随着经济的发展、形势的变化，以及国家税收优惠的范围和力度不断加大，财政部、国家税务总局相继对研发费用加计扣除税收优惠政策进行了“扩围”与规范，但在实务操作过程中，仍有不少企业甚至规模性的大企业存在理解不透彻、打“擦边球”甚至“任性”处理等各种乱象，给企业带来很大的税务风险。
一、科研项目：立项内容说不清、道不明
虽然研发费用加计扣除税收优惠政策并非仅限于高新技术企业可以享受，但现实生活中该政策大多是与高新技术企业联系在一起的。根据科技部、财政部、国家税务总局“关于修订印发《高新技术企业认定管理工作指引》的通知”（国科发火〔2016〕195号）的规定，申报高新技术企业需提交的材料包含“科研项目立项证明”；税总97号公告也要求“按照不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用”。因此，为申报研发费用加计扣除，企业必须先设定一个科研项目，然后以该项目为研发费用的归集或分配对象。
二、费用核算与归集：似是而非，想当然
再比如，财税119号文件规定研发费用包含“外聘研发人员的劳务费用”。于是企业在与外聘人员签订劳务合同时，约定在“劳务费”之外，以实报实销或定额补助等形式负担了外聘人员的交通费、通讯费、生活补贴等其他开支，但只按“劳务费”的金额申报了代扣代缴的个人所得税，却又将其他开支一并作为“外聘研发人员的劳务费用”享受加计扣除政策。
三、核算凭证：偷梁换柱，耍“聪明”
《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定：不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证。通常情况下，企业的费用开支均需按税法规定取得合法有效的票据，才能作为会计人员的核算凭证；如果研发费用不能取得“发票”，自然是不能享受加计扣除政策的。
于是，为了能够“符合规定”，企业人员将一些日常经营管理发生的费用通过变更开支项目、编造开支事项等方法进行改头换面，以能“挤”入研发费用中。如将缴纳给行业协会或组织的年费、会员费等开具为“专家咨询费”，将在休闲会所或生态农庄发生的业务招待费开具成“研讨会议费”，将生产检测用设备归类为“用于研发活动的仪器、设备”，以便将其折旧计入研发费用，等等。
四、可加计扣除费用范围：浑水摸鱼、连混带蒙搞“扩围”
财税119号文件规定：可计入研发费用享受加计扣除的“人工费用”为直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。显然，“人工费用”的范围不包括以下内容：企业为员工缴纳的补充养老保险、补充医疗保险；超过规定标准为员工缴纳的“五险一金”；商业保险，包括企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费。
同时，财税119号文件规定，可享受加计扣除的“折旧费用”为用于研发活动的仪器、设备的折旧费。因而企业的房屋建筑物类固定资产、交通运输类固定资产，即便是专属于研发机构使用的，其折旧费用也不能计入享受加计扣除政策。
但有些企业或明知故犯，或浑水摸鱼，或自以为是，或不懂装懂，或连混带蒙，对研发费用的核算内容进行“自我”“扩围”，加大加计扣除的研发费用基数。
获得立项批准的科研项目，通常都能从各级政府部门拿到一定比例的财政性资金，作为项目的专项资助资金。如果该财政性资金符合“关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知（财税[2011]70号）”规定的条件，即可作为不征税收入。但根据税总97号公告的规定，该作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，不得计算加计扣除。
而有些企业对于“不征税收入”的政策执行得相当及时和“到位”，但对其形成的费用或资产不得加计扣除或摊销的规定，总想着能“神不知、鬼不觉”地扣除几笔费用、摊销几件资产。特别是以前年度作为不征税收入的财政性资金形成的资产，在本年或以后年度计提的折旧或摊销，因“工作失误”、因“人员变更”等各种原因，将其纳入加计扣除范围的作法，具有很强的隐蔽性，如果不建立台账管理并保证年度数据的延续性，则很难识别。
六、定制产品检测调试：混淆概念，明知故犯作“创新”
财税119号文件规定，下列活动不适用税前加计扣除政策：1.企业产品（服务）的常规性升级；2.对某项科研成果的直接应用，如直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等；3.企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动；4.对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变。
七、委托研发：欲盖弥彰，转换形式成“外协”
对于企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用如何加计扣除的问题，财税119号文件规定：按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除；委托境外机构或个人进行研发活动所发生的费用，不得加计扣除。
因而，如果企业委托外部机构进行研发活动的，可凭从外部机构取得的合法有效凭证全额税前扣除，但在计算加计扣除金额时，只能按发生额的80%作为计算基数。有些企业为了达到按全额作为加计扣除的计算基数，对本该属于委托外部机构（多为企业）进行研发的业务，以“外协加工”或“定制采购”的形式与外部公司签订协议，然后以“研发活动直接消耗的材料”的名义，将“外协（或定制）产品”全额计入研发费用，即达到按实际发生额全额加计扣除的目的。
而如果受托方为个人的，也只能按个人出具的合法有效凭证金额的80%为计算加计扣除的基数。但是有些企业很“聪明”地将委托个人的研发活动“转换”为“外聘研发人员”支付劳务费的方式，从而将“劳务费”全额计入研发费用并加计扣除。
八、中间产品特殊收入：装聋作哑踩红线，任性而为
企业研发过程中，总会产生一些下脚料、残次品或其他中间试制品，甚至会形成可直接对外销售或作为公司量产产品组成部分的“中间产品”。对于这些下脚料、残次品或“中间产品”如何进行处理，税总97号公告做出了原则性规定：企业在计算加计扣除的研发费用时，应扣减已按《通知》规定归集计入研发费用，但在当期取得的研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入；不足扣减的，允许加计扣除的研发费用按零计算；企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。
于是，有些企业对研发过程中产生的下脚料、残次品或其他中间试制品，办理入库手续后作为存货管理，直到研发活动结束后才对外销售产生收入，因不是在研发项目“当期”取得的“特殊收入”，因而无需遵守税总97号公告的规定，从计算加计扣除的研发费用中扣减出来。更有企业直接无视税总97号公告的规定，将在研发活动中形成产品实现的收入视作企业日常活动之外的利得，也不配比结转成本。对将“中间产品”作为组成部分形成的产品，直接忽略“中间产品”的成本，也不将对应的材料费用扣减相应的研发支出，导致可加计扣除的研发费用虚高。
九、中介机构：低价竞争，“勇”当风险“接盘侠”
企业在进行企业所得税汇算清缴时，或为了提高其“含金量”与可信度，或为了掩盖不足为外人道的问题而转嫁风险，通常都会聘请专业中介机构出具研发费用加计扣除的专项审计或鉴证报告，作为企业所得税汇算清缴报告文件的组成部分。在现行涉税鉴证为非法定业务且市场竞争激烈的情况下，有些中介机构除通过竞相压价等手段“抢地盘”之外，还一味迎合企业需求，丧失了独立、客观和公正，放弃了职业道德与操守，几乎全盘接受企业账面记录，甚至协助企业弄虚作假，“短、平、快”地一手收钱一手“出”报告，“争”当企业风险“接盘侠”。
十、资本化支出：分期摊销，加计扣除传歧义
按照企业所得税法实施条例及财税119号文件的规定，企业科研活动实际发生的费用，没有达到资本化条件的，在本年度企业所得税前一次性加计扣除50%；达到资本化条件的，在资产的使用期限内，分期于企业所得税前加计扣除50%。
相较于现实经济生活的复杂性与多变性，法律、法规或规章制度总会存在一定的滞后性，而这又会成为“有心人”的“活动空间”。作为负责任的、一定程度上可代表行业形象的大企业，可在法律法规的框架下合理避税，但万不可抱侥幸心理打“擦边球”、踩“红线”，结果只能给企业带来巨大的风险隐患。