学院和哈佛大学博德分校(BroadInstitute)的CRISPR大咖张峰团队利用QuickExtractDNA预混液5分钟即可完成样品处理流程,无需特别的RNA纯化提取。张峰团队也在临床样本中证明该标准步骤的操作可在鼻咽拭子样本上使用,并且不会影响RT-qPCR实验的灵敏度。

他们评估了许多缓冲液的成分,以鉴定出其中的一种能够在保持CDC推荐的RT-qPCR反应活性的同时,还能有效裂解包膜病毒的缓冲液。在所有测试的缓冲液中,QuickExtractDNA提取液可提供与标准RNA提取试剂盒一样质量的结果。

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应用场景四:

高分子量长链DNA提取,用于三代测序及细菌人工染色体(BAC)文库构建等

我们知道,早在2004年,由美国太平洋生物科学公司(PacBio)创立的实时(SMRT)测序是最早被广泛使用的长读测序技术(第三代测序),SMRT测序产生的Reads可达到约200kb,以鉴定遗传变异并进一步研究其基因功能,同时作为动植物基因组组装日臻进步完善的主要驱动力。近年来随着PacBio技术的不断升级,显著改善了测序的准确性,由此,基因组出色的连续度与准确性为科研带来巨大福利。

此时我们就需要考虑我们的核酸质量可不可以满足如此长reads的需求了。其实不仅是长读长单分子测序、细菌人工染色体(BacterialArtificialChromosome,BAC)文库构建、或是重组染色体、质粒、Southern印迹等技术,为解决基因组高度重复区域,大片段结构变异以及大片段构象的问题,制备高质量、高分子量的DNA都显的尤为重要。

Masterpure系列DNA及RNA纯化

试剂盒

MasterPureCompleteDNAandRNApurificationkit,采用与PacBio合作优化了的抽提方案,可获得高纯度、高产量、高分子量DNA,且操作简便,成为下游长读测序的不二之选。

该方案的优势:

一个可快速提取高纯度的高分子量的全基因组DNA,细胞总RNA或总核酸的试剂盒;

高纯度提取结果:抽提核酸质检结果,稳定保持在ODA260/A280:1.8-2.0;

高产量:无柱法提取的核酸损耗;

安全:试剂无有害苯酚、氯仿或胍成分;

多功用性:一个样本可获取总核酸,或全基因组DNA,或总RNA,或FFPERNA;

总RNA提取:可获得包括smallRNA在内的总RNA,用于下游RNA-Seq或qRT-PCR应用;

强有力的数据支持:海量权威文献数据支撑;

无需特殊设备(只需一台转速为10,000至16,000rpm的台式微量离心机);

可适应几乎任何样品类型。

最后来看看该试剂盒核酸纯化原理吧!

各种类型样本均可使用同一试剂盒进行样本裂解消化,离心后除去蛋白等沉淀,保留上清液,再清洗掉其他杂质,离心沉淀总核酸,最后根据需要用RNA酶或DNA酶除去RNA或DNA得到目标核酸!

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