食源性疾病(foodbornedisease)，是一种涵盖范围非常广泛的疾病，在全世界范围内都是一个日益严重的公共卫生问题。从粮食生产到消费(“从农场到餐桌”)，任何一个阶段都可能发生食品污染，也有可能是环境污染的结果，包括水、土壤或空气污染。
食源性疾病最常见的临床表现为胃肠道症状;然而此种疾病还可能有神经科、妇科、免疫系统等其他症状。摄入受污染食品，也可能造成全身多器官衰竭，甚至引发癌症，从而造成极大的残疾和死亡负担。
食源性疾病常见的病原有痢疾杆菌、伤寒杆菌、沙门氏菌、副溶血性弧菌、致泻性大肠杆菌等细菌。食源性疾病主要流行特征为：发病突然、病例集中，可呈散发或家庭多例感染，或在学校、幼托等集体用餐单位以集体性食物中毒形式表现。
1984年，世界卫生组织将“食源性疾病”(foodbornedisease)一词作为正式的专业术语，以代替历史上使用的“食物中毒”一词，并将食源性疾病定义为：通过摄食方式进入人体内的各种致病因子引起的通常具有感染或中毒性质的一类疾病。
食物传播
所有的食物中毒都是以食物和水源为载体使致病因子进入机体引起的疾病。
暴发性
一起食源性疾病暴发少则几人，多则成百上千人。在发病形式上，微生物性食物中毒多为集体暴发，潜伏期较长(6～39小时);非微生物性食物中毒为散发或暴发，潜伏期较短(数分钟至数小时)。
散发性
地区性
指某些食源性疾病常发生于某一地区或某一人群。例如，肉毒杆菌中毒在中国以新疆地区多见;副溶血性弧菌食物中毒主要发生在沿海地区;霉变甘蔗中毒多发生在北方地区;牛带绦虫病主要发生于有生食或半生食牛肉习俗的地区。
季节性
某些疾病在一定季节内发病率升高。例如，细菌性食物中毒一年四季均可发生，但以夏秋季发病率最高;有毒蘑菇、鲜黄花菜中毒易发生在春夏生长季节，霉变甘蔗中毒主要发生在2～5月份。
食源性疾病分为两类：一类是由食品中生物或化学因素引起的食物中毒，另一类是由食品中生物因素引起的感染性腹泻。已知有200多种疾病可以通过食物传播。已报道的食源性疾病致病因子有250种之多，其中大部分为细菌、病毒和寄生虫引起的感染性疾病。其它为毒素、金属污染物、农药等有毒化学物质引起的中毒性疾病。
1、肠道致病菌
约10种左右的肠道致病菌，是食源性疾病中最常见的生物致病因素。感染后可引起细菌性食物中毒和多种感染性腹泻。常见的致病菌及其污染的食物为：沙门氏菌(禽、畜肉)、副溶血性弧菌(水产品)、蜡样芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌(剩饭)、肉毒杆菌(发酵制品、肉制品)、李斯特单核细胞增生菌(乳制品)、椰酵假单细胞菌(银耳)和肉制品大肠杆菌等。
2、食源性病毒
通过食品传播的病毒主要有诺如病毒、轮状病毒、甲肝病毒和戊肝病毒等。感染后可引起病毒性腹泻、甲肝、戊肝等疾病。目前病毒性腹泻发病率呈明显上升趋势，仅次于细菌性腹泻。
3、寄生虫
主要是华支睾吸虫，感染后可引起肝吸虫病。还有阿米巴原虫，感染后可引起阿米巴痢疾。
4、毒素
如黄曲霉毒素、海中的生体毒素、毒蘑菇中产生的氰苷和毒素、有毒动物(如河豚鱼)产生的毒素等。
5、化学性污染
主要是农药，兽药饲料添加剂、杀虫剂、灭鼠药的滥用，含重金属(铅、铜、汞、锌)、有机氯和化合物(多氯联苯)、有机磷的化合物、亚硝酸盐等有害物质造成的污染。
食源性疾病在发达国家和发展中国家都是一个普遍和日益严重的公共卫生问题。食源性疾病的全球发病率难以估计，但据报告，仅2005年就有180万人死于腹泻病。这些病例的大部分可归应于食品和饮用水污染。此外，腹泻是婴儿和幼儿中营养不良的一个重要原因。
在工业化国家，据报告，每年罹患食源性疾病的人口百分比高达30%。例如，在美国，估计每年发生约7600万例食源性疾病，造成325,000人次住院和5,000人死亡。虽然该问题未得到良好记录，但是由于存在一系列广泛的食源性疾病，包括由寄生虫引起的食源性疾病，发展中国家首当其冲。许多发展中国家腹泻病的高患病率表明重大基本的食品安全问题。
虽然大多数食源性疾病为散发性并且通常未得到报告，但是食源性疾病暴发可呈现极大规模。例如在1994年，在美国发生了一次由污染的冰淇淋引起的沙门氏菌病暴发，估计影响224,000人。1998年，中国由食用污染的蛤蜊引起的甲肝暴发影响了约30万人。
2012年9月25日，卫生部公布了《食品中致病菌限量》征求意见稿，同时宣布该标准将在正式发布后6个月施行。提出了沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等主要致病菌在多类食品中的限量要求。监测数据显示，2011年，中国每6.5人中就有一人曾经发生过食源性疾病。