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中国出入境检验检疫从其业务内容划分，包括进出口商品检验、进出境动植物检疫以及国境卫生检疫。
中国出入境检验检疫产生于19世纪后期，迄今已有100多年历史。中国出入境检验检疫的发展历程是漫长和曲折的，只有在中华人民共和国成立后，中国出入境检验检疫事业才得到迅速发展。
(一)中华人民共和国成立前的进出口商品检验
辛亥革命后，国民政府迫于当时国内外形势压力，开始重视商品检验工作，在一些通商口岸设立了若干种商品的官方检验所，实施出口商品检验。
1928年，国民政府工商部颁布了《商品出口检验暂行规则》，规定对生丝、棉麻、茶叶等8类商品实施检验。
1929年，工商部又颁布了《商品出口检验局暂行章程》。同年，工商部上海商品检验局成立，这是中国第一个由国家设立的官方商品检验局。之后又在汉口、青岛、天津、广州设立了4个商品检验局，并在其他指定管辖地区设立了分支机构和办事处。
1932年，国民政府行政院通过《商品检验法》，这是中国商品检验最早的法律。该法明确规定商品检验范围包括进口和出口商品，对“有掺伪之情弊者、有毒害之危险者、应鉴定其质量等级者”，依法实施检验。同时规定，“应施检验之商品，非经检验领有证书不得输入输出”，对违反该法者进行罚款或进行惩处，开创了中国对进出口商品实施法定检验的先河。
抗日战争初期，天津、上海、青岛、广州商检局先后因沦陷而停办或撤销，汉口商检局西迁重庆。
1939年先后设立重庆商检局和昆明商检局，这是抗战时期国民政府管辖地区仅存的商检局。
1940年汪伪政府公布了与国民政府商检法内容完全相同的《商品检验法》和伪工商部《商品检验局组织条例》，在沦陷区陆续成立上海、天津、青岛商品检验局，并公布应施检验的进出口商品的种类表，对列入种类表内的商品实施强制性检验。抗战胜利后，国民政府恢复了天津、上海、青岛、广州、汉口等5个商检局，连同重庆商检局，当时全国共有6个商检局，属国民政府经济部领导。
随着天津、上海、青岛、汉口、重庆、广州的先后解放，人民政府接管了国民政府的商检局。1949年10月1日中华人民共和国成立后，中央贸易部国外贸易司设立商品检验处，统一领导全国商检工作。并在改造国民政府遗留下来的商检局的基础上，在大连、新疆设立了商品检验局。除青岛、新疆两局只管辖所在省和自治区的检验业务外，其它商检局都实行按大行政区划和商品的流向跨省市自治区检验的体制。
1951年，中央人民政府政务院财政经济委员会公布了《商品检验暂行条例》，这是中华人民共和国第一部关于进出口商品检验的行政法规。这个法规确定了输入输出商品检验的范围，并规定“凡输入输出商品的衡量、鉴定等公证事项，统由商品检验局办理”，体现了商检工作集中、统一的特点。
1950年、1951年各地政府明令停止中外公证行的业务活动，规定一切检验和公证鉴定业务统由中国商品检验局办理，中国境内不得设立外国检验机构，不准外国检验机构派员来华办理公证鉴定业务，确立了中国检验机构独立自主行使检验主权的制度。条例的颁布实施有力地推动了商检事业的发展，对打破西方贸易歧视政策，发展中国对外贸易发挥了重要的作用。
1952年，中央贸易部分为商业部和对外贸易部，在外贸部内设立商品检验总局，统一管理全国的进出口商品检验工作，加强了全国进出口商品检验工作的管理。
1959年5月11日，周恩来总理在各省市财贸书记会议上，针对出口商品存在的质量问题，强调对外贸易必须“重合同、守信用、重质先于重量”，必须尽快纠正不重视出口商品质量，不严格履行合同条款的倾向，强调商检局要把好出口商品质量最后一道关。外贸部为此调整了应实施检验的商品种类表，进一步加强了对出口商品的品质管制。
通过全国商检人员的共同努力，中国商检证书很快在国外树立了良好的信誉，得到世界各国的普遍承认，成为国际贸易中进出口商品交接、结算和处理索赔争议具有法律效力的重要证件。
1972年，针对出口商品质量下降，国外反映强烈的情况，对外贸易部发出了《关于把好出口商品质量关的通知》，要求商检部门坚持合理的规章制度，加强检验和监督管理工作。各地商检机构和广大商检人员克服种种干扰和困难，认真履行对进出口商品质量把关的职责，使进出口商品检验、鉴定工作得以较快恢复。
1980年，国务院做出了关于改革商检管理体制的决定，将外贸部商品检验总局改为中华人民共和国进出口商品检验总局(副部级)，并将各地商检局的建制收归中央，实行中央与地方双重领导，以中央领导为主的垂直领导体制，地方局改称进出口商品检验局，冠以所在省、自治区和直辖市名称。
1982年国务院机构改革，中华人民共和国进出口商品检验总局更名为中华人民共和国国家进出口商品检验局，由外经贸部归口管理。
为适应新形势的需要，1984年国务院发布《中华人民共和国进出口商品检验条例》（以下简称《商检条例》）。《商检条例》是一部内容完整、结构严谨的涉外经济行政法规。它明确规定：国家商检局是统一监督管理全国进出口商品检验工作的主管机关，明确了商检机构的检验范围、检验内容、检验制度以及对违法行为的行政处罚等。
随着改革开放的不断深入，中国的对外贸易有了很大的发展，进出口商品结构、贸易方式也发生了变化，国际市场对商品质量的要求越来越严，新的形势迫切需要把多年来在进出口商品检验方面的经验和权利、义务用法律的形式加以规定。
1986年国家商检局成立商检法起草小组，认真总结商检工作多年积累的经验，调查研究并借鉴国内外有关法律法规规定，在《商检条例》的基础上起草了《商检法》草案。
《商检法》实施后，国家商检局根据该法第31条的规定，制定了《中华人民共和国进出口商品检验法实施条例》以下简称《商检法实施条例》）。《商检法实施条例》经国务院批准，国家商检局1992年10月发布施行。
《商检法实施条例》作为《商检法》的配套法规，具体规定了商检部门主管进出口商品检验工作的法律地位，规定了法定检验、鉴定业务的范围、监督管理的各项制度。并在符合《商检法》基本原则的基础上规定了商检部门可以制定行业标准、开展外商投资财产鉴定、质量体系评审等业务。《商检法》以及《商检法实施条例》的发布施行，对于进一步加强进出口商品检验把关，维护国家利益和信誉，促进外贸发展具有重大的作用。
1994年机构改革，国家进出口商品检验局又升格为副部级，内设司室机构。
(一)中华人民共和国成立前的进出境动植物检疫
1840年鸦片战争后，清政府被迫实行“门户开放”政策，英、美、法、俄、日本等国的大量轻工业产品流入中国，同时中国的农畜产品和工业原料被竞相掠夺搜刮出境。中国最早的动物检疫是1903年在中东铁路管理局建立的铁路兽医检疫处，对来自沙俄的各种肉类食品进行检疫工作。
1913年英国为防止牛羊疫病的传入，禁止病畜皮毛的进口，向中国政府提出检疫要求。上海的英国商人为了使其经营的产品顺利地出口到英国，聘请了英国的兽医派得洛克在上海做出口肉类检验，并签发兽医卫生证书。1921年英国驻华使馆照会中国政府外交部，要求执行英国政府颁布的《禁止染有病虫害植物进口章程》。
1922年英国又以中国无国家兽医检查机关为由，禁止中国的肉类进口。
1930年国民政府将农矿部和工商部合并为实业部，“毛革肉类检查所”与“农产物检查所”统一划归1929年成立的商品检验局负责，隶属实业部领导。
1932年12月14日，实业部公布了《商检法》。
1939年4月上海商检局开始实施植物病虫害检验。这些法律的颁布对于保护当时国内的农业和畜牧业起到了积极的作用，也促进了农畜产品的出口。
中华人民共和国成立后，政府接管并改造了原有的商品检验局，于1949年建立了由中央贸易部领导的商品检验机构，1952年明确由外贸部商检总局负责对外动植物检疫工作，其中，畜产品检验处负责动物检疫、农产品检验处负责植物检疫。由于当时出口动物及其产品的数量逐年增加，外贸部制定了《输出输入农畜产品检验暂行标准》，在对外贸易中发挥了很好的作用。1954年，政务院颁发《输出输入植物检疫暂行办法》、《输出输入植物应施检疫种类与检疫对象名单》，规定进口的农林种子、苗木及播种材料、植物产品等必须实施植物检疫。
1964年2月，国务院决定将动植物检疫从外贸部划归农业部领导(动物产品检疫仍由商检局办理)。并于1965年在全国27个口岸设立了中华人民共和国动植物检疫所，以后又根据形势发展的需要，在开放的口岸设立进出境动植物检疫机构。
针对当时的情况，从保护中国农业的角度出发，农业部于1966年制定了《农业部关于执行对外植物检疫工作的几项规定》（草案），对进出境（包括过境）植物检疫的应检范围、报检程序、报验方法、检疫处理和出证放行等做出详细规定。这个规定对于规范当时的植物检疫工作，统一口岸执法，起到了积极的作用。同时，农业部还根据进口检疫中出现的疫情，及时调整了《进口植物检疫对象名单》。1971年农业部修订了《口岸动物检疫暂行条例》。1974年又制定了《对外植物检疫操作规程》，规定凡进出口植物及其产品的检疫都要按照“准备工作、现场检疫、室内检疫、评定与签证”四个程序进行。农业部采取的这些措施，对动植物检疫工作起到了指导和统一、规范的作用。
1982年，国务院正式批准成立国家动植物检疫总所，并明确其性质为代表国家行使对外动植物检疫行政管理职权，负责统一管理全国口岸动植物检疫工作的局级事业单位。国家动植物检疫总所的成立，将进出口动植物检疫改为由中央和地方双重领导，以中央领导为主的垂直领导体制。
随着改革开放的不断深入，中国国内的各项工作逐步纳入法制化的轨道。1982年，国务院颁布《中华人民共和国进出口动植物检疫条例》（以下简称《条例》），以国家行政法规的形式明确规定了进出口动植物检疫的宗旨、意义、范围、程序、方法以及检疫处理和相应的法律责任。《条例》是中国进出境动植物检疫史上第一部比较完善的检疫法规。
1995年，国家动植物检疫总所更名为国家动植物检疫局。
1996年12月，国务院颁布《动植物检疫法实施条例》，细化了动植物检疫法中的原则规定，如进一步明确了进出境动植物检疫的范围，确定了国家动植物检疫机关的职能，完善了检疫审批程序和检疫监督制度，进一步规范了实施行政处罚的规则和尺度。
《动植物检疫法》及其《实施条例》颁布施行后，农业部、国家动植物检疫局根据工作的需要，先后制定了一系列配套规章及规范性文件。如《进境动物一二类传染病、寄生虫病名录》、《禁止携带、邮寄进境的动物、动物产品和其他检疫物名录》、《进境植物检疫危险性病、虫、杂草名录》、《进境植物检疫禁止进境物名录》等。这些规章及规范性文件的执行，对于实现进出境动植物检疫“把关、服务、促进”的宗旨发挥了重要的作用。
(一)中华人民共和国成立前的国境卫生检疫
鸦片战争以后，一系列不平等条约的签订，打破了清政府闭关锁国的对外政策。随着沿海口岸的相继开放，中国对外通商日益发展，同时，各类传染病传入的可能性也大大增加。
1910年和1921年，中国东北两次鼠疫大流行，为了加强卫生检疫工作，减少疫情带给人民的灾难，当时的东三省防疫总管理处向南京国民政府提出从海关收回卫生检疫权的要求。历经数年的努力，经国民政府批准终于达成协议：在上海建立全国海港检疫总管理处，自1930年7月1日始先收回上海海港检疫机构，由外国人掌握权力的中国海关交回中国政府管理。总管理处订立全国检疫章程，呈中央政府批准后施行，总管理处负责分期收回上海港以外的各口岸卫生检疫机构。
1930年，各地卫生检疫从海关分离出来，成为一个独立部门，隶属国民政府内务部卫生署领导。卫生署先后在上海、天津、广州、汉口、满洲里、厦门等口岸设立海港检疫管理处和卫生检疫所，负责出入境卫生检疫。同年颁布了《海港检疫章程》，这是中国第一部全国统一的卫生检疫法规，从此结束了海港卫生检疫各自为政的状态。该章程参照了《国际卫生公约》的规定，从内容和方法上统一了卫生检疫，规定卫生检疫的对象为人、运输工具、货物和兽类；检疫传染病为：鼠疫、霍乱、天花、黄热病及斑疹伤寒。中国卫生检疫机关可以对外宣布疫区及疫港。1931至1932年，海港检疫总管理处从海关收回了汕头、营口、塘沽、秦皇岛等卫生检疫所。
1937年，抗日战争爆发，大部分港口被日本占领，上海检疫工作暂由港务局代管，检疫行政由海关主持，具体业务由中日双方医师共同负责，沦陷区其他口岸由日本人接办。在国民政府管辖地区设有宜渝（汉口、宜昌、重庆）与滇边检疫所。
中华人民共和国成立后，中央人民政府卫生部防疫处设立防疫科，接管了原有的17个海陆空检疫所并更名为“交通检疫所”。除天津、塘沽、秦皇岛检疫所由卫生部直接领导外，其他各所分别划归东北、华北和中南大行政区军政委员会卫生部领导。
1950年2月，卫生部召开建国后第一次全国卫生检疫会议。1953年1月，卫生部通知将各地交通检疫所移交有关省、市、自治区卫生厅直接领导，北京、天津、秦皇岛检疫所仍由卫生部直接领导。
1957年，第一届全国人大常委会第88次会议通过《中华人民共和国国境卫生检疫条例》(以下简称《卫生检疫条例》)。条例将鼠疫、霍乱、黄热病、天花、斑疹伤寒和回归热列为检疫传染病。这是中华人民共和国成立以来颁布的第一部卫生检疫法规，从此卫生检疫工作有了全国统一的行政执法依据。
“文化大革命”期间，卫生检疫工作遭到严重破坏，卫生检疫组织基本处于瘫痪状态，有的被合并，有的被撤销，大批业务人员下放农村劳动，一些传染性疾病悄然由国外传入，鼠患、虫媒密度上升，给疾病传播创造了条件。
1980年，卫生部发布《国境卫生传染病检测试行办法》，规定流行性感冒、疟疾、登革热、脊髓灰质炎等为检测传染病。次年卫生部又发布《中华人民共和国国境口岸卫生监督办法》。这一系列规章的颁布，极大地丰富了卫生检疫工作的内容，并对当时的卫生检疫工作起到了重要的指导作用，同时也为卫生检疫立法提供了很好的经验。
为适应国境卫生检疫工作发展的需要，1988年5月4日，中华人民共和国卫生检疫总所成立，同年6月26日，卫生部发文确定第一批15个省、市、自治区卫生检疫机构上划卫生部直接领导，至1992年全部上划完毕。1992年各地卫生检疫所更名为“中华人民共和国xxx卫生检疫局”，1995年中华人民共和国卫生检疫总所更名为“中华人民共和国卫生检疫局”。随着国境卫生检疫事业的蓬勃发展，检疫队伍也在不断壮大。截止1998年，卫生检疫机构由原有的17个检疫所发展到直属国家卫生检疫局的114个国境卫生检疫所，全国从事国境卫生检疫工作的人数已达5,000余人。
中国的进出口食品卫生检验，是中华人民共和国成立之后才建立和发展起来的。其中出口食品卫生检验，一直由商品检验机构负责。
建国初期出口食品卫生主要进行微生物和有害重金属污染的检验。70年代初随着国外对食品卫生要求和管理越来越严，逐步开展了黄曲霉毒素、放射性污染、农药残留、兽药残留、食品添加剂和其他污染物等高新技术的检验，并实施了对肉类和食品加工厂的加工卫生条件的注册登记和监督管理。1982年11月，全国人大常委会公布了《食品卫生法》(试行)，1995年10月又正式修订为《食品卫生法》，明确规定“出口食品卫生由商品检验机构监督检验”。国家商检局与卫生部于1984年7月联合发布《出口食品卫生管理办法》，使出口食品卫生监督检验完全步入正规发展的轨道。
进口食品卫生检验开始于60年代我国从国外进口粮油食品之时，初期进口食品卫生也由商品检验部门监督检验。1974年国务院以84号文件将进口食品卫生划归各口岸卫生检疫所办理，并由卫生部报国务院批准承担进口食品卫生检验的防疫站可挂“进口食品卫生监督检验所”的牌子。
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