作为一家专业的体检机构，慈铭体检一直标榜自己为“专业健康体检行业的领军企业”。而这家“专业健康体检企业”的“不专业”态度和松散的内部管理，让消费者对慈铭体检的质疑之声不绝于耳。
光明网记者了解到，近日有网友反映，慈铭体检中心体检过程敷衍了事，导致体检结果失实。
“慈铭，请问我花钱在你们那查的血型为何与我在三甲医院查的血型完全不一样？！难道一个人的血型会变？幸好我没有完全采用你们的结果做输血，如果真按你们给的血型输血，你们这难道不等于谋财害命么？！你们这态度涉足医疗行业真是黑良心！”网友“蔻妮匡匡”表示。
慈铭体检除了体检过程敷衍了事，环境不好、医生护士态度恶劣更让消费者无法忍受。刚在慈铭体检北京雍和宫店体检后的网友“尼奥的Neo”十分愤怒：“上周同事去雍和宫体检，说是空调坏了，免费蒸了个桑拿回来，本以为一周能修好，没想到居然还是没能逃脱蒸桑拿的厄运，就你们这办事效率，这么热的天还干什么啊，关门得了，等天凉快了在开业吧！”
而内部管理混乱也让消费者对慈铭体检失去信任。网友“晨曦_Seary”表示：“怒！从香港特意赶去去深圳慈铭华融店VIP体检，在心电图室做检查时遗失贵重手表，之后回去找就找不回；只有护士出入该房间，监控录像也能证明。但院方拒不承认，江姓院长不断搪塞最后关机，护士长也不愿出面给客人一个交待，院方至此仍未表示道歉，实在太过分，必须追究到底！慈铭不给一个说法，让人难以接受！呼吁大家远离黑店！”
记者查阅资料发现，慈铭体检近年来遭遇的医疗纠纷并不少，在其上市招股书中披露的就达14起，其中包括1起医疗事故、13起重大服务纠纷(含体检中存在漏检、人身损害赔偿纠纷、医疗服务合同纠纷、医疗损害赔偿纠纷等)。另外，慈铭体检每年遭遇的客户投诉都达到两百余次。
慈铭体检与客户的纠纷也频繁见诸报端：
据法制日报2011年1月6日报道：北京法律界的一位知名人士赵先生。花了4700元体检费用，慈铭体检机构的体检报告中竟然出现了一位陌生女青年的体检数据！赵先生对记者说，真正让他气愤难平的是问题出现后慈铭体检机构粗暴的态度。“一位护士居然当着我的面，把出问题的几页报告单撕毁了！”
据东方网2012年1月16日消息：戴女士在慈铭体检后，却发现一个检查价格颇高的一项内容被无故蒸发了。对此她向“慈铭体检”投诉后，得到的回复却让她大为失望，对方竟称“你去投诉好了”。
还曾有媒体爆料，体检市场依靠乙肝检测攫取暴利。乙肝检测不难，但是费用不菲。一般的体检费用在30元到80元不等，乙肝检测的费用就能占到一半。除违规查乙肝外，慈铭体检也因误导客户消费、服务人员态度恶劣、诊断结果有误屡遭投诉。
据北京晨报2012年12月3日报道，吕女士母亲高女士的胆囊已在4年前手术切除，但在慈铭体检后，吕女士却发现母亲体检报告中赫然写着“胆囊大小形状正常”。慈铭体检公主坟分院承认是工作失误，并愿意公开致歉。“这可是正规体检，也太儿戏了吧。”吕女士表示。
据中国经济网2012年12月4日报道，“这么多项目也没人引导，大部分人根本就两眼一抹黑！关键是所有医生服务人员像跟你有仇似的，没人听到一句亲切温暖的话，没有一个笑脸。”最近去慈铭望京部做体检的刘女士说。
据中国广播网2012年12月8日报道，在慈铭接受体检的刘小姐(化名)，遭遇“漏检”的后果要严重的多。在拿到腹部彩超结果正常的体检报告不到半个月，她突然肾结石急性发作被送到医院治疗。
除此之外，记者查阅后发现，自2009年以来，慈铭体检分公司、子公司、各门诊部均出现过不同程度的违规行为：
2009年7月，慈铭体检下属至诚门诊部因购进消毒产品未建立并执行进货检查验收制度被上海市浦东新区社会发展局罚款2，000元。
2011年5月，慈铭体检下属济南天桥门诊部因未按《医疗废物管理条例》的规定，将医疗废物按照类别分置于专用容器；因压力蒸汽灭菌器未按《消毒管理办法》定期开展消毒与灭菌效果检测，分别被济南市卫生局卫生监督所罚款2，000元、3，000元。
2011年7月，慈铭体检下属上海慈铭门诊部因检查时医疗废物暂时贮存设施大门敞开，未上锁，未查见“医疗废物”警示标识，被上海市卫生局警告并罚款2，000元。
2011年8月，慈铭体检下属中央路门诊部因将医疗废物混入生活垃圾、未将医疗废物按照类别分置于专用包装物或容器等事项，被南京市卫生局警告并罚款9，000元。
2012年4月份慈铭体检招股书中的表述，“该公司共发生13起重大服务纠纷，截至目前，慈铭体检未结诉讼案件共4起，涉及的标的金额共158.88万元，占慈铭体检2011年营业收入的0.28%，该公司认为上述情况不会对公司经营构成重大影响。健康无小事，作为一家专业健康机构，若消费者的身体健康都不会对慈铭体检的经营构成影响，那么，什么才是慈铭体检的经营要务？