工程项目涉及的审计问题包括前期报建手续、内控制度管理、招标投标管理、合同管理、概算执行、设计管理、甲供材料设备管理、工程管理、结算管理、财务管理等多方面内容。
前期报建手续方面
前期手续不齐实质上是违规建设。有的项目前期手续不齐就开始建设，例如没有开工报告；没有办理环评；边办概算审批边施工等。
案例1某煤矿的技改项目，项目的初设和概算得到了山西省的批复，但集团一直未批复，而且该项目开工前没有办理完环境评价和煤矿安全评价。该煤矿是二级公司从私人手里收购部分股权，二级公司占股比为51%，其他私人股东占股比为49%，技改建设资金集团未批，所有资金暂由二级公司借款。项目原计划2年完成技改，但实际实施了7年仍未建成，主要原因是手续不齐全，煤矿安全管理部门阶段性地要求项目停工，导致项目进展缓慢。项目概算从最初的5亿元，现在准备调整到10亿元，其中建设期每年的人员工资奖金就2000多万元。
内控制度方面项目实施没有制度上的保障，容易造成管理的权责不明确，从而给工作的开展带来隐患。有的项目的内控制度不全，缺少项目管理的个别环节的制度规定；有的项目内控制度规定与上级单位的制度有冲突；有的项目的内控制度没有根据实际情况进行调整；有的项目的内控制度缺少可执行性等。
案例2某氧化铝项目，项目专门成立了建设指挥部，主要成员系从建设单位各个部门抽调人员组成。这个指挥部建立了一些专门的项目管理内控制度，但是其中的甲供材料内控制度基本参考了原建设单位的材料管理制度，其中一些机构的权责与指挥部的机构无法对应，导致甲供材料管理制度无可操作性。该项目在投产一年之后，甲供材料的核销仍然未完成。
招标投标管理方面
招标投标管理是当前我国工程和采购管理中一项重要的管理环节，此环节因为违规导致的腐败行为屡见不鲜，前不久被媒体曝光的三峡工程大量审计问题都出在招投标管理上。
招标投标制度的核心是通过公平竞争，保证工程安全和质量，实现投资的最优化，所以招标投标管理在审计工作中是一项非常重要的工作。
有的项目招标投标制度执行不严，该招标但没有招标，招标程序未满足《中华人民共和国招标投标法》和其他招投标制度的规定。
例如：中标通知下发30天后不签订合同；招标文件发售后不到20天就截标；评标后不按中标价格签订合同；不具备招标图纸即开始招标；有的项目的投标人不具备承包资格；
有的项目招标为了地方保护，在招标文件中设置排斥性条款；有的项目不按评标报告推荐的候选单位发出中标通知书；有的项目评标委员会成员不具备评标资格等等。
案例3某氢氧化铝技改项目在招标阶段图纸不全，建设单位与施工单位按照费率合同签订合同，合同金额96万元。施工过程中补充图纸、设计变更、签证增加合同额172万元，最终合同额达到268万元，是原合同的2.78倍，造成投资的失控并且严重超概算。其中主要原因是招标阶段图纸不全，建设范围和内容无法确定，而后期施工单位联合设计单位刻意加大建设内容。
合同管理方面
合同是项目当事双方的契约，所有的项目行为都应该在合同框架内做出明确，没有合同容易产生法律纠纷；合同约定不清楚，容易给项目实施和结算带来矛盾隐患。有的项目做完工程后再签合同；有的项目合同对关键性条款控制不严。例如：合同对工程的范围、内容、标准规定不明确；合同对结算条款规定不细致；合同规定的付款比例与有关规定不符，未预留质保金；合同对违约责任规定不足，缺乏对违约方的制约等等。
案例4某水厂项目采用EPC总承包，原合同总价包死，但合同在结算条款中约定如果概算调整，结算将相应调整，但未具体约定如何调整。在结算时，建设单位按照二次概算批复的金额调整结算，但是其中有一个问题是在招标时，总承包单位并不是依据第一批复的概算内容进行投标，如果按照两次概算的差异直接调整结算，势必造成结算的不合理。该项目在最后结算过程中造成很大的分歧和争议。现在大量使用的EPC和PPP等项目绝大部分都是招投标走过场，边设计、边施工、边变更、边预算非常突出，投资管理严重失控，很多EPC项目是故意为之。所以在签订合同阶段，必须认真审核结算条款，对合同结算的各个细节都要考虑清楚。
概算执行方面
概算是项目执行的依据，项目要做什么，按照什么标准做，花多少钱，都在概算中做了规定。
项目实施的所有内容和投资控制都应与概算对应，个别不在概算内的内容，应当向概算审批单位申报批准。
所以项目审计很重要的一项工作就是要控制项目的实际投资满足概算要求，避免不合理的超概算。
有的项目实施过程不按照概算批复执行，例如：擅自提高建设标准；扩大建设范围；将不属于概算范围内的工程纳入项目建设；项目出现重大设计变更不报批等等。
案例5某赤泥坝加高项目，原批复概算建设内容是：3~4格在原有坝上加高9m，5~6格在原有坝上加高3m。但实际建设内容是：1~2格加高4.67m，3~4格加高6.1m。建设内容与批复概算明显不一致。建设内容的差异，导致项目的投资完成情况难以评价，而且这种借立一个新项目，做其他项目的事，完全违反了建设项目的管理程序，也必然导致投资的失控。
设计管理方面
设计图纸和设计变更是工程实施过程中重要的管理文件，也是项目结算的重要依据，很多施工单位希望通过设计图纸和设计变更增加工程结算。
所以设计文件管理的审计是一项重要的工作，在某些项目中甚至成为最关键的审计环节。
有的项目设计深度不够，重要数据标示不清，造成结算时候无据可依；
有的项目只有部分设计图纸就开始招标，造成招标后造价失控;
有的项目设计变更办理不规范，不按照实际的工程绘制附图，仅标注工程量，造成结算与实际不符；
竣工图纸不按实际完成情况绘制，造成结算审核时不知道实际完成情况，减少的工程量没有扣除；
设计图纸的编制单位不具备出图资格，出具假的设计变更等。
案例6某项目建设工期很紧，由于前期设计图纸不全，在建设过程中出现很多设计变更。有些设计变更是建设单位领导在会议中临时决定的，施工单位先行实施，设计单位后补充《设计变更通知单》。施工单位施工完成后，监理单位没有《设计变更通知单》，无法对变更部分进行有效的监督和验收。在后补《设计变更通知单》中，施工单位买通设计单位弄虚作假，把一些没有实施的工程量也写入其中，而工程结算时预结算人员没有发现，按照《设计变更通知单》的内容给施工单位办理了结算。
甲供材料和设备管理方面
甲供材料和设备是工程项目中建设单位采购的工程物资，应按照工程的设计需要进行采购和发放。
在有的工程项目中，甲供材料和设备的投资占比很大，如果管理不好，很容易成为某些人弄虚作假或者滋生腐败的手段，所以在审计工作中必须重视这一部分。
有的项目甲供材料管理混乱，计划部门没有审核计划用量；
材料设备管理部门没有建立完整的采购与出入库台账、甲供材料超量采购、该招标采购的不招标、发放过程不按计划用量控制、本来建设用的材料发给生产部门使用、多余的材料设备不及时回收、材料设备收发不及时记录;
有的财务部门没有及时对甲供材料进行核销等问题给工程最后结算造成很大麻烦。
案例7：某试验项目建设一个钢结构主体，钢结构材料属于甲供，预算工程量56t，而实际领用69t，超领13t，超领的甲供材料被建设单位挪用到其他项目，超领部分应当从施工单位的结算中扣除，并核减项目的建设投资。
案例8：某市政热力管线工程，总长度3km，热力管线全部甲供，管线涉及多种直径和规格，而且设计多次变更。施工过程中，建设单位管理人员多次变化，并且没有对甲供材料的购买与发放做好详细记录，导致完工后甲供材料的统计出现重大偏差，结算工作被拖延了近两年。
工程管理方面
工程管理是项目实施的执行部分，是所有管理工作中最具体最直接的部分，涉及工程内容是否按照合同完成、签证的记录、工期能否满足合同条件、工程质量是否达到约定标准等，所有的投资完成最后都要反映在工程的成果中，是工程结算最重要的参考。
工程实施的过程也是工程成本形成的过程，其过程的记录对工程的结算具有重要意义。
有的项目监理管理缺位，安全、质量、进度、工程事件的记录控制不力，对该发现的安全质量问题没有发现，导致项目出现返工；
不按现场实际情况办理签证，导致施工单位高估冒算；
对没有完成的工作在验收报告中不披露，导致结算时漏扣；
不认真审查施工的竣工图纸，随意签字，导致结算时依据不准。
有的施工单位资质不够，挂靠投标；有的施工单位不按合同约定履约，项目经理和技术负责人根本不在现场。
案例9某电厂项目，由于建设单位未及时提供工作面导致施工单位停工，撤出部分人员和机械。监理单位在停工期间未对施工单位的人员、材料、机械情况进行记录，导致后期施工单位提出施工索赔时，漫天要价，而建设单位因为无记录可查，在索赔谈判中非常被动。
结算管理方面
结算管理可以说是审计工作的核心工作，直接涉及大额工程费用的支出，而结算的成果必须与结算依据对应，同时还要认真核对计算的过程。
这就需要具备对整个项目各个环节的系统性思考，也需要扎实的造价专业知识。
结算管理中问题有：
图纸工程量计算、定额套取、取费、计税的错误；
人材机价差计算错误；签证事项与实际不符；
签证的事项已包括在合同范围内，重复计费；
设计变更的工程量与实际不符；
总价合同范围内的工程实际没有全部完成等等。
案例10
财务管理方面
存在问题：
有的项目资本金不到位，造成借款利息增加；
有的项目将生产项目的职工工资列入建设工程费；
有的项目建设单位管理费金额特别大，掺入大量其他费用；
有的项目成本费用归集不准确，将其他类费用列入到建安类费用中；
有的项目将生产类成本计入到建设工程费用；
有的项目挪用建设资金等。
案例12某建设项目采用主要材料机械甲供，施工单位出人工和辅助性机械材料，在项目决算时，建设单位计列的材料量远大于工程实际需要量。后经调研发现，该项目将大量的生产用材料也计入工程建设费用中，虽然项目没有出现超概，但将不属于项目投资的费用也计入项目建设费用，违反了财务管理制度。