首先，冬虫夏草发霉的第一个原因就是其内部物质在不利的保存条件下氧化，产生了化学反应，氧化后导致变色和产生怪味，这是由于保存不当，因此产生的发霉现象。
2.微生物污染
针对微生物这个概念，相信大家都不陌生，毕竟微生物无处不在。冬虫夏草在采摘、运输、储存、销售过程中，容易被微生物污染。再加上长期放置，在适当的温度下微生物就会繁殖增长，吃掉冬虫夏草的营养，破坏其蛋白质。微生物会化解冬虫夏草中的营养物质，分解后会产生臭味和酸味，导致虫草变得软瘪，颜色也会发生变化。
3.酶的分解
冬虫夏草中有多种酶，在不利的保存条件下，酶会将冬虫夏草中的营养分解为低级产物，使冬虫夏草失去原有的营养成分，其功效也大打折扣，所以保存冬虫夏草，一定要防止潮湿、高温或者与微生物接触的环境。
冬虫夏草发霉了怎么办？还能吃吗？
要分辨一下：从颜色上看，冬虫夏草如果内芯发黄或者发黑，则证明已经霉变不能食用和泡酒；如果内芯是白色，那么可以在阳光直射下晒干，去掉冬虫夏草表面污物后即可尽快食用。
1、断面颜色越白，表明品质受损越小
补救方法：如出现发霉现象不太严重，你可以通过洗净晒干的方式对冬虫夏草进行处理，最后再尽快吃掉，做到物尽其用。
2、断面颜色越黄，表明品质受损越大
食用断面颜色已经为黄色的冬虫夏草是否对人体有害，目前无权威性临床实验告知，因此，建议丢弃掉处理。冬虫夏草发霉，并不仅仅是效果降低或者没有效果，还有可能因为发霉导致各种副作用或致病。
冬虫夏草发霉了后该怎么处理？
1、发霉很严重的情况
冬虫夏草发霉很严重的话，不要吃，直接丢掉，不要舍不得！
哈吉分析：研究表明，霉变的物质会导致肝癌及消化道癌症的发生率明显升高，即使用白酒、酒精浸泡也去不掉，洗晒更不可能消除，绝对不能再食用。
2、不是特别严重的情况
哈吉分析：发霉程度不是特别严重的话可以用白酒洗涤，然后再用密封袋封好。虽然效果可能不明显，但通过用白酒清洗，可达到消毒和杀菌的效果。同样，清洗过后应尽快食用。
发霉后的冬虫夏草图片样子
如何保存来避免冬虫夏草发霉
1、放在阴凉干燥的地方
2、装塑料袋冷藏
3、放花椒
散装的冬虫夏草可以在阳光好的时候，把散装冬虫夏草撒放阳光充足的地面晒干，之后，轻轻的把冬虫夏草捡起，此时的冬虫夏草很容易断掉，装入塑料薄膜袋子中，底部每公斤冬虫夏草平均放入200克左右布袋装花椒一个后密封，放于阴凉干燥处。
4、放干燥剂
5、曝晒
若发现虫草已受潮而润软，应立即取出于阳光下曝晒。这样可以使冬虫夏草减少水分的同时，通过阳光来杀死冬虫夏草本身所附带的部分霉变菌等，有利于保障冬虫夏草目前已有的内在品质。
6、如果冬虫夏草已经生虫，有条件的话可以用炭火微微烘焙，时候筛去害虫虫体与杂质后尽快食用，不宜再进行过久保存，毕竟其功效已经打了折扣。