日本食品安全监督管理机构主要包括食品安全委员会、厚生劳动省、农林水产省、消费者厅。现在的食品质量安管监管体制主要依据CODEX的风险分析方法，风险分析主要包括风险管理和风险评估以及风险交流。这其中，风险管理，由农林水产省和厚生劳动省共同协作完成，风险评估由食品安全委员会完成，而风险沟通，则由这个三个府省独自合作完成。食品安全委员会与风险管理机关关系见下图。
1、风险评估体制
2、风险管理体制
3、风险交流
风险交流是在风险分析过程中，关于提高食品安全性的风险评估和风险管理，包含消费者与企业间交换、共享信息和意见。食品安全委员会就国民高度关心风险评估内容等进行风险沟通，使风险管理和风险评估有效低发挥。
日本食品安全法律法规
1、《食品卫生法》
根据新的《食品卫生法》修正案，日本于2006年5月29日起正式实施《食品农药残留肯定列表制度》，即禁止超过一定量且未设定最大残留限量的农药等食品的流通制度。
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