石峁城址外城东门正射影像（上为东）
石峁遗址发现的人面石块
考古工作人员在遗址现场清理人头骨
尽管石峁以出玉器而闻名，不过，由于当地从未开展过大规模考古挖掘，石峁玉器一直未能得以“正本清源”。
2012年，石峁迎来了一次系统区域性的考古发掘，这一次的发掘虽然只开了个头，但成果已令人十分震惊。上千件石峁玉器不仅因此得以“正名”，而且这一次发掘使一座史前规模最大的新石器时代城址崭露头角。
玉器藏于石墙中
在此次发掘之前，考古人员不止一次听说有关石峁玉器的传闻——流失的石峁玉器发现于石墙之中，可他们都表示难以相信而一笑了之，“玉器怎么能承受石墙的重量？而且石头与石头之间的缝隙最薄只有几毫米，玉器怎么能放得进去？”可没成想，这些传闻却真切地出现在了他们的面前。在整理石墙时，考古人员惊讶地发现6件保存完好的玉器，种类有玉铲、玉璜、石雕人头像等。这是石峁遗址考古中首次发掘出的玉器，而且玉器就在石墙中。参与发掘的考古人员说：“出土的玉器一种是在倾斜的石墙里，一种是在倒塌的石墙堆积里，距离地面都比较低。”这使考古人员感到十分惊奇。有意埋藏的玉器到底有什么用意？陕西省考古研究院院长助理、研究员孙周勇说：“具体原因目前还不能解释，但可以推测，可能与祭祀、礼仪、宗教活动有关。”
石峁遗址首次发掘的6件完整玉器珍贵之处还在于，它证明了石峁玉器确实存在。孙周勇说：“之前因为没有在考古发掘中发现过石峁玉器，使闻名于世的石峁玉器缺乏强有力的证据，此次考证足以为此‘正名’。”
史前中国的最大石城
还处于原始社会的人类在新石器时代能建多大的城？神木县的石峁遗址给了我们充分的想象空间。
孙周勇说，石峁古城打破了中国夯土筑城的传统认知，其东门遗址无疑是目前考古发掘所见最早的石城门，其功能和结构的复杂性尚待探讨，其在黄河文明史甚至人类文明史上的意义都是难以估量的。
发现人面石块
“石峁遗址的边缘，周围有非常多的由碎石堆砌而成的石人，这是典型的山地草原民族文化，追求死后灵魂不灭。”有研究者称，碎石堆砌而成的石人与新疆的阿勒泰草原、伊犁昭苏草原分布着的200多尊草原石人有异曲同工之妙。不仅仅是新疆，在整个欧亚草原，都可以见到草原石人的踪迹。这些石人都是用整块的岩石雕凿而成的，大小不等，从几十厘米到几米。从外形来看，大都是直立的全身像，造型非常粗砺、简练、稚拙。
虽然石峁遗址考古发掘只刚刚开始，但后续工作还应提前规划。为此，专家建议，应尽快制定遗址长期的考古规划，像殷墟、二里头等重要遗址一样建立工作站，成立长期的工作机构，三年规划，十年设想，百年谋略。同时，加强对石峁玉器的研究，对流散在社会上的石峁遗址出土文物进行调查、整理及建档。
奇特发现
城墙：石头里有夯土、木头
据考古专家介绍，在目前我国的考古发现中，城墙要么是石头建造，要么是夯土建造。然而令人惊奇的是，该石城的城墙竟然是夯土与石头相结合而建造的，石头里面有夯土，还有木头，如同今天水泥里的钢筋，使得城墙坚固无比。这种结构还是首次发现。
皇城台：城墙20余米高
“皇城台”是当地人的称呼，也是该石城的核心区，位于内城偏西的中心部位，大致呈方形。与内、外两城不同的是，“皇城台”没有明显石墙，均系斩山砌筑的护坡墙体，斜收趋势明显，有层阶。有的高达20余米，令人吃惊。
壁画：绘几何形图案
这4000多年前的壁画上都画些什么？在城墙墙根底部的地面上，发现了成层、成片分布的壁画残块100余块，部分壁画还附着在晚期石墙的墙面上，这也是目前发现该时期最多的壁画。这些壁画以白灰面为底，用红、黄、黑、橙等颜色绘出几何形图案。颜料来自当时的铁矿材料。
头骨：摆放似乎有规律
最令人吃惊的是，在东门遗址的下层地面的两处遗迹。分别在外瓮城外侧和东门门道入口处，发现集中埋置人头骨，两处均为24个人头骨。摆放上似乎也有一定规律，但没有明显的挖坑放置迹象。外瓮城外侧的呈南北向椭圆形，门道入口处的遗迹略呈南北向长方形，缘何摆成此造型，令人不解。经初步鉴定，这些头骨以年轻女性居多，部分有明显砍斫、灼烧迹象。专家推测，可能与奠基或祭祀有关。
玉器：缘何藏在墙体内
此次考古人员发现的玉器均出土于墙体内，有的在倒塌的墙体内。玉器在墙内起着何作用？还是个谜。