男性右肾囊肿可能是由先天发育不良、基因突变、各种感染、毒素等引起的。对于囊肿直径小于4cm的患者，且临床症状不明显时，一般不需要治疗。囊肿直径大于4cm，可以手术治疗。具体分析如下：
1、先天发育不良：男性右肾囊肿可能是由先天发育不良引起。有研究认为大多数囊肿起源于近端肾小管，肾小管先天发育不良，引起肾单位阻塞，可以造成髓质海绵肾、发育不良性多囊肾病等。
2、基因突变：男性右肾囊肿可能是由基因突变引起。对肾囊肿而言，大多是通过亲代基因遗传的，分为常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传，但也有肾囊肿患者既非亲代遗传，也不属于先天发育不良性肾囊肿，而是由胚胎形成时的基因突变引起。在胚胎形成过程中，由于外界因素的作用，使关键基因发生了突变形成了肾囊肿。此种情况虽然罕见，但可以发生，因此，有些肾囊肿患者并没有家族遗传史。
3、各种感染：男性右肾囊肿可能是由各种感染引起。感染可使机体内环境发生异常变化，从而产生有利于囊肿基因发生变化的环境条件，使囊肿的内部因素活性增强，这样便可促进囊肿的生成。而身体任何部位的任何感染，又会通过血液进入肾脏从而影响囊肿，如囊肿发生感染，则除了使临床症状加剧外，还会促使囊肿进一步加快生长速度，并使肾功能损害加重等。常见的感染有上呼吸道感染、尿路感染、胃肠道感染、皮肤感染、外伤感染、器械感染等，即不论是细菌感染还是病毒感染，均可对囊肿产生很大影响。
4、毒素：男性右肾囊肿可能是由毒素引起。毒素作用于人体，可使各种细胞组织器官造成损伤，从而发生疾病，甚至危及生命，并且也是产生基因突变、先天发育异常等现象的主要原因之一。常见的毒素诸如农药、某些化学药剂、放射线、污染等。尤其需要指出，一些药物也具有肾毒性，若使用不当则易造成肾损害，这些药物包括卡那霉素、庆大霉素、磺胺类、利福平、吲哚美辛等。
对于右肾囊肿直径小于4cm的患者，没有肾盂肾盏明显受压，没有感染、恶变、高血压等症状，或者是临床症状不明显时，只需要密切随访观察，定期复查肾脏彩超即可，不需要治疗。对于囊肿直径大于4cm的患者，或是右肾囊肿引起感染、高血压等症状，可通过手术切治疗。