微生物种为繁多、分布广泛，被划分成各种类型。食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、细菌、病毒和寄生虫。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害，只有细菌、病毒、寄生虫能引起食品的生物危害，使食品不安全。
1、细菌的危害
各类食物中毒中细菌性食物中毒占食物中毒总数的50%左右，细菌性食物中毒以胃肠道症状为主，常伴有发热，其潜伏期相对于化学性的较长。较明显季节特点，好发于夏秋季气温和湿度较高的季节，常常为集体突然暴发，发病率高，病死率低好.常见的细菌性食物中毒病原菌有沙门氏菌属、葡萄球菌、付溶血性孤菌、肉毒梭菌、致病性大肠菌等。
2、真菌的危害
微生物中只有真菌具有真正的细胞核和完整的细胞器，故又称真核细胞型微生物。真菌在自然界中分布极广，有十万多种，其中能引起人或动物感染的仅占极少部分，约300种。可以引起真菌感染，变态反应性疾病，中毒性疾病等。人和畜禽一次性摄入含有大量真菌毒素的食物，往往会发生急性中毒，长期少量摄入会发生慢性中毒。根据真菌毒素作用的靶器官，可将真菌毒素分为肝脏毒、肾脏毒、神经毒、光过敏性皮炎及其他5种可以使实验动物致癌的真菌毒素有黄曲霉毒素、杂色曲霉素、黄天精、环氯素和展青霉素。
3、病毒的危害
我国食品的病毒性污染以肝炎病毒的污染最为严重，有显著的流行病意义。其中甲型肝炎、戊型肝炎被认为是通过肠道传播，即粪--口途径，其中相当一部分人是通过被污染的食品而感染。
4、寄生虫的危害
污染食物的常见食源性寄生虫可分为六大类，30余种。寄生虫病正是由不卫生的饮食习惯造成的，易引发猪带绦虫、牛带绦虫病、肺吸虫病、肝吸虫病等。
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