水产养殖利用的是当地的光合作用产物(广泛的)或以外部食物供应为食的鱼类(密集的)。
鱼类生长受到可用食物的限制，通常浮游动物以浮游藻类或底栖动物为食，如甲壳动物和软体动物。罗非鱼可直接滤食浮游植物，从而提高的产量。通过用人工肥料混合物(如钾、磷、氮和微量元素)给池塘水施肥，可以增加池塘的光合产量。
另一个问题是藻华风险。当温度、营养供应和可用的阳光对藻类生长最有利时，藻类会以指数级的速度繁殖，最终耗尽水体营养，导致鱼类死亡。因为腐烂的藻类生物质遮挡了阳光，因此它们可以耗尽池塘水中的氧气，并且腐烂的藻类也可以通过有机和无机溶质(如铵离子)污染池水，这可能(并且经常)导致鱼类大量流失。
水产养殖的另一种选择是使用湿地系统，如西班牙拉帕尔马岛兽医商业渔场使用的系统。
尽管有这些限制，重要的养鱼业还是使用这些方法。在捷克共和国，每年有成千上万的天然和半天然池塘被用来捕捞鳟鱼和鲤鱼。特雷本附近的大型朗伯池塘建于1590年，至今仍在使用。
在集约化水产养殖系统中，只要提供足够的氧气、淡水和食物，每单位面积的鱼产量就可以随意增加。由于需要足够的淡水，渔场需要一个庞大的水净化系统。实现这一要求的方法是将水培园艺和水处理结合起来，见下文。放在河里或海里的笼子不适用以上规则，因为这些笼子有足够的含氧水来补充鱼产量。一些环保主义者反对这种做法。
水的曝气是必不可少的，因为鱼需要足够的氧气来生长。曝气通过鼓泡、叶栅流或含水氧气实现的。鲇鱼亚种（Clariasspp.）可以呼吸大气空气，可以忍受比鳟鱼或鲑鱼高得多的污染物，这使得通风和水体净化变得不那么必要。Clariasspp.是特别适合密集生产的鱼类。在某些情况下Clariasspp.养殖场中，大约10%的水体体积都是由鱼类生物量组成。
鱼类养殖，特别是在高密度鱼类养殖时存在与畜牧业相似的寄生虫感染风险，如鱼虱、真菌(水霉spp。)、肠道蛔虫(例如线虫或吸虫)、细菌(例如，耶尔森氏菌属spp。,假单胞菌spp。)和原生动物(如甲藻)等。然而，畜牧业是人类农业中一个规模更大、技术更成熟的领域，并且已经开发出更好的解决病原体问题的方案。集约化水产养殖必须提供足够的水质(氧气、氨、亚硝酸盐等)以尽量降低对鱼类的压力。这一要求使得病原体问题的控制更加困难。集约化水产养殖需要严格的监控和养鱼户的高水平专业知识。
虽然由于每单位重量鱼的收入更高，饲养观赏性冷水鱼类(金鱼或锦鲤)理论上利润更高，但直到21世纪观赏鱼的饲养才能成功进行。锦鲤危险病毒疾病发病率的增加，以及锦鲤的高价值，促使一些国家采取措封闭式的锦鲤繁殖和生长系统。如今，一些成功的商业化锦鲤集约化养殖设施正在英国、德国和以色列运营。
一些生产商已经调整了他们的集约化养殖系统，努力为消费者提供不携带潜伏病毒和疾病的鱼。
在密集型和粗放型的水产养殖方法中，使用了许多特定类型的渔场；每个类型的养鱼场都有其独特的设计和应用优势。
铜合金网
铜合金网对有机体生长的抵抗力也为养殖鱼类的生长和繁衍提供了一个更清洁、更健康的环境。传统的网织材料需要定期和劳动密集型的清洁。铜网除了防污之外，在海洋环境中还具有很强的结构性能和耐腐蚀性能。
这类渔场用灌溉沟渠或农场池塘养鱼。其基本要求是要有一条沟渠或池塘来蓄水，可能还要有地上灌溉系统(许多灌溉系统使用带集管的埋管)
使用这种方法，可以在通常衬有膨润土的池塘或沟渠中储存水的分配。在小型养殖系统中，鱼通常被喂以商业鱼食，它们的废物可以帮助农田施肥。在较大的池塘中，池塘种植水生植物和藻类作为鱼食。一些最成功的池塘种植引进的植物品种，以及引进的鱼类品种。
灌溉沟渠或池塘系统中水质控制至关重要。只要防止富营养化和保持高水平的氧含量，并对水体进行施肥、澄清和酸碱度控制就可以大大提高产量。如果鱼因电解质压力而生病，产量可能会很低。
复合鱼类养殖
这种复合鱼类养殖的一个问题是，许多这种鱼类只在季风期间繁殖。即使鱼种是从野外采集的，它们也可以和其他物种杂交。因此，该养鱼系统的一个主要问题是缺乏高质量的鱼苗。为了克服这个问题，现在已经找到了用激素刺激在池塘里繁殖这些鱼的方法。这确保了所需数量的纯种鱼类的供应。
淡水养鱼最大的问题之一是每年每英亩能消耗一百万加仑水(每平方米约1立方米水)。扩展的水净化系统使本地水进行再利用(再循环)。
由于综合循环系统建在温室中，它可以适应几乎所有温带气候，也可以适应热带气候。主要的环境影响是必须加盐才能维持鱼类电解质平衡的水的排放。目前的种植者使用各种专有技术来保持鱼类健康，减少他们的盐和废水排放许可费用。一些兽医权威推测紫外线臭氧消毒系统(广泛用于观赏鱼)可能在循环水保持罗非鱼健康方面发挥重要作用。
水产养殖者面临的其他潜在问题是获得各种许可证和用水权、盈利能力、对入侵物种和基因工程的关切(取决于所涉及的物种)以及与《联合国海洋法公约》的互动。
室外开放式海洋网箱养殖的一种替代方法是使用循环水产养殖系统（RAS）。RAS是一系列培养罐和过滤器，水在其中被不断循环和监测，以保持全年最佳条件。为了防止水质恶化，通过去除颗粒物质对水进行机械处理，并进行将有害的积累化学物质转化为无毒化学物质的生物处理。
HouseboatraftswithcagesunderforrearingfishnearMTho,Vietnam
Transportboatsmooredatfishprocessingplant,MTho
CommunalZapotecfishfarminIxtlándeJuárez,Mexico
Fishfarmingtraditionallytakesplaceinpurpose-builttanksintheSkarduregioninnorthernPakistan.
^Worldaquacultureproductionoffish,crustaceans,molluscs,etc.,byprincipalspeciesin2013[永久失效连结]FAOYearbookofFisheriesStatistics2014.
^Aquaculture,Officeof."BasicQuestionsaboutAquaculture::OfficeofAquaculture".www.nmfs.noaa.gov.Retrieved2016-06-09..
^FisheryandAquacultureStatistics:AquacultureProduction2008FAOYearbook,Rome..
^"StressandPhysiology"Archived2011-08-16attheWaybackMachineByDr.BiIlKriseatBozemanTechnologyCenter,andDr.GaryWedemeyeratWesternFisheriesResearchCenter.January2002.
^Torrissen,Ole;etal.(2011)."AtlanticSalmon(SalmoSalar):The'Super-Chicken'OfTheSea".ReviewsinFisheriesScience.19(3):257–278.doi:10.1080/10641262.2011.597890..
^Weaver,DE(2006)."Designandoperationsoffinemediafluidizedbedbiofiltersformeetingoligotrophicwaterrequirements".AquaculturalEngineering.34(3):303–310.doi:10.1016/j.aquaeng.2005.07.004..
^Avnimelech,Y;Kochva,M;etal.(1994)."Developmentofcontrolledintensiveaquaculturesystemswithalimitedwaterexchangeandadjustedcarbontonitrogenratio".IsraeliJournalofAquacultureBamidgeh.46(3):119–131..
^Coxworth,Ben(June6,2016)."Scientiststakethefishoutoffishfood".www.gizmag.com.Retrieved2016-06-08..
^Sarker,PallabK.;Kapuscinski,AnneR.;Lanois,AlisonJ.;Livesey,ErinD.;Bernhard,KatieP.;Coley,MariahL.(2016-06-03)."TowardsSustainableAquafeeds:CompleteSubstitutionofFishOilwithMarineMicroalgaSchizochytriumsp.ImprovesGrowthandFattyAcidDepositioninJuvenileNileTilapia(Oreochromisniloticus)".PLOSOne.11(6):e0156684.Bibcode:2016PLoSO..1156684S.doi:10.1371/journal.pone.0156684.ISSN1932-6203.PMC4892564.PMID27258552..
^Azevedo-Santos,ValterMonteirode;Rigolin-Sá,Odila;Pelicice,FernandoMayer(2011)."Growing,losingorintroducingCageaquacultureasavectorfortheintroductionofnon-nativefishinFurnasReservoir,MinasGerais,Brazil".NeotropicalIchthyology.9(4):915–919.doi:10.1590/S1679-62252011000400024..
^"Offshorefishfarminglegislation".Archivedfromtheoriginalon4February2016.Retrieved30January2016..
^LyndaV.MapesandHalBernton,"Pleasegofishing,WashingtonstatesaysafterfarmedAtlanticsalmonescapebrokennet",SeattleTimes,24August2017update.
^The$300MillionPlantoFarmSalmonintheMiddleoftheOcean,Bloomberg,30July2018,accessed31July2018..
^FishcageFarming.
^"LectureNotesonCompositeFishCultureanditsExtensioninIndia".Retrieved30January2016..
^"OrnamentalFishBreeding".FisheriesDepartmentHaryana,Chandigarh,India.Archivedfromtheoriginalon2017-03-09..
^Berggren,Alexandra(2007)AquacultureinSwedentowardsasustainablefuture"Master'sThesis,StockholmUniversity..
^McLarney,WilliamFreshwaterAquaculture:AHandbookforSmallScaleFishCultureinNorthAmerica.
^"Aquaculture".ArchivedfromtheoriginalonJanuary6,2012.Retrieved30January2016..
^F3Fish-FreeFeedChallenge,2017,retrieved2017-02-07..
^Molteni,Megan(2017-02-05),"Insidetheracetoinventafish-freefishfood",Wired,retrieved2017-02-07..
^Aldrin,Magne;Storvik,Brd;Frigessi,Arnoldo;Viljugrein,Hildegunn;Jansen,PederA.(January2010)."Astochasticmodelfortheassessmentofthetransmissionpathwaysofheartandskeletonmuscleinflammation,pancreasdiseaseandinfectioussalmonanaemiainmarinefishfarmsinNorway".PreventiveVeterinaryMedicine.93(1):51–61.doi:10.1016/j.prevetmed.2009.09.010.ISSN0167-5877..
^Martinez-Rubio,Laura;Evensen,ystein;Krasnov,Aleksei;Jrgensen,Sven;Wadsworth,Simon;Ruohonen,Kari;Vecino,JoseLG;Tocher,DouglasR(2014)."Effectsoffunctionalfeedsonthelipidcomposition,transcriptomicresponsesandpathologyinheartofAtlanticsalmon(SalmosalarL.)beforeandafterexperimentalchallengewithPiscineMyocarditisVirus(PMCV)".BMCGenomics.15(1):462.doi:10.1186/1471-2164-15-462.ISSN1471-2164..
^"FussoverFarmingFish,AlaskaScienceForum".Archivedfromtheoriginalon2012-04-19.Retrieved30January2016..
^Huntingford,F.A;Adams,C;Braithwaite,V.A;Kadri,S;Pottinger,T.G;Sandoe,P;Turnbull,J.F(2006)."Currentissuesinfishwelfare"(PDF).JournalofFishBiology.68(2):332–372.doi:10.1111/j.0022-1112.2006.001046.x..
^SeaLiceandSalmon:Elevatingthedialogueonthefarmed-wildsalmonstoryWatershedWatchSalmonSociety,2004..
^Bravo,S(2003)."SealiceinChileansalmonfarms".Bull.Eur.Assoc.FishPathol.23:197–200..
^Morton,A.;Routledge,R.;Peet,C.;Ladwig,A.(2004)."Sealice(Lepeophtheirussalmonis)infectionratesonjuvenilepink(Oncorhynchusgorbuscha)andchum(Oncorhynchusketa)salmoninthenearshoremarineenvironmentofBritishColumbia,Canada".CanadianJournalofFisheriesandAquaticSciences.61(2):147–157.doi:10.1139/f04-016..
^Peet,C.R.2007.Thesis,UniversityofVictoria..
^Krkoek,M.;Gottesfeld,A.;Proctor,B.;Rolston,D.;Carr-Harris,C.;Lewis,M.A.(2007)."Effectsofhostmigration,diversity,andaquacultureondiseasethreatstowildfishpopulations".ProceedingsoftheRoyalSocietyofLondon,SeriesB.274(1629):3141–3149.doi:10.1098/rspb.2007.1122.PMC2293942.PMID17939989..
^Morton,A.;Routledge,R.;Krkoek,M.(2008)."SealouseinfestationinwildjuvenilesalmonandPacificherringassociatedwithfishfarmsofftheeast-centralcoastofVancouverIsland,BritishColumbia".NorthAmericanJournalofFisheriesManagement.28(2):523–532.doi:10.1577/m07-042.1..
^Krkoek,M.;Lewis,M.A.;Morton,A.;Frazer,L.N.;Volpe,J.P.(2006)."Epizooticsofwildfishinducedbyfarmfish".ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences.103(42):15506–15510.Bibcode:2006PNAS..10315506K.doi:10.1073/pnas.0603525103.PMC1591297.PMID17021017..
^Krkoek,Martin;etal.(2007)."Report:"DecliningWildSalmonPopulationsinRelationtoParasitesfromFarmSalmon".Science.318(5857):1772–1775.Bibcode:2007Sci...318.1772K.doi:10.1126/science.1148744.PMID18079401..
^Ford,JS;Myers,RA(2008)."AGlobalAssessmentofSalmonAquacultureImpactsonWildSalmonids".PLOSBiol.6(2):e33.doi:10.1371/journal.pbio.0060033.PMC2235905.PMID18271629..
^"SeaLiceInformationBullets".Archivedfromtheoriginalon2010-05-21..
^"FishFarmsDriveWildSalmonPopulationsTowardExtinction".ScienceDaily.16December2007.Retrieved2018-01-06..
^"NorthwestFishletter".Retrieved30January2016..
^Lymbery,P.CIWFTrustreport,"InTooDeep–TheWelfareofIntensivelyFarmedFish"(2002).
^Burka,J.F.;Hammell,K.L.;Horsberg,T.E.;Johnson,G.R.;Rainnie,D.J.;Speare,D.J.(October1997)."Drugsinsalmonidaquaculture–Areview".JournalofVeterinaryPharmacologyandTherapeutics.20(5):333–349.doi:10.1046/j.1365-2885.1997.00094.x.ISSN0140-7783..
^Cabello,FelipeC.;Godfrey,HenryP.;Tomova,Alexandra;Ivanova,Larisa;Dlz,Humberto;Millanao,Ana;Buschmann,AlejandroH.(2013-05-26)."Antimicrobialuseinaquaculturere-examined:itsrelevancetoantimicrobialresistanceandtoanimalandhumanhealth".EnvironmentalMicrobiology.15(7):1917–1942.doi:10.1111/1462-2920.12134.ISSN1462-2912..
^"PublicHealthFocus"..
^AtlanticMarineAquacultureCenter(2007)."Fishcare".UniversityofNewHampshire.Archivedfromtheoriginalon2009-08-10..
^Barrionuevo,Alexei(July26,2009)."Chile'sAntibioticsUseonSalmonFarmsDwarfsThatofaTopRival's".TheNewYorkTimes.Retrieved2009-08-28..
^"Trendsintherapyandprophylaxis1991–2001"(PDF).BulletinoftheEuropeanAssociationofFishPathologists.22(2):117–125.2002..
^Naylor,RL;Goldburg,RJ;Mooney,H;etal.(1998)."Nature'sSubsidiestoShrimpandSalmonFarming".Science.282(5390):883–884.Bibcode:1998Sci...282..883N.doi:10.1126/science.282.5390.883..
^Callier,MyriamD.;Byron,CarrieJ.;Bengtson,DavidA.;Cranford,PeterJ.;Cross,StephenF.;Focken,Ulfert;Jansen,HenriceM.;Kamermans,Pauline;Kiessling,Anders(2017-09-19)."Attractionandrepulsionofmobilewildorganismstofinfishandshellfishaquaculture:areview".ReviewsinAquaculture.10(4):924–949.doi:10.1111/raq.12208.ISSN1753-5123..
^TheNewYorkTimes."SalmonVirusIndictsChile'sFishingMethods".Nyt.Retrieved27March2008..
^"Purduescientists:Geneticallymodifiedfishcoulddamageecology".Retrieved30January2016..
^Medicine,CenterforVeterinary(2019-04-12)."AquAdvantageSalmon-ResponsetoPublicCommentsontheEnvironmentalAssessment".FDA..
^19May2005，第25号AlaskanSenateBill，Relatingtolabelingandidentificationofgeneticallymodifiedfishandfishproducts[2December2017].
^"ConsumerReportsrevealsthatfarm-raisedsalmonisoftensoldas"wild"".July5,2006.Retrieved29June2010..
^Eilperin,Juliet;Black,Jane(November20,2008)."USDAPanelApprovesFirstRulesForLabelingFarmedFish'Organic'".TheWashingtonPost.Retrieved29June2010..
^"EnvironmentalLabelling".ArchivedfromtheoriginalonMarch25,2010.Retrieved29June2010..
^"MSCeco-labelhelpsconsumersidentifycertifiedwildAlaskasalmon".January15,2004.Retrieved29June2010..
^(Timmonsetal.,2002;Piedrahita,2003)..
^(CorpronandArmstrong,1983).
^(Klasetal.,2006).
^Whyte,Murray(2008-07-27)."IshighrisefarminginToronto'sfuture".TorontoStar.Retrieved2008-08-12..
^"SkyFarmProposedforDowntownToronto".TreeHugger.Retrieved2009-03-14..
^[1].
^[2].
^"Archivedcopy"(PDF).Archivedfromtheoriginal(PDF)on2010-09-21.Retrieved2010-09-21.CS1maint:Archivedcopyastitle(link).
^[3].
^[4].
^Merrit,Mike(13January2013)Sea-changeasfarmgrowsfishonlandTheScotsman,Retrieved22January2013.
^Shore,Randy(17November2012)Salmonfarmingcomesashoreinland-basedaquacultureTheVancouverSun,Retrieved21February2013.
^VictoriaBraithwaite(2010)Dofishfeelpain,OxfordUniversityPress,p.180.
^Hstein2004,pp.224..
^EuropeanFoodSafetyAuthority2004,pp.22..
^Benson,pp.23..
^Yue,pp.4..
^Yue,pp.6..
^"Slaughteroffarmedfish–fishcount.org.uk".Retrieved30January2016..