船舶的各类证书是船舶安全适航的证明文件。船舶证书的遗失、失效以及存在错误，都可能导致延误船期，严重的还会导致船舶被滞留。而且，每次PSC、FSC以及船级社进行检查时首先检查的项目就是船舶证书。因此，妥善管理好船舶证书，是船舶管理的一项重要工作。
船舶证书大致可以分为四类：船旗国政府主管机关签发的证书、船级证书、法定证书、其他证书。首先是船旗国政府主管机关签发的证书，包括：船舶所有权证书(由船舶所有人保管);船舶国籍证书;船舶最低配员证书;符合证明(DOC)与连续概要(CSR)。
法定证书属于设备单项要求的证书，这是船舶入级的支撑，是取得船舶入级证书的首要条件。缺少船级社签发的如下任何证书将视为船舶不适航，船长和公司管理人员必须经常对如下证书的有效性给予无微不至的关心:货船构造安全证书(SC);货船设备安全证书(SE)+FORME;货船无线电安全证书(SR)+FORMR;国际防止油污证书(IOPP)+FORMA;国际防止空气污染证书(IAPP)+FORMAIR;国际防止生活污水污染证书(ISPP);国际船舶垃圾污染检验证明;国际防污底系统证书+FORMRAF-E;国际载重线证书;国际吨位证书;危险品适装证书(CFD);船舶安全管理证书(SMC);国际船舶保安证书(ISPS)。对于中国船级社或其他船级社上船进行年度检验或者证书到期更换新证书后，船长应该对上述证书逐张仔细检查，以确保证书的有效性。
第四为其它一些证书。如船用产品证书，包含：油水分离器的型式认可证书，消防、救生、无线电设备的产品证书，航行灯及运河灯证书等。在港口国检查时，船长应该根据PSCO的要求熟练提供船用产品证书。如船长平时不注意产品证书的保管，将视为缺陷。
对于国内入级船舶，除持有“国内航行船舶入级证书”外，还应持有如下法定证书：船舶检验证书簿、海上货船适航证书、海上船舶载重线证书、海上船舶防止空气污染证书+附件、海上船舶防止油污证书+附件、海上船舶吨位证书、海上船舶危险品适装证书、海上船舶防止生活污水污染证书。
国际航行船舶应根据新生效的公约要求，持有如下证书：船员舱室设备检验证书、起重设备检验和试验证书、海事劳工公约证书或符合证明(MLC符合证明)、国际能效证书、巴拿马运河吨位证书、苏伊士运河吨位证书、燃油污染损害民事责任或其他财务保证证书。
船舶证书管理
首先，对于船舶证书管理应建立证书档案，确保证书连续有效。船长应根据以上证书的分类，将证书存放于不同的文件夹内，并经常检查证书的有效性。可以利用EXCEL软件记录证书的信息，并用升降序排序，找出最先需要换证的证书。一般由船舶公司安排换证，船长也可根据实际情况提醒管理人员证书即将到期的情况。
在此基础上，还应检查证书附件与证书的匹配性。证书会给出应该与之匹配的附件编号，船长应检查附件上的编号是否与证书所提供的编号一致。
最后，船舶证书管理还需仔细审查新收到的证书、检验报告。船长应熟悉证书、检验报告的保管方法，建议船长每次在收到证书、记录、检验报告后仔细阅读、检查，特别注意新旧证书之间改动之处、各种日期及公司对于该文件的存放要求，应特别注意船级记录：RH、RM;法定记录:SEr、RLL、GP、FC、RA检验报告，其中有大量信息，应特别留意。如在GP、FC中有遗留项目，需在到期前解决并申请验船师进行检验消除该REMARK并出具一份新的检验报告;如不能按期解决的，应申请展期，否则将导致船级暂停或被取消。
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证书遗失案例
事关船舶班期，北美代理总部通过驻美使馆出具了国籍证书遗失证明并通过与洛杉矶港口当局沟通，出具了离港证明书，使得船舶没有耽搁开航。但大使馆不能办理临时船舶国籍证书，下个港口是俄罗斯的符拉迪沃斯托克港外锚地加油，需要办理复杂的进口手续，缺了国籍证书将会遇到麻烦，进港锚泊加油的计划将会被搁置。
最后，船长在符拉迪沃斯托克港外锚地终于拿到了补办的船舶国籍证书，但为了这本国籍证书花费了很大的代价。由此，对于船长来讲船舶上的任何证书都很重要，必须妥善保管。