10月23日提请审议的食品安全法草案针对三鹿牌婴幼儿奶粉事件作出了八项有针对性的修改。10月24日，围绕三鹿事件暴露出的食品安全监管问题，十一届全国人大常委会五次会议组成人员展开激烈讨论，其中，三大问题成为讨论焦点。
“五龙治水”，能否不留死角食品安全监管体制成焦点
在胡振鹏、倪岳峰、龚学平委员看来，长期以来食品安全管理的症结一直没有得到解决，各部门的责任仍然不是很清晰，责任交叉依然比较突出，这也是食品安全事故接连不断发生的重要原因。
白克明、程贻举、林强等委员发现，食品安全法草案中明确规定县级以上地方人民政府统一组织、协调本行政区域的食品安全监管，但是目前食品药品监管、质监部门在省以下都是实行垂直管理，越到基层政府协调的难度越大。
牟新生、丛斌等委员建议成立国家食品安全监督管理委员会，负责管理食品的生产、流通、仓储、食用等全部过程的安全问题。郝益东委员建议，加工产品的质量和农产品的质量应当结合起来管理。
全国人大农业与农村委员会委员华福周提出，草案中应强化部门的责任表述，明确各职能部门的责任和权力，防止让食品安全监管沦为各部门间的利益纷争。
重典严法，能否威慑不法之徒违法者的法律责任成焦点
三鹿事件尚未尘埃落定，江苏无锡又传来银鱼甲醛超标的消息。食品安全问题不断，如何才能有效遏制参加审议的常委会组成人员纷纷表示，必须用“重典严法”惩治食品安全事故，加大责任追究力度。
“挣的钱远远多于赔的钱，一些企业被罚完还接着违法。”华福周指出，违法成本低也是食品安全事故频发的重要原因。“对那些不管老百姓死活、向食品中添加有毒有害物质的企业，要坚决吊销生产许可，对违法企业判处‘死刑’。”汤小泉委员提出。
周家贵代表建议建立惩罚性的赔偿制度。“对情节严重的、屡犯的责任人应该禁止从事食品行业”。郑功成委员提出。
鉴于草案没有对监管部门追究责任的条款，胡振鹏委员建议，出现食品安全事故后，要让出现问题的环节的监管部门承担责任。招银英代表建议完善官员问责制，“在明确食品监管的主体的同时，也要明确其监督的责任，对食品监督失职行为进行严厉处分”。“问责制建立在法制规范的轨道上，要保证权责的吻合”。郑功成委员说。陈斯喜委员提出，对于有关部门主要责任人应当予以开除或撤职。
发生诉讼，该由谁来举证举证责任倒置成焦点
食品安全法草案规定，违反本法规定，造成人身、财产、或者其他损害的，依法承担赔偿责任。
任茂东委员提出，食品安全引发的权利损害赔偿诉讼应当实行举证责任倒置。将举证责任倒置交由事故源的一方来承担。“在食品安全事故中，当事人来举证是非常难的，甚至是不可能的”。
任茂东以医患纠纷做类比。“医院一方不能举证证明其医疗行为与患者损害的结果没有根本的因果关系，就必须承担不利的后果”。
“规定举证责任倒置，也能够促使举证责任被倒置的当事人一方采取积极有效的措施，预防、控制损害事故的发生，积极主动地提高食品的质量。”任茂东委员认为。
广东省人大常委会主任欧广源也建议进一步强化保护消费者的食品安全监督权益。为此，他提出三点建议:“在食品安全诉讼中实施举证倒置，由食品生产经营者承担受害者诉求的主要证据，以解决消费者举证困难的问题;明晰赔偿责任，加强食品生产经营者故意违法的责任;赋予消费者协会等社会团体明确诉讼法律地位。”
为使食品安全事故受害者得到赔偿，严以新委员建议，企业在食品安全事故发生后，不得转移、隐匿财产，必要时可以对发生食品安全事故单位的财产予以冻结或查封。严以新同时还建议设立食品安全事故基金。一旦出现事故，可以用基金解决一部分赔偿。“因为食品安全事故往往影响巨大，甚至企业破产了，也很难赔偿所有的损失”。