通过加工控制可确保食品安全，加工控制就是控制食品在加工设施和车间内的流程。
但加工控制必须符合必备的程序，建立在一定的基础上。这包括：卫生、良好操作规范(GMP)、培训、产品回收程序和设备维修保养计划等。这里重点讲卫生和良好操作规范。
确保食品在卫生状态下加工最重要的是卫生操作，包括八个方面，适用于所有食品种类的零售商、批发商、仓库和生产操作。下面分别说明卫生操作的八个方面:
一、水的安全
水的安全是直接与食品或食品接触表面接触或用于生产的冰和水质和水处理，包括防止饮用水和非饮用水系统的交叉污染。
食品加工者必须在适宜的温度下能保证足够的饮用水资源。关于井水，各级政府多有相应的要求，如认可了水井的构造和定期检查大肠菌群总数和其它影响水质的成份。井口必须远离水井以促进适宜的排水，应密封以禁止污水的进入。
水泵设计必须合理，防止虹吸,使废水和污水倒流入上水管造成交叉污染。在检查时，要沿上水管道和废水管道进行检查，判定是否造成交叉污染。
加工操作中易造成交叉污染的关键区域包括：
水龙头：需要典型的一个真空中断器或其它禁止回流装置以避免产生负压情况。当在水管中排出空气后产生负压，由通常的正压改变至负压力。所以，如果水管中浸满水，而水管没有防止回流装置保护，脏水在地面上或槽中可能被吸入饮用水中。
清洗/解冻/漂洗槽：水不应进入低于水边缘的槽中。再者，如果是负压状况，清洗用水可能有吸入饮用水供应系统。在这些情况中，在进水管和槽边缘之间必须有两倍于进水管直径的间隙以防止虹吸。
当冰与食品或食品接触表面相接触，生产和储藏必须卫生。食品及不卫生的物品不能同存于冰中。制冰机内应经常检验以保证清洁，不存在交叉污染。
二、食品接触表面的状况及清洁
食品接触表面的装况及清洁包括设计、工艺、原料、维护、清洁和卫生，以及手套和衣服。
食品接触表面在使用中断时，在预备加工之前需要清洁，为了安全必要时进行消毒。要注意此时的关键是必须首先清洁，然后再消毒。
食品卫生检查者为判断是否清洁时，需要察看难清洗的区域和产品残渣可能出现的地方，如加工台下或操作台的排水管内等产品残渣聚集、微生物繁殖的地方。
食品接触表面设备的设计和安装应易于清洁，这在卫生中极为重要。设计的设备应无粗糙焊缝、破裂或凹陷，防止细菌免于清洁或接触到消毒剂。在不同表面连接处应具有平滑的过渡区。设计时要考虑到设备的所有部件，从外到里要求一致。
另外，如果设备设计得很好，但实用性差，经过刮擦而造成坑洼不平以致于难以充分清洗，这种设备应修理或重新设计安装。
食品接触表面的设备必须用适宜的材料制作，如木头这种为多孔状、难于清洗的材料不能用做为食品接触表面。食品接触表面是食品可与之接触的任意表面，如食品与墙壁相接触，那么这堵墙是一个产品接触表面，设计、维护和清洁应符合同样的要求。
其它产品接触表面还包括加工人员接触其他污染物而未经清洁和消毒的手，然后接触食品的。这些污染物如不能充分清洗和消毒的降温设施和休息室的门把、垃圾箱和原材料包装。
手套也是食品接触表面，需要由一种适宜的材料制成并维持在一种合适状态。手套解决不了关系到产品的卫生状况，它们能传播细菌。手套和手一样,清洁和消毒同等重要，但比手更易于清洁。若手套维护不适当，有破洞，也成为产品的污染源。
不使用时，手套的贮存也是一个问题，必须贮藏于不被污染的地方。处理即食产品禁止使用手套，因为可能会导致产品的二次污染。
如使用手套的话，应有清洁和消毒的程序。加工厂也应提供清洁加工人员的外衣，大街上穿的衣物不能与食品接触。
三、防止交叉污染
防止交叉污染涉及到厂房的设计，人员的卫生操作规范，原料和熟食产品的物理性隔离等。
1．人员卫生：
手进行适宜的清洗和消毒能防止污染。清洗手的目的是去除感官存在的物质和可传播的细菌，所以消毒能有效地减少和消灭细菌。但如果人员戴着珠宝或其物品，手的清洗和消毒将不可能有效。感官上存在的物质藏于皮肤和珠宝或戒指之间——是导致微生物迅速增长的理想部位，当然也是污染源。
个人物品也能导致污染并需要远离生产区来存放。因其能从加工厂外带来污物和细菌。存放个人物品的设备不必是精心制作，可以左翼携带锁的小柜，但也要远离生产区域。
在加工区域内不能进行吃、喝或抽烟，这是食品卫生的基本要求。手经常触摸鼻子，鼻子内贮藏大约50%的传染性金黄色葡萄球菌。
皮肤污染也是一个要点。肘、胳膊或其它裸露皮肤表面不应与食品或加工中食品的表面相接触。
2．物理隔离：
防止交叉污染的另一种方式是为加工操作提供必要的场所。所以生产出口食品的加工厂在建造以前要向当地检验检疫机构进行咨询，反复查看加工厂草图。生产空间总体上根据生产线的情况而定。
食品原料和成品的生产和储藏中必须加以隔离防止交叉污染。如在生熟蟹肉或储藏原料肉和成品肉之间相接触就可能发生交叉污染。
3．人员操作：
人员操作过程也能导致产品污染。当人员处理非食品的表面后未清洗和消毒手就处理食品时就易发生污染。
食品加工的表面必须维持在一种清洁和卫生的情况，包括保证食品接触表面不被污染，如把接触过地面的货箱或原材料包装袋放置到干净的台表面上，或从地面或其它加工设备区域的水流到食品加工的表面而污染。
四、手的清洗、消毒和厕所设备的维持
本部分包括废水的适宜处理系统，应符合有关法规的要求。卫生检查验员应能找出废水处理系统可能存在的问题。
未经认可的废水处理体系可导致公共卫生问题，因为污水是一个直接传染源。当使用生物处理系统时，必须为封闭型并且排水区域不能开向周围环境，包括池塘、湖和港湾。
手的清洗和消毒设施位置应合理，使用时很方便，但不应构成产品污染的风险。手的清洗和消毒设施包括冷热混合水、皂液和一次性纸巾干手或其它适宜干手方式如热空气。手的清洗和消毒设施合理，防止二次污染。膝动式、自动式或脚踏式开的水龙头较为理想。卫生检查时应该包括检查部分的手的清洗和消毒设施以保证处于适宜状态。
操作台上使用消毒液较为常见。当操作人员弄脏时，用消毒剂进行消毒手或设备以保证减少微生物数量。但要确保最佳的消毒效果，这种办法也不是十分有效。因为手和设备带有有机物质，使消毒剂不能发挥作用。
五、防止污染物的混入
六、有毒化学物质的使用、标识和保存
这两个方面包括防止通过润滑剂、燃料、杀虫剂、清洁化合物、消毒剂、冷凝剂和其它物质，造成生物、化学和物理污染。如：
1．水滴和冷凝水：水滴和冷凝水能污染产品，需要加以防护。蒸汽环境特别难于控制，在冷凝器中的蒸发盘上形成的冷凝水确实是一个问题，产品贮藏于其下且考虑到冷凝水滴，李斯特菌就经常存在这种环境下。
2．通风：通风常用于减少冷凝水和不良气味的形成。然而，确保通风良好时要考虑到不会产生其它问题，如将冷凝水吹入产品中或吹动灰尘及其它污染物进入产品中。
3．照明：照明由于玻璃可能破碎成为食品生产的污染，所以照明灯泡必须加以防护。
4．有毒物质的贮存：食品加工厂有时需要特定的有毒物质，如：清洁剂；实验室化学品；设备维护的物质；食品加工中需要的食品添加剂。但，必须采取一切措施对这些物质进行适宜的标识，并远离加工区域，贮藏于单独的场所。如果可能的话，清洁剂和其它有毒有害物质应贮藏于带锁的场所内，只有那些经过培训的人员才能进入。
七、人员健康情况
八、害虫的控制
啮齿动物，鸟和昆虫等害虫带有某些感染人的病原体，所以必须加以控制保证食品和加工区域的卫生。
控制害虫主要措施是减少害虫的滋生地，如废墟、不用的设备、产品废物和未除的草。窗、门和其它出入口，如天窗、下水道和管道周围的缝隙要在加工区域内予以关闭、封住或保护（如加窗帘），以防止虫子、鸟、动物或其它害虫进入加工厂。安全有效地控制害虫必须由厂外开始，去除堆积的垃圾和其他食品废物。
家养动物，如用于防鼠的猫和用于看门的狗或宠物不允许进入食品生产和贮存区域，这些动物可引起的食品污染，与害虫的危害一样。
一般而言，符合良好操作规范和卫生要求是食品安全生产的基础。下列表格列出了卫生操作的八个方面与美国FDA21CFR110良好操作规范的比较，供参考。
卫生操作的八个方面与良好操作规范
八个卫生方面
110部分的相应要求
(1).水的安全
.37(a);80(a)和(b)(16):加工用水的安全和充分的卫生质量;用于清洗、漂洗或传送用水的安全和充分的卫生质量;制冰用水的安全和充分的卫生质量-----------------------
.37(b)(5):在污水或废水及加工用水之间无交叉接触.
(2).食品接触表面的状况及清洁
.40(a)和(b):食品接触表面设计、制作、维护和安装要能够充分地清洁并经受使用和清洁化合物的环境；光滑的衔接口。
.35(d)(2);80(b)(1)和(b)(10)和(b)13(ii):
为控制微生物,在使用之前、中断之后，清洗和消毒都是必要的。
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(3)防止交叉污染
.10(b)和(b)(2)和(b)(3)和(b)(4)和(b)(7)和(b)(8)和(b)(9);80(b)(6)和(b)(13)(V):食品处理者按照卫生规范以防止污染;维护充分的个人清洁;如有必要,在开始工作之前、从工作台下来之后及受到污染时，要洗手；必要的预防以保护不受微生物的污染；采取有效的方式以防止由于原料、其它成份、废物的污染；
(4)手清洗消毒和厕所设备的维持
.37(e)和(e)(1)-(4):在适宜处应设有手清洗和消毒设备，有效的手清洗和消毒设备;适宜的水温;提供卫生手巾或合适的干手设备;设计以预防再污染
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.37(c)和(d):充分的污水处理体系;充分良好的厕所设备;维持在卫生的状态;自动关闭的门;保护食品免于自生污染
(5)防止污染物的混入
.40(a);80和(a)(5)和(a)(7)和(b)(50和(b)(7)和(b)(10)和(b)(12)和(b)(13);.93:设备的设计、构筑和使用排除带有润滑剂、燃料、金属碎片、污水或其它污染物的食品掺杂物；所有的合理的方式以确保生产方式不会导致污染；控制原材料以防止污染；现场工作处理以防止污染；设备要保护食品免于污染；机械操作步骤要保护食品免于污染；电池、面包屑、调料和衣着等不能带来污染；供应、装配、包装和其它操作使食品免于污染；贮藏和运输要保护食品免受污染----
.20(b)(2);80(b)(10)和(b)(12)(iv):来自设备、输送管和水管的水滴不能污染食品、食品接触表面或包装材料;充分的物理保护使食品免于由于水滴排出或滴入食品可能出现的污染----------
.40(g):压缩空气或其它气体也可用于禁止食品污染
(6)有毒化学物质的使用、标识和储存
(7)人员的健康状况
.10(a):有疾病或有损伤或存在其它微生物污染源可能对食品、食品接触表面或包装材料产生污染的的食品处理者应远离此类操作