同时，《条例》第十四条明确规定，食品生产企业不得制定低于食品安全国家标准或者地方标准要求的企业标准。食品生产企业制定食品安全指标严于食品安全国家标准或者地方标准的企业标准的，应当报省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门备案。食品生产企业制定企业标准的，应当公开，供公众免费查阅。结合上述十二条之规定，特殊食品生产企业制定企业标准的，只能不得低于食品安全国家标准，为进一步严谨特殊食品安全标准提供了明确法制保障。
进一步严格特殊食品安全监管
其中，《条例》第十七条第二款规定，食品安全监督管理等部门应当将婴幼儿配方食品等针对特定人群的食品以及其他食品安全风险较高或者销售量大的食品的追溯体系建设作为监督检查的重点。婴幼儿配方食品追溯体系建设是确保食品安全信息可追溯的有效手段，对于强化监管至关重要，《条例》对此作出特别强调。
《条例》还对特殊食品功能、标签说明书规范以及销售等作出了特别规定。其中，第三十八条规定，对保健食品之外的其他食品，不得声称具有保健功能。对添加食品安全国家标准规定的选择性添加物质的婴幼儿配方食品，不得以选择性添加物质命名。第三十九条要求，特殊食品的标签、说明书内容应当与注册或者备案的标签、说明书一致。销售特殊食品，应当核对食品标签、说明书内容是否与注册或者备案的标签、说明书一致，不一致的不得销售。省级以上人民政府食品安全监督管理部门应当在其网站上公布注册或者备案的特殊食品的标签、说明书。特殊食品不得与普通食品或者药品混放销售。
进一步严厉违法行为的处罚
为落实党中央、国务院关于食品安全违法行为追究到人的重要精神，《条例》突破性地规定了对单位违法情形下的个人进行罚款处罚，引入行政“双罚制”，既处罚单位，又处罚个人。主要规定体现在第七十五条，食品生产经营企业等单位有食品安全法规定的违法情形，除依照食品安全法的规定给予处罚外，有下列情形之一的，对单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以其上一年度从本单位取得收入的1倍以上10倍以下罚款：（一）故意实施违法行为；（二）违法行为性质恶劣；（三）违法行为造成严重后果。
除了实行“双罚制”，处罚到人之外，《条例》还建立守信联合激励和失信联合惩戒机制。第六十六条规定，国务院食品安全监督管理部门应当会同国务院有关部门建立守信联合激励和失信联合惩戒机制，结合食品生产经营者信用档案，建立严重违法生产经营者黑名单制度，将食品安全信用状况与准入、融资、信贷、征信等相衔接，及时向社会公布。这样，确保将食品安全领域有严重违法行为的生产经营者依法逐出市场，让其付出难以承受的代价，从而以儆效尤，为违法失信者戒。
进一步严肃监管失职行为问责
当前，个别地方仍然存在着对食品安全重视不够，责任落实不到位，安全与发展矛盾仍然突出的问题。为此，党中央及时出台《中共中央、国务院关于深化改革加强食品安全工作的意见》，为落实食品安全党政同责，压实监管责任提供了政策保证。《食品安全法实施条例》也在相应条款中对明确监管事权，严格责任追究等予以明确。如《条例》第三条、第四条进一步明确了各级食品安全委员会的监管事权和县级以上政府的食品安全监管体制。《条例》还设第七章对食品安全事故处置做出专门规定，明确了事故应急预案分级管理，事故应急管理机制建设，事故调查处置程序以及情况分析等。《条例》第八十四条还明确规定，县级以上人民政府食品安全监督管理部门及其工作人员违法向他人提供网络食品交易第三方平台提供者提供的信息的，依照食品安全法第一百四十五条的规定给予处分。《食品安全法》第一百四十五条规定了有关情况下对监管部门直接负责的主管人员和其他直接责任人员警告、记过或者记大过处分，情节较重的给予降级或者撤职处分的问责条款，适用于《条例》第八十四条。