甲状腺自身抗体分为两大类：一类是甲状腺过氧化物酶抗体（TPO-Ab）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）；另一类是促甲状腺激素受体抗体（TRAb）。
甲状腺过氧化物酶抗体（TPO-Ab）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）
TPO-Ab和TgAb的临床意义相同，这两个抗体（或其中之一）显著升高，提示甲状腺存在慢性自身免疫性炎症。
检测抗体的目的主要用于明确病因，这两项抗体显著升高是临床诊断“桥本甲状腺炎”的主要依据，但对于临床治疗意义不大，通常也不需要针对抗体升高进行干预。考虑到TPO-Ab、TgAb阳性的患者，日后进展为甲减的可能性较大，因此需要对这些抗体阳性的患者定期监测甲功。
促甲状腺素受体抗体（TRAb）
促甲状腺素受体抗体（TRAb）包括促甲状腺刺激性抗体(TSAb)和促甲状腺激素刺激阻断性抗体(TSBAb)两种亚型，前者与Graves病的发病有关，而后者与桥本甲状腺炎的发病有关。但目前大多数医院不能分别检测这两个抗体，往往测的是总的抗体，即TRAb。临床检测TRAb的意义主要有以下几个方面：
◎TRAb主要用于甲亢的病因诊断。Graves甲亢患者TRAb阳性率可达95%以上，而其他原因引起的甲亢（如亚急性甲状腺炎）一般为阴性的，因此，TRAb常用于Graves病与其他甲状腺疾病的鉴别。
◎TRAb还是判断Graves病患者能否停药的重要参考依据。Graves病患者甲功恢复正常后，如果TRAb也随之转为阴性，则停药后复发的可能性小；若药物治疗后TRAb仍持续阳性，则停药后复发的可能性较大。
◎用于预测新生儿甲亢。TRAb能够通过胎盘，刺激胎儿甲状腺，引起新生儿一过性甲亢（发生率1%～2%）。因此，对患有Graves病的孕妇检测TRAb，有助于预测新生儿甲亢，指导新生儿是否需要采取积极筛查或治疗措施。
◎有助于甲功正常的Graves眼病诊断。临床上有些Graves眼病患者，虽然甲状腺功能正常，但TRAb呈强阳性，这种情况同样可以确诊为Graves眼病。
注意事项
◎检测甲状腺自身抗体的最大意义在于协助临床诊断。TPO-Ab、TgAb多用于桥本甲状腺炎的诊断，TRAb主要用于Graves病的诊断及复发风险评估。
◎甲状腺自身抗体（TPO-Ab、TgAb等）水平高低与甲状腺疾病的严重程度没有直接关系。例如，在桥本甲状腺炎的晚期，当甲状腺滤泡广泛萎缩退化后，抗体水平甚至可能处于正常水平。
◎甲状腺疾病的治疗目标是纠正甲功异常，并非是让抗体转阴。包括硒制剂在内，目前还没有对降低甲状腺自身抗体有确切疗效的药物。
◎正在备孕以及妊娠的妇女进行甲状腺功能和自身抗体的检测，有助于提高母婴健康，降低不良妊娠结局的发生率。