(一)、小作坊食品加工许可证办理主要有以下几方面困难：
1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开
防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。
2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.
3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.
(二)、办理食品生产许可证需要准备的材料：
1、有效期内名称预先核准通知书(或营业执照)复印件;
2、组织机构代码证复印件;
3、法定代表人、负责人或投资人的资格证明或身份证复印;
4、经备案的企业标准(无国家标准企业采用的企业标准);
5、生产加工场所有关情况、平面图(标尺寸、面积等主要参数)及其有权使用证明材料(房产证、土地使用证或租赁合同);
6、周围环境平面图;
7、各功能间布局图复印件(标尺寸、面积等主要参数);
8、设备布局图;
9、工艺流程图(附关键参数说明);
10、当地环保部门核发的符合要求的证明文件复印件(环境影响批复及验收报告或环保主管部门出具的证明文件);
11、产品出厂检验报告、原始记录、产品比对实验报告、委托检验协议及报告;
12、产品使用说明书或产品标签;
13、各项质量安全产管理制度文本及清单;
14、生产设备、检验设备清单及有权使用证明(购买凭据、合同或企业自我承诺书);
15、现行有效的国家、地方、行业标准清单及文本;
16、生产过程中所需的各种规程、作业指导书等工艺文件;
17、原辅材料、包装材料、食品添加剂等产品供应商的生产许可证、营业执照、合格检验证明或报告;
18、申请书格式文本;
19、各项企业质量安全记录(与质量安全管理制度相对应);
小作坊生产许可证的销售范围是可以进入集中交易市场、店铺等固定场所经营，或者在指定的临时经营区域、时段经营。但是不得生产加工乳制品、速冻食品、酒类(白酒、啤酒、葡萄酒及果酒等)、罐头、饮料、保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品、婴幼儿辅助食品、果冻、食品添加剂等产品以及法律、法规禁止生产加工的其他产品。
目前食品全国流通厂家需要有《全国工业产品生产许可证》即可生产也可以流通。非厂家需要《食品流通许可证》才行。虽然营业执照上写了生产、销售食品，但是若无以上对应证件都是不合法的。
1.达到卫生要求，要有卫生许可证，人员要有健康证，无肠道及严重疾病。
2.排烟，排污设施达到防疫站要求。
3.作坊设备的安全，合格要求要符合生产要求。放蝇灯，紫外线杀虫灯要配备。
4.器具要有消毒设施，如红外线消毒柜。
5.建立24小时内开机关机清洗流程和记录，月度季度清洁计划和记录。
6.采购规章及防止采购和鉴别蔬菜肉类，不符合食用产品的处理汇报上级单位的制度。品生产加工小作坊必须具备与保证产品质量安全相适应的，生产加工车间。车间地面应用无毒、防滑的硬质材料铺设，无裂缝，排水状况良好。墙壁一般用浅色无毒材料覆涂，房顶应无灰尘，生产车间内不允许有厕所;生产所需煤炭锅炉、煤炭火炉应与操作间隔离，车间生产工艺布局合理，各工序之间应尽量避免交叉感染。具有与生产的食品品种、数量相适应并且符合食品安全要求的食品原料处理和食品生产、包装、贮存等固定场所。到质监局申请，一般情况下你要准备的硬件:厂地要宽敞，厂周围环境要清洁，设备要食品级的，要有消毒设施，更衣设施，要有三防设施。
办理食品小作坊许可证需提供的资料：
1、营业执照原件及复印件;
2、经营者的身份证原件及复印件;
3、经营者及从业人员健康证原件及复印件;
4、食品生产加工场所周边环境图、平面布局图(图纸需打印);
5、食品生产主要设备、设施;
6、主要食品原辅料清单;
7、保证食品小作坊食品安全的规章制度;
8、执行的食品安全标准、地方标准或企业标准;
9、生活饮用水安全检测报告;
10、所加工食品的检验合格报告或者食品主要安全指标合格证明。
食品加工小作坊需要办理的证件：
1、工商营业执照：到所在地工商行政管理局(所)办理工商营业执照。
2、健康证：到所在地疾病预防控制中心体检并办理健康证。
3、食品流通许可证：需带上身份证及复印件、健康证、房屋产权证(或租房合同)等资料到所在地食品药品监督管理局(所)办理食品流通许可证。
4、食品生产加工小作坊许可证：到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。
需要1到2万元不等，具体视所在地区情况而定。
小作坊取食品生产许可证主要有三点比较困难,也需要把握:
1.场地问题..取食品生产许可证对生产车间的环境要求以及工艺流程化要求比较高.比如:人流物流要分开,要有更衣间等要求.
2.人员要求.一般食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,那么就需要配备化验员..所以,需要企业自己去培训化验员.
3.设备要求取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.具体流程就是解决上面三点后到质监局递交申请----受理申请---现场评审---抽样检测---评审合格样品检测合格----发证