微生物包括：病毒界、原核生物界、原生生物界、真菌界.
病毒没有细胞结构；
原核生物包括一藻（蓝藻）、二菌（细菌、放线菌）、三体（衣原体、支原体、立克次氏体）；
下面是真核微生物：
原生生物包括草履虫、变形虫、疟原虫等.
真菌包括酵母菌、霉菌（青霉）、大型真菌（蘑菇）等.
根据细胞的有无以及细胞结构特点的不同，人们把微生物分为三大类，它们是原核细胞型微生物，例如细菌和放线菌；真核细胞型微生物，如真菌；非细胞型微生物，例如病毒等。
微生物个体很小，一般只有用显微镜把它们放大几百倍封几千倍，乃至几十万倍才能看清楚它们。
微生物结构都很简单；往往都是单细胞的，也就是说，个细胞就是一个独立的生命体了。像无处不在的细菌、主要存在于土壤中的放线菌以及我们平时发面蒸馒头用的酵母菌等，都是单细胞微生物。
而有的微生物如病毒，小得连一个细胞都不是，它们专门生活在活细胞内。一个细胞里可以装下许多个病毒。在普通的光学显微镜卞根本看不到病毒，只有在电子显微镜下把它们放大几万倍甚至几百万倍才能看清。
还有二些微生物的结构和生活介于细菌和病毒之间，它们有了类似细胞的结构，但是比细菌更简单，像病毒一样，也本能独立生活，必须寄生在活细胞内，如引起流行性斑疹伤寒的立克次氏体，引起人体原生性非典型肺炎的支原体，引起沙眼的衣原体等。
在微生物王国里，真菌属于真核细胞型微生物，它们的结构要比细菌、放线菌复杂一些。除了酵母菌是单细胞的以外，绝大多数真菌都是由许多细胞构成的。真菌细胞的结构也与高等植物细胞相差无几。在夏天里，如果食品放久了或衣物管理不当，就会长毛发霉，这是最常见的真菌，叫做霉菌。当然，在微生物的“小人国”里也有“巨人”，我们用肉眼就可以看到，如餐桌上常见的蘑茹木耳、银耳、猴头等大型食用真菌。
支原体:支原体是已知的可以自由生活的最小生物,也是最小的原核细胞。它是一种比病毒大、比细菌小的原核微生物,它们的突出特点是没有细胞壁。因而细胞柔软,形态多变,具有高度多形性。在电镜下观察支原体细胞,可见具有细胞膜,细胞内有核糖体、RNA和环状DNA。支原体广泛存在于土壤、污水、昆虫、脊椎动物及人体内,是动植物和人类的病原菌之一。
衣原体:衣原体是自然界中传播很广泛的病原体。多呈球状、堆状，有细胞壁，以一般寄生在动物细胞内。从前它们被划归病毒，后来发现自成一类。是一种比病毒大、比细菌小的原核微生物，呈球形，直径只有O.3-0.5微米，它无运动能力，衣原体广泛寄生于人类，哺乳动物及鸟类，仅少数有致病性。
三种类型：
1、真核细胞型微生物（即为有真正细胞核的微生物）
特点：细胞核分化程度高，有核膜和核仁，细胞器完整。
例如：真菌。
2、原核细胞型微生物（即没有真正细胞核的微生物，只有拟核）
特点：细胞核的分化较低，仅有原始核，无核膜、核仁。细胞器很不完善。DNA和RNA同时存在。
例如：细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体。
3、非细胞型微生物（即没有细胞核的微生物）
特点：无典型的细胞结构，只能寄生在活细胞内生长繁殖。核酸类型为DNA或RNA。
例如：病毒。
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