在南华大学及其附属医院开展“医为轴线,工为连横”的医学研究新范式,强化人工智能技术对医学大数据进行高效分析、整合和挖掘,建立与综合性大学相匹配的科研平台,是支撑5年跻身国家“双一流”高校行列的发展战略的有力保障。通过聚焦多组学生物技术、数据科学与人工智能、重大多发疾病精准医学这三个医工交叉领域,有机会实现科研成果产出跃升,并通过抓住“精准医学”这一促进医学科研模式发展前所未有的机遇,以高水平科研平台建设进一步贯彻5年跻身国家“双一流”高校行列的发展战略,不断提升南华大学的科研水平、学术影响力和核心竞争力,推动学科建设的可持续发展,早日实现“高水平综合性大学”建设目标。
二、团队
李春权,博士,教授,硕士/博士研究生导师。南华大学计算机学院副院长。担任中国计算机学会生物信息学专业委员会委员。曾获黑龙江省杰出青年基金、市劳动模范等荣誉称号。迄今已累计发表SCI研究论文70余篇。其中,IF>10的论文15篇。承担国家自然科学基金面上与青年项目等多项课题。开发了SubpathwayMiner、SEanalysis、KnockTF、LncSEA等具有国际影响力的医学大数据分析软件和平台,已广泛被几十个国家的研究机构使用。
尚德思,博士,副教授,硕士生导师,南华大学附属第一医院医学大数据与人工智能教研室副主任。担任中国计算机学会生物信息学专业委员会委员。迄今为止发表SCI论文30余篇,第一作者、共同第一作者或通讯作者论文13篇。担任多个杂志审稿人及杂志专栏主编等。作为项目负责人,承担国家自然科学基金青年项目与面上项目、黑龙江省卫生厅课题、黑龙江省博士后启动项目等课题。
王秋毓,博士,副教授,硕士生导师。汕头大学分子生物学博士。主要研究方向为复杂疾病的代谢网络模型构建与网络分析,代谢类疾病复杂机制分析,肿瘤机制分子生物学分析等。在BriefBioinform等杂志上发表多篇高水平论文。主持国家自然科学基金青年项目与面上项目,教育部心肌缺血重点实验室开放课题等。
钱凤翠,助教,自2014年起从事生物信息学领域的学习和研究工作。以第一作者发表IF>15论文2篇。主要研究方向为复杂疾病的转录调控网络模型构建及分析方法研究。主要研究兴趣包括:(1)转录调控网络分析和构建;(2)生物网络的数据库和平台开发;(3)核心调控子的预测。
三、研究方向
1.多组学生物技术(数据整备、数据分析、调控网络、软件平台开发)
(1)转录组学深度解析技术研发
(2)非编码RNA的功能调控与非经典翻译
(3)单细胞多组学异构数据整合与挖掘
(4)重大疾病表型组学解析技术研发
2.多模态影像与人工智能(专病库、成像增强、影像辅助、多模态融合)
(1)精准医学的多尺度因果理论与应用
(2)数据与机理融合的大数据统计推断
(3)多模态医学影像智能辅助诊疗技术研发
(4)智能化超快核磁共振成像理论、方法及应用
3.重大多发疾病精准医学(机制、诊断、治疗、预后/预测/预警)
(1)基于多组学的泛血管疾病发生发展机制研究
(2)冠心病个体化精准诊疗体系构建及优化策略研究
(3)地方性职业健康危害早期识别和精准诊疗关键技术研究
(4)恶性肿瘤免疫治疗精准预测技术研发及体系建立
四、研究成果
主持科研项目
项目名称
项目负责人
资助经费(万元)
癌症中DNA调控元件驱动的lncRNA上下游调控网络模型构建及分析方法研究
王秋毓
国家自然科学基金面上项目
54
2023
恶性肿瘤中免疫-代谢共调控网络构建与模块识别的方法研究
尚德思
53
基于临床多组学泛血管疾病大数据人工智能
平台的构建及分析
李春权
南华大学4310项目
200
2022
癌症超级增强子的上下游调控网络构建与分析方法研究
57
食管癌中非编码RNA调控的代谢通路高异常区域识别及其分子互作机制
67.8
2016
整合高通量基因,代谢子和通路结构信息的癌症风险代谢通路区域系统识别
国家自然科学基金委员会青年项目
22
2013
国家自然科学基金青年项目
23
复杂疾病中lncRNA协同调控的通路高异常区域之间的crosstalk识别与功能研究
19
2017
重大疾病中超级增强子的上游信号通路识别及调控机制研究
黑龙江省科学技术厅省杰出青年科学基金项目
50
2020
整合microRNA与mRNA表达谱识别复杂疾病风险通路
黑龙江省自然科学基金委员会面上项目
6
疾病代谢子通路融合挖掘及网络分析方法研究
中国教育部高等学校博士点学科专项科研基金项目(新教师基金课题)
3.6
2011
复杂疾病中lncRNA调控区域网络构建及分析研究
黑龙江省自然科学基金项目
10
2021
心肌缺血中lncRNA协同调控的通路高异常区域识别与功能研究
教育部心肌缺血重点实验室开放课题
3
LncRNAGm15834介导炎症反应参与心肌肥厚的作用机制
宋超
中国博士后科学基金
8
2019
南华大学附属第一医院高层次人才科研启动金
科研启动金
500
复杂疾病中lncRNA调控的信号子通路的系统识别
黑龙江省人力资源和社会保障厅博士后研究人员落户黑龙江科研启动资助金
2018
复杂疾病风险代谢通路整合识别方法研究
黑龙江省教育厅面上项目
2
黑龙江省博士后启动项目
NF-κB/lncRNAGm15834/Sam68正反馈环路介导炎症反应参与心肌肥厚的作用及机制
黑龙江省博士后科学基金
7
哈尔滨医科大学创新科学研究资助项目
4.8
近三年发表代表性论文
论文名称
期刊
备注
CRdb:acomprehensiveresourcefordecipheringchromatinregulatorsinhuman
NUCLEICACIDSRESEARCH
JCR一区
IF:19.160
SEdb2.0:acomprehensivesuper-enhancerdatabaseofhumanmouse
TcoFBase:acomprehensivedatabasefordecodingtheregulatorytranscriptionco-factorsinhumanmouse
TF-Marker:acomprehensivemanuallycurateddatabasefortranscriptionfactorsrelatedmarkersinspecificcelltissuetypesinhuman
GREAP:acomprehensiveenrichmentanalysissoftwareforhumangenomicregions
BriefingsinBioinformatics
IF:13.994
LncSEA:aplatformforlongnon-codingRNArelatedsetsenrichmentanalysis
VARAdb:acomprehensivevariationannotationdatabaseforhuman
ATACdb:acomprehensivehumanchromatinaccessibilitydatabase
TRlnc:acomprehensivedatabaseforhumantranscriptionalregulatoryinformationoflncRNAs
HiFreSP:Anovelhigh-frequencysub-pathwayminingapproachtoidentifyrobustprognosticgenesignatures
ENdb:amanuallycurateddatabaseofexperimentallysupportedenhancersforhumanandmouse
KnockTF:acomprehensivehumangeneexpressionprofiledatabasewithknockdown/knockoutoftranscriptionfactors